1946年設蓮南縣，因在連縣之南而得名。1958年改今名。

？年，連南瑤族自治縣轄3個鎮、9個鄉：三江鎮、寨崗鎮、大麥山鎮、金坑鄉、渦水鄉、寨南鄉、山聯鄉、三排鄉、南崗鄉、大坪鄉、香坪鄉、盤石鄉，83個管理區、3個居委會、1個城關辦事處。

2000年第五次全國人口普查，連南瑤族自治縣轄11個鎮、1個鄉。據數據，全縣總人口133814人，其中：三江鎮32399人、大麥山鎮13802人、寨崗鎮27800人、寨南鎮8291人、南崗鎮10362人、三排鎮7909人、渦水鎮6650人、金坑鎮6581人、大坪鎮9752人、香坪鎮4948人、盤石鎮4359人、山聯鄉961人。

2002年，連南瑤族自治縣轄三江、寨崗、三排、南崗、寨南、渦水、盤石、香坪、大坪、金坑、大麥山11個鎮和山聯1個鄉，83個村委會、2個居委會。

2004年，連南瑤族自治縣由12個鄉鎮撤并為三江、寨崗、三排、渦水、香坪、大坪、大麥山7個鎮。

2009年末，連南瑤族自治縣面積1302.91平方千米，轄7個鎮，2個居委會、69個行政村。縣政府駐三江鎮。