1995年，設(shè)立柳林洲鎮(zhèn)，以君山公園、君山蘆漁場和君山農(nóng)場的濠河分場、君山自然鎮(zhèn)的區(qū)域?yàn)榱种捩?zhèn)的行政區(qū)域；設(shè)立林閣佬鎮(zhèn)，以大灣蘆葦場和君山農(nóng)場的林閣分場、望城分場、君山蘆葦場的區(qū)域?yàn)榱珠w佬鎮(zhèn)的行政區(qū)域；設(shè)立五星鄉(xiāng)，以君山農(nóng)場的五星分場、新河分場和建新農(nóng)場的區(qū)域?yàn)槲逍青l(xiāng)的行政區(qū)域；設(shè)立層山鎮(zhèn)，以錢糧湖農(nóng)場的層山自然鎮(zhèn)、六門閘自然鎮(zhèn)和一、三、六、十分場的區(qū)域?yàn)閷由芥?zhèn)的行政區(qū)域；設(shè)立良心堡鎮(zhèn)，以錢糧湖農(nóng)場四、五、八分場的區(qū)域?yàn)榱夹谋ゆ?zhèn)的行政區(qū)域；設(shè)立銀杯鎮(zhèn)。以錢糧湖農(nóng)場的二、七、九分場和采桑湖漁場的區(qū)域?yàn)殂y杯鎮(zhèn)的行政區(qū)域。
1996年3月16日，國務(wù)院批準(zhǔn)（國函[1996]16號）同意設(shè)立岳陽市君山區(qū)，君山區(qū)轄原郊區(qū)的柳林洲、林閣佬、五星3個(gè)鄉(xiāng)和原華容縣的層山、良心堡、銀懷3個(gè)鎮(zhèn)。區(qū)政府駐柳林洲鎮(zhèn)。因境內(nèi)有聞名中外的旅游勝地君山島而得名。同年，將岳陽縣的廣興洲鎮(zhèn)、許市鎮(zhèn)劃歸君山區(qū)管轄。
1996年11月，以君山農(nóng)場為主體設(shè)立岳陽市君山區(qū)，包括原國營君山農(nóng)場、國營錢糧湖農(nóng)場、建新農(nóng)場、君山公園和原岳陽縣許市鎮(zhèn)、廣興洲鎮(zhèn)、廣興洲漁場、天井山林場等單位，原場屬鎮(zhèn)和分場相應(yīng)成為君山區(qū)轄下的分場（鎮(zhèn)）。全區(qū)轄7個(gè)鎮(zhèn)、1個(gè)鄉(xiāng)：柳林洲鎮(zhèn)、林閣佬鎮(zhèn)、層山鎮(zhèn)、銀杯鎮(zhèn)、良心堡鎮(zhèn)、廣興洲鎮(zhèn)、許市鎮(zhèn)、五星鄉(xiāng)。
2000年第五次人口普查，君山區(qū)總?cè)丝?07174人，其中：柳林洲鎮(zhèn)56057人，廣興洲鎮(zhèn)35193人，許市鎮(zhèn)28027人，錢糧湖農(nóng)場78086人，建新農(nóng)場9811人。
2000年，撤君山農(nóng)場，建柳林州鎮(zhèn)；撤錢糧湖農(nóng)場，建錢糧湖鎮(zhèn)、良心堡鎮(zhèn)、采桑湖鎮(zhèn)，交君山區(qū)管轄。9月11日，錢糧湖農(nóng)場和軍山區(qū)完成合并對接；10月底，錢糧湖鎮(zhèn)、良心堡鎮(zhèn)、采桑湖鎮(zhèn)相繼掛牌成立。隨后柳林州鎮(zhèn)、西城辦事處掛牌成立。
2001年，調(diào)整華容縣和君山區(qū)的部分行政區(qū)劃；新設(shè)立西城街道辦事處。至此，君山區(qū)轄1個(gè)街道、6個(gè)鎮(zhèn)：西城街道、柳林洲鎮(zhèn)、廣興洲鎮(zhèn)、許市鎮(zhèn)、錢糧湖鎮(zhèn)、良心堡鎮(zhèn)、采桑湖鎮(zhèn)。區(qū)政府駐柳林洲鎮(zhèn)。
2002年底，君山區(qū)總面積718平方千米，總?cè)丝?2.2萬人，其中非農(nóng)業(yè)人口4.5萬人。轄6個(gè)鎮(zhèn)（柳林洲、錢糧湖、采桑湖、良心堡、許市、廣興洲）、1個(gè)街道（西城），一辦三小場，108個(gè)行政村、11個(gè)居委會(huì)。
2009年末，君山區(qū)總面積718.2平方千米，總?cè)丝?4.77萬人，轄1個(gè)街道、6個(gè)鎮(zhèn)和2個(gè)場。其中，水產(chǎn)養(yǎng)殖場面積7.36平方千米，人口1918人；君山蘆葦總場面積30平方千米，人口2857人。