下城是杭州古城的一部分，自宋至清下城歸屬錢塘、仁和縣，民國元年并錢塘、仁和兩縣為杭縣，民國16年改杭縣為杭州市，下城屬城區，民國24年杭州分為八個區，下城為第三區，1949年更名為下城區。

1999年，撤銷石橋鄉、東新街道，設立石橋鎮。調整后，全區轄6個街道、1個鎮：長慶街道、武林街道、天水街道、艮山街道、潮鳴街道、朝暉街道、石橋鎮。

2000年第五次人口普查，下城區總人口412406人，其中：武林街道40887人、長慶街道46231人、天水街道35917人、艮山街道47887人、潮鳴街道21290人、朝暉街道85704人、石橋鎮134490人。

2000年9月，全區153個居民區調整為70個社區（1999年10月下城區被國家民政部確定為社區建設實驗區），創建大家苑、燈芯巷、浙大·御蹕等7個新型示范社區。2000年末，全區人口31.5萬人。轄6個街道、1個鎮，70個社區、9個行政村。2001年末，下城區轄6個街道、1個鎮，65個社區、9個行政村。2002年末，全區面積30.94平方千米，人口32.85萬人，共有65個社區、7個（一說9個）行政村。2003年末，全區共有67個社區、4個行政村。

2004年7月14日，杭州市人民政府（杭政函[2004]97號）批復同意下城區部分行政區劃調整：根據《浙江省人民政府關于杭州市下城區部分行政區劃調整的批復》（浙政函[2004]106號）精神和行政區劃調整的有關規定，現批復如下：　一、撤銷石橋鎮建制，其行政區域改由你區政府直轄。設立石橋、東新、文暉3個街道辦事處　（1）石橋街道辦事處駐北景園小區，區域面積9.73平方千米，人口2.06萬。轄天堂園1個社區和永豐、石橋、華豐、楊家等4個行政村。界線為：東以下江界線與江干區相鄰，南以杭州家私市場北圍墻、石祥路、杭州重型機械廠北圍墻、石橋港和廟前港為界與東新街道、文暉街道相鄰，西以上塘河、宣杭鐵路為界與拱墅區、東新街道相鄰，北以下拱界線與拱墅區相鄰。　（2）東新街道辦事處駐東新路435號，區域面積7.3平方千米，人口5.48萬。轄三塘北苑、新顏苑、三塘苑、三塘、燈塔、西文、沈家、東新園、沁苑、中舟、杭氧、德勝東村、富春苑、長青苑等14個社區。界線為：東以宣杭鐵路、長濱路、顏家漾為界與石橋街道、文暉街道相連，南以紹興路橋、紹興路中段、岳帥路西段、岳帥橋、香積寺路、顏家漾支流、廟前港為界與文暉街道相接；西以上塘河為界與朝暉街道、拱墅區相鄰，北以杭州家私市場北圍墻、石祥路、杭州重型機械廠北圍墻、石橋港為界與石橋街道相鄰。　（3）文暉街道辦事處駐流水東苑3幢2樓，區域面積5.48平方千米，人口4.85萬。轄流水西苑、流水東苑、京都苑、和平苑、打鐵關、勝利等6個社區，其中流水西苑、流水東苑、京都苑三個社區整體從原艮山街道劃入。界線為：東至長濱河、下江界線與東新街道、江干區相鄰，南以京杭運河為界與長慶、潮鳴街道相接，西以長濱路、顏家漾、上塘河為界與東新街道、朝暉街道相鄰，北以紹興路橋、紹興路中段、岳帥路西段、岳帥橋、香積寺路、顏家漾支流、廟前港為界與石橋街道、東新街道相連。　二、撤銷潮鳴、艮山街道辦事處建制，設立潮鳴街道辦事處
　　潮鳴街道辦事處駐潮鳴苑16幢西側，區域面積1.98平方千米，人口6.6萬。轄東河、小天竺、知足弄、所巷、石板巷、刀茅巷、樹園、艮園、東園、體東、永康苑等11個社區。界線為：東靠滬杭鐵路、貼沙河，南連慶春路，西臨東河，北臨京杭運河。　三、保留天水、武林、長慶、朝暉街道區劃不變。調整后，下城區轄8個街道辦事處：長慶街道、武林街道、天水街道、潮鳴街道、朝暉街道、石橋街道、東新街道、文暉街道。

2004年10月，下城區行政中心從武林街道慶春路200號遷至文暉街道文暉路1號。2004年末，下城區轄8個街道，67個社區、4個行政村。2005年末，全區總面積31.46平方千米，總人口40.5（一說35.69）萬人，共有68個社區。2006年末，全區共有70個社區。