因興寧區的部分區域在1950年以前屬南寧（邕寧縣）興寧鎮管轄，故得名。古為邕州城區，1949年前為南寧興寧鎮。1950年，南寧市城區街道由市公安局的10個派出所分別管理，興寧區域為興寧、明德、寧武、和平4個派出所管轄。1951年，南寧市劃分為第四、五、六區及郊區，興寧區域包括了第五區的大部分，第六區的一部分及郊區的小部分。

1953年，南寧市原四、五、六區改為第二、三、四區。同年3月15日，市民普選，第三區（今興寧區）人民政府成立，這是興寧區有建制之始。1955年12月撤銷第三區（今興寧區）建制，建立興寧、民生、解放、邕江上段、邕江下段5個街道辦事處。

1958年7月，撤銷街道辦事處，恢復區級建制，設立興寧區，并成立區黨委。1960年6月，改興寧區為興寧人民公社。1979年3月，撤銷人民公社，成立朝陽區。1980年4月更名為興寧區，同年5月成立興寧區人民政府，駐解放路54號。

1997年，興寧區面積7.2平方千米，人口12萬，以漢族為多，轄2個街道：民生街道、朝陽街道。區政府駐解放路。2000年第五次人口普查，全區總人口131865人，其中：民生街道51473人、朝陽街道80392人。

2001年11月15日，國務院批準（國函[2001]150號）：將原南寧市郊區的安吉鎮、三塘鎮和上堯鄉的虎邱村劃歸南寧市興寧區管轄。12月，南寧市調整部分市轄區行政區劃，將原郊區上堯鄉的虎邱村、安吉鎮、三塘鎮及順延到高峰林場的區域（即以安吉至甘圩的三級公路為界往東與邕寧縣、武鳴縣行政區劃界線止），劃給興寧區管轄，同時將原上堯鄉的虎邱村、安吉鎮的雞村2個村劃歸朝陽街道辦事處管理。區劃調整后，興寧區轄民生、朝陽2個街道，安吉、三塘2鎮，29個社區和17個行政村，總面積253平方千米，常住人口17萬人。

2002年末，興寧區位于南寧市市區中心，延伸至市區東北部。行政轄區面積253平方千米，人口16.8萬人。轄朝陽、民生2個街道辦事處和三塘、安吉2個鎮。

2003年4月9日，根據《廣西壯族自治區人民政府關于同意撤銷安吉鎮建制的批復》（桂政函[2003]249號）精神，經南寧市委，市人民政府研究（南府發[2003]36號），決定撤銷安吉鎮建制，設立兩個街道辦事處對原安吉鎮轄區進行管理。安吉鎮建制撤銷后，原安吉鎮的西津，連疇，永寧、北湖，皂角5個村仍屬興寧區管轄，人口1.1萬人，面積19.9平方千米；蘇盧、屯淥、屯里、大塘4個村歸城北區管轄，人口1.2萬人，面積20.1平方千米。興寧區與城北區的城區界線，以現行的村界為區界。城北區、興寧區分別設立相應的街道辦事處。街道辦事處對所轄范圍實行屬地管理。城北區新設立的街道辦事處定名為“安吉街道辦事處”，辦事處辦公地址設在原安吉鎮人民政府大院；興寧區新設立的街道辦事處定名為“安寧街道辦事處”，辦事處地址由興寧區人民政府定址并落實。2003年末，興寧區常住人口16萬人。轄3個街道、1個鎮：民生街道、朝陽街道、安寧街道、三塘鎮，共有28個社區、14個行政村。

2004年，興寧區位于南寧市中心，總面積233.1平方千米。東經108°3′-108°51′，北緯22°44′-23°32′；東西向最大跨距16.49千米，南北向最大跨距22.1千米；東面與新城區毗鄰，南面與江南區隔河相望，西南從解放路轉華強路中下段與永新區相接，北面以鐵路線為界與城北區毗鄰。興寧區轄3個街道辦事處、1個鎮，共28個社區和15個行政村。年末常住人口158494人。（按區劃調整前的區域）

2004年9月15日，國務院批準（國函[2004]79號）調整南寧市部分行政區劃：將原邕寧縣的四塘、五塘、昆侖3個鎮劃歸興寧區管轄，興寧區人民政府駐廂竹大道。調整后，興寧區轄民生街道、朝陽街道、安寧街道；三塘鎮、四塘鎮、五塘鎮、昆侖鎮。

2005年，將興寧區的民生社區劃給青秀區，將青秀區的望仙坡社區、金牛橋社區、長堽西社區、燕子嶺社區、長堽東社區、將橋社區和官橋村劃給興寧區，以民主路和長堽路為界。3月30日，兩區舉行了社區居委會的交接儀式。2005年6月25日，南寧市人民政府《關于調整部分鄉鎮行政區劃的通知》（南府發[2005]70號）：同意撤銷四塘鎮，并入三塘鎮。至此，興寧區轄2個街道、3個鎮：民生街道、朝陽街道、三塘鎮、五塘鎮、昆侖鎮。

2009年末，興寧區東起民族大道與青秀區交界，南臨邕江與江南區相望，西接解放路、華強路及鐵路沿線與西鄉塘區毗鄰，北至廣西林科院、廣西高峰林場與武鳴縣接壤。總面積751平方千米，總人口29.79萬人，其中農業人口13.17萬人；壯族人口18.14萬人。轄2個街道、3個鎮，38個社區、37個行政村，330個自然村（屯）。