2006年，全縣總面積1957平方千米，總人口13.29萬人。轄3個鎮、3個鄉，3個居委會、39個行政村。
娜允鎮 面積：359.28平方千米 人口：4.72萬人 郵編：665800 代碼：530827101 轄3個居委會、9個行政村：城東、古城、金塔；娜允、芒掌、芒弄、景吭、芒街、南雅、允山、洪安、南抗。鎮政府駐娜允。
“娜允”是傣語諧音，為“內城”之意。1289年（傣歷651年）傣王罕罷法在孟連建傣城——娜允，元朝朝廷在此設“木連路軍民府”。明永樂四年（1406），明朝設“孟連長官司”，隸云南都司。1949年前直屬孟連宣撫司署管轄，1950年為瀾滄縣的孟連區一村、二村，1954年為孟連區，1958年改鄉，1969年改公社，1984年改區，1988年改孟連鎮。？年更名為娜允鎮。原南雅鄉1950年為孟連區第四村，1954年為孟連區南抗、允山鄉。1958年合并為南抗鄉（區級），1960年成立南雅區，1969改公社，1984年改區，1988年置鄉。2006年，撤銷南雅鄉，其行政區域并入娜允鎮。
勐馬鎮 面積：515.05平方千米 人口：2.72萬人 郵編：665801 代碼：530827102 轄8個行政村：勐馬、帕亮、芒海、賀安、勐阿、雙相、臘福、東乃。鎮政府駐小寨。
勐馬鎮以駐地得名，勐馬是傣語地名，“勐”為地方，“馬”為來到之意。“勐馬”即從其它地方遷來居住的村莊。1949年前屬孟連宣撫司召根達管轄，1950年為瀾滄縣南卡區，1954年6月16日成立孟連傣族拉祜族佤族自治區人民政府后改為勐馬區，1969年改為勐馬公社，1984年改為勐馬區，1988年2月改為勐馬鎮。
芒信鎮 面積：340.76平方千米 人口：1.52萬人 郵編：665808 代碼：530827103 轄6個行政村：芒信、拉戛、芒卡、海東、岔河、班順。鎮政府駐芒信。
1950年為孟連區海東、芒京村，1954年成立臘壘區，1969年改公社，1984年改區，1988年置臘壘鄉。？年，撤鄉設鎮，并更名為芒信鎮。
景信鄉 面積：169.88平方千米 人口：1.35萬人 郵編：665807 代碼：530827201 轄5個行政村：回俄、景冒、朗勒、勐白、糯各。鄉政府駐回俄。
1950年為孟連區第三村。1954年為孟連區獨固、朗勒鄉。1958年合并為獨固鄉（區級）。1960立成立景信區，1969年改公社，1984年改區，1988年置鄉。
富巖鄉 面積：239.26平方千米 人口：1.33萬人 郵編：665805 代碼：530827203 
全鄉轄5個行政村：信崗、英溝、大曼糯、等戛拉、芒冒。鄉政府駐富巖。
1950年為孟連區第七村，1954年設富巖區，1969年改公社，1984年改區，1988年置鄉。
公信鄉 面積：269.19平方千米 人口：1.41萬人 郵編：665804 代碼：530827204 
全鄉轄6個行政村：班別、公良、公信、糯董、廣科、班文。鄉政府駐班別上寨。
1950年為南卡區公信村，1954年為勐馬區第二村，1955年為勐馬區公信、糯董鄉，1960年兩鄉合并成立公信區，1969年改公社，1984年改區，1988年置鄉。
孟連農場  郵編：665802 代碼：530827401
孟連農場屬云南農墾集團普洱農墾分局。農場總人口4267人。      
**　以上名錄、面積、人口根據《云南行政區劃簡冊2006》；代碼根據《2006云南行政區劃代碼》；沿革根據《中國政區大典》（部分根據其他資料加以修改）**