商稱艾侯國。春秋戰國稱艾邑，先后屬吳、越、楚。西漢高祖六年（公元前201年）置艾縣。新莽稱治翰。東漢中平年間（公元185－188年）置西平縣，建安四年（公元199年）置西安縣，此時艾、西平、西安三縣并存。晉太康元年（280）改西安為豫章郡。隋開皇九年（589）三縣廢，屬建昌地。大業三年（607年）置豫章縣，唐武德五年（622）析置西平縣。長安四年（704）改豫章為武寧縣，屬豫章郡。
　　貞元十六年（800）析置分寧縣（從武寧分出故名），駐今義寧鎮，屬洪州。開成三年（838）復置西平縣，宋開寶元年（968）西平縣廢，并為寧縣。建炎四年（1130）改為義寧軍。元大德五年（1301）改稱寧州。清嘉慶三年(1798)改為義寧州。
　　1912年改義寧州為義寧縣。1914年改為修水縣，因修水得名，屬潯陽道。1926年直隸江西省，1932年屬第二行政區，1935年屬第一行政區，1942年屬第二行政區。1949年6月16日解放，初屬袁州專區，1949年底屬九江專區。

　　解放初，轄2區，34鄉，313保，3791甲，有54347戶、358428人。1957年前為10區，267鄉。1958年公社化，分6區，46公社，475個生產大隊，4187個生產隊。1960年撤區并社，為17個直屬社和1鎮、4場。翌年復10區，59社（含3個直屬社），1鎮，2場。1964年并為8個區，57社（含4個直屬社）。1966年并為53社（含3個直屬社）。1968年再次撤區并社，為27個縣直社和1鎮，1場。1972年復8區，50社（含2個直屬社），1鎮。
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　　1987年3月30日，設置九都鄉建制，管轄黃坳林場的區域，駐地黃坳街。程坊鄉分設程坊、崇河兩鄉（贛府廳字[1987]158號批復）。1987年7月22日，復原鄉分設復原、雅洋鄉建制，復原鄉轄馬門嘴、坑口、五峰、湖洲、七里墩五個行政村，駐坑口。雅洋鄉轄楓林、雙港口、雅洋、界牌、中坪五個行政村，駐雅洋坪（贛府廳字[1987]337號批復）。
　　1992年5月6日，撤銷太陽升鄉，設立太陽升鎮（贛民字[1992]74號批復）。1993年1月3日，撤銷渣津鄉、山口鄉、白嶺鄉、黃沙港鄉、古市鄉、朱溪鄉、馬坳鄉、溪口鄉，設立渣津鎮、山口鎮、白嶺鎮、黃沙港鎮、古市鎮、朱溪鎮、馬坳鎮、溪口鎮（贛民字[1993]3號批復）。
　　1995年3月10日，撤銷清水巖鄉、黃沙橋鄉、上奉鄉、何市鄉，設立四都鎮、黃沙橋鎮、上奉鎮、何市鎮；撤銷崇河鄉建制，將其所轄區域并入程坊鄉，鄉政府駐地下北嶺（贛民字[1995]35號批復）。
　　1995年12月12日，江西省民政廳（贛民字[1995]269號）批復：（一）同意修水縣撤銷合并以下鄉鎮：1、撤銷朱溪鎮、沙灣鄉，設立大橋鎮，駐朱溪廠。2、撤銷司前鄉，劃歸渣津鎮，駐渣津。3、撤銷上莊鄉，劃歸溪口鎮，駐溪口。4、撤銷東津鄉，劃歸馬坳鎮，駐馬坳。5、撤銷湯橋鄉、黃沙橋鎮，設立黃沙鎮，駐黃沙橋。6、撤銷中塅鄉，劃歸水源鄉，駐圣學屋。7、撤銷白橋鄉，劃歸黃龍鄉，駐白橋。8、撤銷月塘鄉、畫坪鄉，劃歸古市鎮，駐古市。9、撤銷靖林鄉，劃歸東港鄉，駐東渡港。10、撤銷楊津鄉，劃歸大椿鄉，駐大港。11、撤銷桃坪鄉，劃歸山口鎮，駐山口新街。12、撤銷赤江鄉，劃歸征村鄉，駐塅上。13、撤銷塘排鄉、九都鄉，設立黃坳鄉，駐塘排。14、撤銷雅洋鄉，劃歸復原鄉，駐雅洋坪。15、撤銷寧州鄉、桃里鄉，劃歸義寧鎮，駐南崖。16、將東港鄉的駱駝坪、萬家山、齊源三個行政村劃歸程坊鄉管轄。（二）同意撤鄉設撤銷同前鄉鎮：1、撤銷全豐鄉，設立全豐鎮。2、撤銷港口鄉，設立港口鎮。3、撤銷杭口鄉，設立杭口鎮。（三）同意鄉鎮更名：1、太陽升鎮更名為三都鎮。2、黃沙港鎮更名為黃港鎮。3、湯橋鄉、黃沙橋鎮合并后更名為黃沙鎮。4、塘排鄉、九都鄉合并后更名黃坳鄉。至此，全縣轄17個鎮、19個鄉：義寧鎮、溪口鎮、港口鎮、白嶺鎮、全豐鎮、古市鎮、馬坳鎮、杭口鎮、渣津鎮、大橋鎮、黃港鎮、黃沙鎮、何市鎮、上奉鎮、山口鎮、三都鎮、四都鎮、復原鄉、漫江鄉、征村鄉、黃坳鄉、余塅鄉、上衫鄉、水源鄉、東港鄉、石坳鄉、竹坪鄉、廟嶺鄉、程坊鄉、上杭鄉、西港鄉、新灣鄉、黃龍鄉、路口鄉、大椿鄉、布甲鄉。
　　1997年，全縣面積4503平方千米。人口73.3萬。轄17鎮19鄉：義寧鎮、溪口鎮、港口鎮、白嶺鎮、全豐鎮、古市鎮、馬坳鎮、杭口鎮、渣津鎮、大橋鎮、黃港鎮、黃沙鎮、何市鎮、上奉鎮、山口鎮、三都鎮、四都鎮、復原鄉、漫江鄉、征村鄉、黃坳鄉、余塅鄉、上衫鄉、水源鄉、東港鄉、石坳鄉、竹坪鄉、廟嶺鄉、程坊鄉、上杭鄉、西港鄉、新灣鄉、黃龍鄉、路口鄉、大椿鄉、布甲鄉。縣政府駐義寧鎮。
　　1999年3月4日，撤銷西港鄉，設立西港鎮（贛民字[1999]50號批復）。至此，全縣轄18個鎮、18個鄉。
　　2000年根據第五次人口普查，全縣總人口745976人；其中：義寧鎮82942人、三都鎮27695人、全豐鎮27315人、白嶺鎮32788人、古市鎮36964人、大橋鎮33627人、渣津鎮41930人、杭口鎮16493人、馬坳鎮36734人、氍口鎮32637人、港口鎮21472人、上奉鎮14843人、何市鎮20657人、黃港鎮19441人、黃沙鎮21190人、山口鎮20054人、四都鎮24142人、西港鎮21480人、路口鄉15236人、黃龍鄉18101人、上衫鄉14981人、余段鄉4704人、水源鄉11928人、石坳鄉14099人、東港鄉12682人、上杭鄉16384人、程坊鄉4891人、新灣鄉11548人、布甲鄉9173人、大椿鄉18997人、廟嶺鄉8861人、竹坪鄉7370人、征村鄉14053人、漫江鄉8719人、復源鄉6521人、黃坳鄉15324人。
　　2002年底，修水縣縣政府駐義寧鎮。面積4504平方千米，總人口75.5萬人，其中非農業人口7.7萬人。轄18個鎮、18個鄉，12個居委會、446個行政村
　　2003年底，全縣總人口76萬人，轄18鎮18鄉。2008年，三都鎮更名為太陽升鎮。全縣轄18個鎮、18個鄉：義寧鎮、白嶺鎮、全豐鎮、古市鎮、大橋鎮、渣津鎮、馬坳鎮、杭口鎮、港口鎮、溪口鎮、西港鎮、山口鎮、黃沙鎮、黃港鎮、何市鎮、上奉鎮、四都鎮、太陽升鎮、路口鄉、黃龍鄉、上衫鄉、余段鄉、水源鄉、石坳鄉、東港鄉、上杭鄉、程坊鄉、新灣鄉、布甲鄉、漫江鄉、復原鄉、竹坪鄉、征村鄉、廟嶺鄉、黃坳鄉、大椿鄉。縣政府駐義寧鎮義寧大道。
　　2010年1月22日，《江西省民政廳關于同意修水縣有關行政區劃調整的批復》（贛民字[2010]13號）：經省人民政府批準，同意撤銷程坊鄉，成建制并入馬坳鎮；同意將義寧鎮分設為義寧鎮、寧州鎮。