“耿馬”的“耿”系傣語，巴利語稱“辛吐襪納塔”，意為“地方”、“地域”。“馬”為漢語。即“有馬的地方”或“跟著馬找到的地方”。傣族稱這里為“勐相耿坎”，意為“黃金寶石之地”。
西漢為古哀牢國(guó)地。東漢屬永昌郡。三國(guó)蜀漢為永壽縣，屬益州永昌郡。西晉至南朝梁為永壽縣，屬寧州永昌郡。西晉元康九年（299）至東晉咸康八年（342），永昌郡治南移永壽縣（今耿馬）。北朝周至隋屬濮部。唐初屬黑僰濮部。唐南詔國(guó)為永昌節(jié)度地。宋大理國(guó)時(shí)屬永昌府。元至元三十一年（1294）置孟定路，泰定三年（1326）置謀粘路，耿馬分屬孟定路和謀粘路。明洪武十五年（1382），謀粘路改置謀粘府，屬布政司，后省入孟定御夷府。洪武三十年（1397），建立耿馬城。萬歷十三年（1585）析置耿馬安撫司，屬孟定御夷府。
清初襲明制，為耿馬安撫司，直屬云南省。順治十七年（1660），耿馬安撫司劃歸永昌軍民府�？滴醵辏�1683），升為耿馬宣撫司。雍正八年（1730）7月，永昌府屬迤西道。乾隆二十九年（1764）3月，耿馬宣撫司改屬迤西道順寧府。光緒十七年（1891），析耿馬宣撫司屬之猛角、猛董地方入鎮(zhèn)邊直隸廳。民國(guó)元年（1912）隸鎮(zhèn)康縣。民國(guó)31年（1942）2月，由鎮(zhèn)康縣屬耿馬土司地置耿馬設(shè)治局，同年12月劃屬云南省第五行政督察區(qū)（駐順寧縣）。民國(guó)37年（1948），屬云南省第九行政督察區(qū)（駐緬寧縣）。
1950年11月22日，耿馬解放；1951年2月，成立耿馬各民族行政委員會(huì)，隸保山專區(qū)。1951年7月，原耿馬所屬河外東、西兩區(qū)劃歸鎮(zhèn)康縣轄，孟定劃歸耿馬。1952年1月，成立耿馬縣各族人民聯(lián)合政府委員會(huì)，撤銷耿馬縣各民族行政委員會(huì)。1952年11月21日，政務(wù)院批準(zhǔn)：撤銷耿馬設(shè)治區(qū)，設(shè)立耿馬縣。1952年11月25日，內(nèi)務(wù)部【內(nèi)民字第634號(hào)】批復(fù)：設(shè)立緬寧專區(qū)，原保山專區(qū)的耿馬縣劃歸緬寧專區(qū)。1953年7月6日，成立大雪山特區(qū)，耿馬縣勐永區(qū)香竹林、光木林、邦控等3鄉(xiāng)劃歸大雪山特區(qū)。
1954年6月30日，政務(wù)院批準(zhǔn)：緬寧專區(qū)更名為臨滄專區(qū)，耿馬縣隸屬臨滄專區(qū)。1955年3月22日，政務(wù)院批準(zhǔn)：撤銷耿馬縣，設(shè)立耿馬傣族佧佤族自治縣，屬臨滄專區(qū)；10月16日正式成立。1963年9月13日，國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)：耿馬傣族佧佤族自治縣改名為耿馬傣族佤族自治縣。1970年，臨滄專區(qū)改為臨滄地區(qū)，耿馬傣族佤族自治縣屬臨滄地區(qū)。2003年12月，臨滄撤地設(shè)市，耿馬傣族佤族自治縣屬地級(jí)臨滄市。
1996年，耿馬傣族佤族自治縣面積3837平方千米，人口約23.4萬人。轄4個(gè)鎮(zhèn)、7個(gè)鄉(xiāng)：耿馬鎮(zhèn)、孟定鎮(zhèn)、勐永鎮(zhèn)、勐撒鎮(zhèn)、河外鄉(xiāng)、大興鄉(xiāng)、芒洪拉祜族布朗族鄉(xiāng)、四排山鄉(xiāng)、福榮拉祜族傈僳族鄉(xiāng)、勐簡(jiǎn)鄉(xiāng)、賀派鄉(xiāng)�？h政府駐耿馬鎮(zhèn)。
2000年第五次人口普查，耿馬傣族佤族自治縣常住總?cè)丝?13220人，其中：耿馬鎮(zhèn)54976人，勐永鎮(zhèn)28556人，勐撒鎮(zhèn)34646人，孟定鎮(zhèn)99413人，大興鄉(xiāng)10745人，芒洪鄉(xiāng)8367人，四排山鄉(xiāng)13877人，賀派鄉(xiāng)16278人，勐簡(jiǎn)鄉(xiāng)13179人，福榮鄉(xiāng)13344人，河外鄉(xiāng)19839人。
2003年，全縣轄耿馬、孟定、勐永、勐撒4個(gè)鎮(zhèn)（其中孟定鎮(zhèn)為副縣級(jí)鎮(zhèn)），大興、芒洪、四排山、賀派、勐簡(jiǎn)、福榮、河外7個(gè)鄉(xiāng)（其中芒洪鄉(xiāng)、福榮鄉(xiāng)為民族鄉(xiāng)），有1個(gè)縣屬華僑農(nóng)場(chǎng)、85個(gè)村民委員會(huì)。轄區(qū)內(nèi)駐有孟定、勐撒兩個(gè)國(guó)營(yíng)農(nóng)場(chǎng)。全縣總?cè)丝?5.50萬人。其中農(nóng)業(yè)人口21.68萬人，占85%；非農(nóng)業(yè)人口3.82萬人，占15.9%。少數(shù)民族人口13.16萬人，占總?cè)丝诘?1.6%，其中傣族5.09萬人、佤族4.33萬。
2005年，耿馬傣族佤族自治縣撤銷福榮拉祜族傈僳族鄉(xiāng)和河外鄉(xiāng)，其行政區(qū)域并入孟定鎮(zhèn)，孟定鎮(zhèn)政府駐地不變（省政府2005年8月16日批準(zhǔn)）。
2006年，耿馬傣族佤族自治縣總面積3837平方千米，總?cè)丝?8.54萬人。轄4個(gè)鎮(zhèn)、5個(gè)鄉(xiāng)（其中1個(gè)民族鄉(xiāng)）：耿馬鎮(zhèn)、勐永鎮(zhèn)、勐撒鎮(zhèn)、孟定鎮(zhèn)、大興鄉(xiāng)、芒洪拉祜族布朗族鄉(xiāng)、四排山鄉(xiāng)、賀派鄉(xiāng)、勐簡(jiǎn)鄉(xiāng)；勐撒農(nóng)場(chǎng)、孟定農(nóng)場(chǎng)。共有3個(gè)居委會(huì)、82個(gè)行政村�？h政府駐耿馬鎮(zhèn)。
2010年第六次人口普查，耿馬傣族佤族自治縣常住總?cè)丝?96302人，其中：耿馬鎮(zhèn)59324人，勐永鎮(zhèn)31141人，勐撒鎮(zhèn)37299人，孟定鎮(zhèn)102992人，大興鄉(xiāng)9249人，芒洪鄉(xiāng)8522人，四排山鄉(xiāng)15069人，賀派鄉(xiāng)18309人，勐簡(jiǎn)鄉(xiāng)14397人。