原系無錫縣大同、和平、靖復、博愛4鎮地。1951年設立無錫市第三區。1956年改名為南長區，以境內道路南長街命名。1958年西新區南片并入。1960年改南長公社。1962年復稱南長區。

1996年，南長區面積13.2平方千米，人口21.3萬人。轄6個街道：長街街道、迎龍橋街道、談渡橋街道、通揚橋街道、清揚路街道、清名橋街道。區政府駐南長街86號。

2000年第五次人口普查，南長區總人口214407人，區劃：迎龍橋街道27227人，談渡橋街道23126人，長街街道57576人，清名橋街道21394人，清揚路街道44630人，通揚橋街道40454人。

2002年春，將濱湖區的揚名鎮、中橋街道、蘆莊街道劃歸南長區管轄。調整后，南長區轄8個街道、1個鎮：長街街道、迎龍橋街道、談渡橋街道、通揚橋街道、清揚路街道、清名橋街道、中橋街道、蘆莊街道、揚名鎮。

2004年，南長區行政區劃調整：談渡橋街道并入迎龍橋街道；原長街街道和通揚橋街道合并為南禪寺街道；清揚路街道并入清名橋街道；撤銷揚名鎮，設立揚名街道辦事處，管理9個村委會；原揚名鎮劃出兩部分區域，一部分與蘆莊街道合并改建為金匱街道，一部分與中橋街道合并改建為金星街道。

2005年，南長區轄6個街道：南禪寺街道、迎龍橋街道、清名橋街道、金星街道、金匱街道、揚名街道。共有50個社區、4個家委會、3個村委會。

2009年末，南長區總面積22平方千米、總人口33.58萬人。

2011年末，南長區面積23.9平方千米，人口328670人。轄揚名、金星、金匱、迎龍橋、清名橋、南禪寺6街道，共有55個社區。區政府駐永豐路1號。

　　附：2003年南長行政區劃（根據《江蘇省2003年底村及村以上代碼》整理）
　　迎龍橋街道：轄社區（錫惠里、水車灣、開源、湖濱、梁溪、迎南、德溪、錫山、五愛家園第一、五愛家園第二）。
　　談渡橋街道：轄社區（宋巷、前夾城、新夾城、振新路、耕瀆橋、談渡橋）。
　　清名橋街道：轄社區（清名橋、界涇橋、伯瀆港、敘豐里、廣南里、錦江苑、大窯路、前塘浜、水仙里、塘涇橋）。
　　長街街道：轄社區（永勝、風光里、新橋、井亭、柴機、北長街、日暉橋、跨塘橋、塘南新村第一、塘南新村第二、興竹、南苑、楊巷、妙光、槐古橋、綠塔路）。
　　清揚路街道：轄社區（南揚新村、清名新村、翠云新村、清揚新村第一、清揚新村第二、沁園新村第一、沁園新村第二、沁園新村第三、沁園新村第四、沁園新村第五、沁園新村第六、沁園新村第七）。
　　通揚橋街道：轄社區（揚名、通揚、新江南、大莊里、揚北、曹張新村第一、曹張新村第二、曹張新村第三、曹張新村第四、曹張新村第五、銀杏苑、新世紀花園）。
　　中橋街道：轄社區（中橋一村、中橋二村第一、中橋二村第二、中南新村、中橋三村、中聯新村、金城新村、翠園新村、新中北、中星苑）；家委會（無錫職業技術學院、無錫市紡織供應站、地質部無錫鉆探工具廠）。
　　蘆莊街道：轄社區（蘆莊第一、蘆莊第二、蘆莊第三、蘆莊第四、蘆莊第五、蘆莊第六、蘆莊第七、蘆莊第八、蘆莊第九）；新蘇機械廠家委會。
　　揚名鎮：轄村委會（五愛、五星、清一、清二、揚名、金星、新聯、蘆村、梁中）。