今市區一帶，漢代為海中小沙洲。唐末開始設鎮。五代設郡，稱靜海。后周顯德五年（958年）筑城，始稱通州。宋天圣元年（1023年）改稱崇州，又名崇川。不久復稱通州。辛亥革命后，廢州設縣，稱南通縣。

1949年2月南通全境解放后，劃城區、狼山、天生港一帶建南通市，先后為蘇北行署、南通地區專署所轄，1962年改為省轄市。1983年南通地區與南通市合并，實行市管縣體制，設立城區。1991年5月，經國務院批準，南通市城區更名為崇川區。

1996年，全區面積57.5平方千米，人口35.3萬，轄8個街道、3個鄉。區政府駐躍龍南路。

2000年第五次人口普查，崇川區總人口546938人，其中：城東街道61262人，和平橋街道69086人，新城橋街道52026人，人西街道35195人，虹橋街道76685人，學田街道51019人，中興街道28894人，新開鎮22217人，狼山鎮18218人，八廠鄉58986人，鐘秀鄉41832人，任港鄉31518人。

2001年經省人民政府批準，將通州市的觀音山鎮、小海鎮、竹行鎮、通州市良種場劃歸南通市崇川區管轄；將通州市行政區域范圍內的南通農場（隸屬省農墾集團公司）、東方紅農場（隸屬省軍區）劃入南通市崇川區行政區域。其中：小海鎮、竹行鎮、良種場、種畜場整建制劃進市區并委托富民港辦事處管轄，南通農場（省屬）和東方紅農場（省屬）劃入富民港辦事處行政區劃范圍內。

2004年末，觀音山鎮面積31.17平方千米，人口55110人。狼山鎮面積19.42平方千米，人口30492人。新開鎮面積14.53平方千米，人口28841人。竹行鎮面積31.98平方千米，人口33583人。小海鎮面積27.04平方千米，人口35898人。（數據來源于《江蘇省統計年鑒》）

2006年，全區面積99.67平方千米，人口54.89萬人。轄8個街道、2個鎮：城東街道、和平橋街道、任港街道、新城橋街道、虹橋街道、學田街道、鐘秀街道、文峰街道、觀音山鎮、狼山鎮。（不包含經濟技術開發區數據）

2008年，全區轄9個街道、5個鎮：城東街道、和平橋街道、任港街道、新城橋街道、虹橋街道、學田街道、鐘秀街道、文峰街道、中興街道、觀音山鎮、狼山鎮、新開鎮、竹行鎮、小海鎮。其中，中興街道、新開鎮、竹行鎮、小海鎮由經濟技術開發區管理。

2009年，撤銷觀音山鎮、狼山鎮，設立觀音山街道、狼山鎮街道（4月28日正式實施）。2009年末，崇川區總面積100平方千米、總人口54.25萬人（數據來源于《江蘇省統計年鑒》）。

2010年，江蘇省政府批準同意南通市撤銷崇川區小海鎮、竹行鎮，分別設立小海街道、竹行街道；撤銷富民港辦事處新開鎮，設立新開街道。