扎賚特，系蒙古語，為古代蒙古族部落的名稱。據(jù)《滿洲地名考》：“扎賚”為洼地之意。清初，分蒙古科爾沁部部分區(qū)域?yàn)樵l特部，亦即扎賚特旗，旗府駐音德爾鎮(zhèn)，隸屬哲里木盟。光緒二十八年（1902年），設(shè)扎賚特荒務(wù)行局，并相繼出放莫勒紅崗子街基。光緒三十年十二月（1905年1月），于嫩江右岸設(shè)置大賚廳，駐莫勒紅崗子（今大賚鎮(zhèn)）。
民國(guó)成立后，隸屬黑龍江省管轄。東北淪陷后，初隸黑龍江省，后劃歸興安南分省。1946年6月，隸屬興安省納文慕仁盟。1949年改隸內(nèi)蒙古自治區(qū)興安盟。1953年4月，隸屬內(nèi)蒙古自治區(qū)東部行政公署。1954年5月，隸屬呼倫貝爾盟。1969年7月，隨同呼倫貝爾盟一并劃歸黑龍江省管轄。1979年7月，劃歸內(nèi)蒙古自治區(qū)管轄，初隸呼倫貝爾盟，1980年1月改隸興安盟。
1996年?，扎賚特旗轄4個(gè)鎮(zhèn)、9個(gè)蘇木、8個(gè)鄉(xiāng)：音德爾鎮(zhèn)、新林鎮(zhèn)、巴彥高勒鎮(zhèn)、胡爾勒鎮(zhèn)、圖牧吉蘇木、巴達(dá)爾胡蘇木、巴彥烏蘭蘇木、阿爾本格勒蘇木、綽勒蘇木、寶力根花蘇木、阿拉達(dá)爾吐蘇木、阿拉坦花蘇木、都爾本新蘇木、巴彥扎拉嘎鄉(xiāng)、二龍山鄉(xiāng)、好力保鄉(xiāng)、小城子鄉(xiāng)、五家戶鄉(xiāng)、巴岱鄉(xiāng)、努文木仁鄉(xiāng)、罕達(dá)罕鄉(xiāng)。
1999年?，撤銷阿爾本格勒蘇木、巴達(dá)爾胡蘇木、綽勒蘇木、圖牧吉蘇木，設(shè)立阿爾本格勒鎮(zhèn)、巴達(dá)爾胡鎮(zhèn)、綽勒鎮(zhèn)、圖牧吉鎮(zhèn)。調(diào)整后，扎賚特旗轄8個(gè)鎮(zhèn)、8個(gè)鄉(xiāng)、5個(gè)蘇木。
2000年第五次人口普查，扎賚特旗總?cè)丝?92979人，其中：音德爾鎮(zhèn)64977人，新林鎮(zhèn)16299人，巴彥高勒鎮(zhèn)28257人，胡爾勒鎮(zhèn)14180人，阿爾本格勒鎮(zhèn)17919人，巴達(dá)爾胡鎮(zhèn)18805人，綽勒鎮(zhèn)12006人，圖牧吉鎮(zhèn)14324人，五家戶鄉(xiāng)16869人，巴岱鄉(xiāng)16413人，好力保鄉(xiāng)16091人，都爾本新蘇木4316人，努文木仁鄉(xiāng)6732人，小城子鄉(xiāng)16101人，二龍山鄉(xiāng)20758人，寶力根花蘇木12339人，巴彥扎拉嘎鄉(xiāng)19256人，罕達(dá)罕鄉(xiāng)16609人，阿拉坦花蘇木6640人，阿拉達(dá)爾吐蘇木10834人，巴彥烏蘭蘇木18149人，圖牧吉?jiǎng)诠芩?470人，保安沼監(jiān)獄3501人，烏蘭監(jiān)獄3344人，烏塔其監(jiān)獄6144人，扎旗種畜場(chǎng)2740人，八一牧場(chǎng)3286人，巴達(dá)爾胡農(nóng)場(chǎng)2620人。
2001年調(diào)整后，全旗轄8個(gè)鎮(zhèn)、8個(gè)鄉(xiāng)、3個(gè)蘇木：音德爾鎮(zhèn)、新林鎮(zhèn)、巴彥高勒鎮(zhèn)、胡爾勒鎮(zhèn)、阿爾本格勒鎮(zhèn)、巴達(dá)爾胡鎮(zhèn)、綽勒鎮(zhèn)、圖牧吉鎮(zhèn)、五家戶鄉(xiāng)、巴岱鄉(xiāng)、好力保鄉(xiāng)、努文木仁鄉(xiāng)、小城子鄉(xiāng)、二龍山鄉(xiāng)、寶力根花蘇木、巴彥扎拉嘎鄉(xiāng)、罕達(dá)罕鄉(xiāng)、阿拉達(dá)爾吐蘇木、巴彥烏蘭蘇木。
2006年，全旗總面積11155平方千米。總?cè)丝?9.3萬人，其中蒙古族人口15.8萬人；農(nóng)業(yè)人口31.8萬人。人口密度35.2人/平方千米。轄7個(gè)鎮(zhèn)（含10個(gè)鄉(xiāng)級(jí)工作部）、1個(gè)蘇木、1個(gè)鄉(xiāng)和1個(gè)鄉(xiāng)級(jí)國(guó)營(yíng)種畜場(chǎng)，194個(gè)嘎查村，705個(gè)自然屯。
2009年末，全旗總面積11155平方千米。常住人口399289人，其中蒙古族16.5萬人；城鎮(zhèn)人口80259人，鄉(xiāng)村人口319030人。轄7個(gè)鎮(zhèn)、1個(gè)蘇木、1個(gè)鄉(xiāng)、10個(gè)鄉(xiāng)級(jí)工作部和1個(gè)鄉(xiāng)級(jí)國(guó)營(yíng)種畜場(chǎng)，194個(gè)嘎查村，705個(gè)自然屯。
2011年，恢復(fù)寶力根花蘇木、阿拉達(dá)爾吐蘇木、巴彥扎拉嘎鄉(xiāng)、努文牧仁鄉(xiāng)。調(diào)整后，全旗轄7個(gè)鎮(zhèn)、3個(gè)鄉(xiāng)、3個(gè)蘇木：音德爾鎮(zhèn)、新林鎮(zhèn)、巴彥高勒鎮(zhèn)、胡爾勒鎮(zhèn)、阿爾本格勒鎮(zhèn)、巴達(dá)爾胡鎮(zhèn)、圖牧吉鎮(zhèn)、好力保鄉(xiāng)、巴彥烏蘭蘇木、寶力根花蘇木、阿拉達(dá)爾吐蘇木、巴彥扎拉嘎鄉(xiāng)、努文牧仁鄉(xiāng)。