1939年由自流井、貢井置自貢市，以二地首字得名。自流井因鹽水自流得名，貢井因鹽質(zhì)精良以入貢帝王為名。1950年自貢市由川南行署直轄。1952年自貢市改由四川省直轄。1979年原屬內(nèi)江地區(qū)的榮縣（駐城關(guān)鎮(zhèn)）劃歸自貢市領(lǐng)導(dǎo)。1983年，將宜賓地區(qū)的富順縣劃歸自貢市。

1995年，全市除自流井區(qū)外，其他區(qū)、縣行政區(qū)劃都有較大調(diào)整。調(diào)整前全市六個(gè)區(qū)、縣、轄17個(gè)區(qū)公所、147年鄉(xiāng)、26個(gè)鎮(zhèn)、12個(gè)街道辦事處；調(diào)整后，轄15個(gè)區(qū)公所、52個(gè)鄉(xiāng)、76個(gè)鎮(zhèn)、10個(gè)街道辦事處。2000年6月25日，國務(wù)院批準(zhǔn)，自貢市人民政府駐地由自流井區(qū)解放路遷至大安區(qū)丹桂大街。

2000年第五次人口普查，自貢市常住總?cè)丝?033763人。其中：自流井區(qū)206060人、貢井區(qū)134697人、大安區(qū)358977人、沿灘區(qū)351650人、榮縣862003人、富順縣1120376人。2004年，自貢市轄4個(gè)區(qū)、2個(gè)縣，10個(gè)街道、75個(gè)鎮(zhèn)、21個(gè)鄉(xiāng)。

2005年6月15日，國務(wù)院（國函[2005]52號(hào)）批復(fù)同意調(diào)整自貢市部分行政區(qū)劃：（1）將自貢市大安區(qū)的紅旗鄉(xiāng)，自貢市沿灘區(qū)的仲權(quán)鎮(zhèn)、舒坪鎮(zhèn)、高峰鄉(xiāng)、農(nóng)團(tuán)鄉(xiāng)、漆樹鄉(xiāng)和自貢市貢井區(qū)的榮邊鎮(zhèn)劃歸自貢市自流井區(qū)管轄。（2）將榮縣的龍?zhí)舵?zhèn)、橋頭鎮(zhèn)、五寶鎮(zhèn)、蓮花鎮(zhèn)、成佳鎮(zhèn)、白廟鎮(zhèn)、章佳鄉(xiāng)、牛尾鄉(xiāng)劃歸貢井區(qū)管轄。（3）將富順縣的廟壩鎮(zhèn)、牛佛鎮(zhèn)、回龍鎮(zhèn)劃歸大安區(qū)管轄。（4）將富順縣的仙市鎮(zhèn)、瓦市鎮(zhèn)劃歸沿灘區(qū)管轄。同年，四川省政府（川府函[2005]123號(hào)）批復(fù)同意調(diào)整自貢市部分行政區(qū)劃。【調(diào)整原因：自貢市原有行政區(qū)劃主要存在下列問題：1、“飛地”過多，全市較大塊的飛地有6塊，面積3.3平方千米，人口3314人；2、區(qū)包圍區(qū)。作為自貢市城市中心區(qū)的自流井區(qū)被大安區(qū)封閉式環(huán)繞包圍，缺乏發(fā)展空間；3、區(qū)縣行政區(qū)劃嚴(yán)重畸形。】

2005年行政區(qū)劃調(diào)整共涉及20個(gè)鎮(zhèn)（鄉(xiāng)）、50余萬人口、面積700余平方千米：（一）自流井區(qū)：劃入大安區(qū)紅旗鄉(xiāng)，沿灘區(qū)高峰鄉(xiāng)、農(nóng)團(tuán)鄉(xiāng)、漆樹鄉(xiāng)、仲權(quán)鎮(zhèn)、舒坪鎮(zhèn)，貢井區(qū)榮邊鎮(zhèn)。調(diào)整后，面積152.94平方千米，人口330064人。（二）貢井區(qū)：劃出榮邊鎮(zhèn)；劃入榮縣龍?zhí)舵?zhèn)、橋頭鎮(zhèn)、五寶鎮(zhèn)、蓮花鎮(zhèn)、成佳鎮(zhèn)、白廟鎮(zhèn)、章佳鄉(xiāng)、牛尾鄉(xiāng)。調(diào)整后，面積417.63平方千米，人口295936人。（三）大安區(qū)：劃出紅旗鄉(xiāng)；劃入富順縣廟壩鎮(zhèn)、牛佛鎮(zhèn)、回龍鎮(zhèn)。調(diào)整后，面積398.81平方千米，人口442661人。（四）沿灘區(qū)：劃出高峰鄉(xiāng)、農(nóng)團(tuán)鄉(xiāng)、漆樹鄉(xiāng)、仲權(quán)鎮(zhèn)、舒坪鎮(zhèn)；劃入富順縣仙市鎮(zhèn)、瓦市鎮(zhèn)。調(diào)整后，面積467.99平方千米，人口390914人。（五）榮縣：劃出龍?zhí)舵?zhèn)、橋頭鎮(zhèn)、五寶鎮(zhèn)、蓮花鎮(zhèn)、成佳鎮(zhèn)、白廟鎮(zhèn)、章佳鄉(xiāng)、牛尾鄉(xiāng)。調(diào)整后，面積1598.97平方千米，人口691751人。（六）富順縣：劃出瓦市鎮(zhèn)、廟壩鎮(zhèn)、牛佛鎮(zhèn)、仙市鎮(zhèn)、回龍鎮(zhèn)。調(diào)整后，面積1336.26平方千米，人口1001699人。【根據(jù)2005年7月22日《自貢市人民政府關(guān)于自貢市新的行政區(qū)劃實(shí)施時(shí)間的通知》（自府發(fā)[2005]30號(hào)），調(diào)整后的行政區(qū)劃于8月1日起正式運(yùn)行。全市戶籍總?cè)丝?17.28萬人。調(diào)整后的榮縣由90萬人口減少到69萬人，富順縣則由120多萬人口減少到100萬。四城區(qū)人口均在30萬人以上，所有城區(qū)人口增加到140萬人，城區(qū)面積增加600平方千米，為1437平方千米。】

2010年第六次人口普查，自貢市常住總?cè)丝?678899人，其中：自流井區(qū)346403人，貢井區(qū)260607人，大安區(qū)382245人，沿灘區(qū)272809人，榮縣590640人，富順縣826195人。