1945年10月臺灣正式歸還。國民黨政府接管臺灣，考慮到地方自治的需要，乃將日本統治時期的五州三廳，改為八縣，并將日本統治時期的11市改為9省轄市、2縣轄市。其中，澎湖縣管轄區域：東為馬公區湖西鄉良文港，位于東經119°42′54″；西為望安區望安鄉花嶼（查母嶼）西端，位于東經119°18′3″；南為望安區大嶼鄉大嶼，位于北緯23°9′40″；北為馬公區白沙鄉吉貝，位于北緯23°45′41″。共轄澎湖本島、牛母件嶼、大央嶼、海墘巖、測天嶼、虎井嶼、桶盤嶼、雞籠嶼、四角嶼、查坡嶼、查母嶼、香爐嶼、雁情嶼、錠鉤嶼、雞善嶼、白沙島、金嶼、鐵砧嶼、姑婆嶼、屈爪嶼、毛司嶼、北礁、小貓嶼、白沙嶼（系三小島組成）、毛常嶼、南面掛嶼、鳥嶼、中墩嶼、小嶼、尖嶼、坪岐嶼、草嶼、土地公嶼、白沙嶼、雞籠嶼、大倉嶼、白沙礁、員貝嶼、草嶼（由三小島組成）、吉貝嶼、險礁嶼、過嶼、目斗嶼、漁翁島、小門嶼、八罩島、馬鞍山嶼、金瓜仔、狗沙嶼、將軍澳嶼、船帆嶼、后帝仔、大嶼、頭巾、西嶼坪、利間、東嶼坪、鐘仔嶼、西吉嶼、東吉嶼、鋤頭嶼、花嶼、大貓嶼、草嶼（外包括二巖礁）等64個島嶼。面積滿潮時為126.8642平方千米，退潮時為164.1165平方千米，人口65529人。管轄馬公、望安二區，共6鄉鎮（1鎮、5鄉）�？h政府于1946年1月20日正式成立，縣政府設于馬公區馬公鎮光復里。
　　1946年初，撤銷馬公區。1946年6月，撤銷望安區。1949年7月20日，大嶼鄉更名為七美鄉。www.

　　1950年臺灣省調整各縣市行政區域，澎湖縣行政區域照舊�？h政府設于馬公鎮。管轄馬公鎮及湖西、白沙、西嶼、望安、七美等5鄉，合計6鄉鎮。人口74126人，面積126.8641平方千米。管轄區域：東為湖西鄉查母嶼東端，位于東經119°42′54″；西為望安鄉花嶼西端，位于東經119°18′3″；南為七美鄉七美嶼南端，于北緯23°9′40″；北為白沙鄉目斗嶼北端，位于北緯23°45′41″。
　　1981年12月25日，馬公鎮改制為縣轄市馬公市。