西漢置汝陽縣，以汝水為名。隋代改為溵水。宋太祖趙匡胤為避父諱（其父名趙弘殷），諱“殷”、“溵”等字，“殷”、“商”為同一王朝名，改“溵水”為“商水”。

商水地域在西周時(shí)，屬沈國。春秋時(shí)，蔡昭侯十三年（公元前506年）沈國被蔡國所滅，此時(shí)其縣境西部屬蔡國，東部屬頓國。楚昭王二十年（公元前496年），楚國先滅頓國，后又滅蔡國。戰(zhàn)國時(shí)，屬楚國。秦，在陽城（含舒莊鄉(xiāng)扶蘇寺村）置縣，屬陳郡。陳勝、吳廣起義時(shí)期，改陽城為扶蘇。西漢時(shí)，屬豫州汝南郡，縣境分屬陽城、汝陽、博陽三縣。其后其縣名屢經(jīng)變換。

隋開皇十六年（596年），在其地域上又分置了殷水肥（治所為商水老城，另一說在今鄧城鎮(zhèn)潘堂）。大業(yè)初年（605年），并汝陽縣入殷水縣。皇泰元年（618年），置扶蘇縣，與殷水縣同屬陳州淮陽郡。唐武德五年（622年），并扶蘇縣入殷水縣，屬河南道。貞觀元年（627年）屬陳州。興元元年（784年）屬陳州淮陽郡。五代，縣名仍稱殷水，屬陳州。宋建隆元年（960年），改殷水縣為商水縣。

1947年8月18日，商水縣城第一次解放；10月23日，商水縣城第二次解放；11月成立商水縣民主政府，12月又在其今日轄地西部成立了郾商西縣民主政府。1949年2月，郾商西縣并入商水縣。1952年6月10日，周口市改為鎮(zhèn)歸商水縣管轄，商水縣政府由商水城關(guān)遷到周口，屬淮陽專區(qū)。1954年5月5日，商水縣與周口鎮(zhèn)分署辦公。1958年，周口鎮(zhèn)第二次并入商水。

1965年11月25日，商水縣與周口鎮(zhèn)再次分署辦公。1975年，商水縣直機(jī)關(guān)由周口遷至商水老城至今。1953年前，商水縣屬淮陽專員公署。1953年—1965年，屬許昌專員公署。1965年后屬周口專區(qū)（周口地區(qū)），2000年8月2日屬地級(jí)周口市。

1996年?，商水縣面積1319平方千米，人口107.3萬人，轄10個(gè)鎮(zhèn)、12個(gè)鄉(xiāng)：城關(guān)鎮(zhèn)、鄧城鎮(zhèn)、黃寨鎮(zhèn)、巴村鎮(zhèn)、魏集鎮(zhèn)、白寺鎮(zhèn)、固墻鎮(zhèn)、練集鎮(zhèn)、譚莊鎮(zhèn)、胡吉鎮(zhèn)、城關(guān)鄉(xiāng)、舒莊鄉(xiāng)、張明鄉(xiāng)、郝崗鄉(xiāng)、張莊鄉(xiāng)、大武鄉(xiāng)、化河鄉(xiāng)、李埠口鄉(xiāng)、湯莊鄉(xiāng)、姚集鄉(xiāng)、袁老鄉(xiāng)、平店鄉(xiāng)。縣政府駐城關(guān)鎮(zhèn)。

2000年第五次人口普查，商水縣總?cè)丝?093686人，其中：城關(guān)鎮(zhèn)44790人、黃寨鎮(zhèn)58799人、練集鎮(zhèn)51220人、魏集鎮(zhèn)56037人、固墻鎮(zhèn)69884人、白寺鎮(zhèn)41361人、巴村鎮(zhèn)44149人、譚莊鎮(zhèn)57946人、鄧城鎮(zhèn)61082人、胡吉鎮(zhèn)46214人、城關(guān)鄉(xiāng)37555人、李埠口鄉(xiāng)51486人、平店鄉(xiāng)47231人、袁老鄉(xiāng)42793人、化河鄉(xiāng)43822人、姚集鄉(xiāng)64241人、舒莊鄉(xiāng)38114人、大武鄉(xiāng)43191人、張明鄉(xiāng)46861人、郝崗鄉(xiāng)38800人、張莊鄉(xiāng)49684人、湯莊鄉(xiāng)51706人、農(nóng)場(chǎng)6720人。

2005年末，商水縣轄10個(gè)鎮(zhèn)、12個(gè)鄉(xiāng)：城關(guān)鎮(zhèn)、譚莊鎮(zhèn)、巴村鎮(zhèn)、白寺鎮(zhèn)、魏集鎮(zhèn)、黃寨鎮(zhèn)、鄧城鎮(zhèn)、固墻鎮(zhèn)、練集鎮(zhèn)、胡吉鎮(zhèn)；城關(guān)鄉(xiāng)、化河鄉(xiāng)、平店鄉(xiāng)、袁老鄉(xiāng)、姚集鄉(xiāng)、舒莊鄉(xiāng)、郝崗鄉(xiāng)、張莊鄉(xiāng)、張明鄉(xiāng)、湯莊鄉(xiāng)、李埠口鄉(xiāng)、大武鄉(xiāng)。

2006年1月，李埠口鄉(xiāng)整建制劃歸周口市川匯區(qū)管轄；撤銷城關(guān)鎮(zhèn)，設(shè)置老城、新城、東城3個(gè)街道辦事處。調(diào)整后，全縣轄3個(gè)街道、9個(gè)鎮(zhèn)、11個(gè)鄉(xiāng)，1個(gè)國營農(nóng)場(chǎng)：新城街道、東城街道、老城街道、黃寨鎮(zhèn)、練集鎮(zhèn)、魏集鎮(zhèn)、固墻鎮(zhèn)、白寺鎮(zhèn)、巴村鎮(zhèn)、譚莊鎮(zhèn)、鄧城鎮(zhèn)、胡吉鎮(zhèn)、城關(guān)鄉(xiāng)、平店鄉(xiāng)、袁老鄉(xiāng)、化河鄉(xiāng)、姚集鄉(xiāng)、舒莊鄉(xiāng)、大武鄉(xiāng)、張明鄉(xiāng)、郝崗鄉(xiāng)、張莊鄉(xiāng)、湯莊鄉(xiāng)。縣政府駐新城街道。

2012年8月17日，河南省民政廳（豫民行批[2012]9號(hào)）批復(fù)：經(jīng)河南省政府批準(zhǔn)，同意周口市將川匯區(qū)太昊路街道辦事處的馮莊、柴堂2建制村劃歸商水縣城關(guān)鄉(xiāng)管轄（10月23日周口市政府下發(fā)《關(guān)于調(diào)整川匯區(qū)和商水縣行政區(qū)劃的通知》）。