方正縣，以縣城北之“方正泡”得名。清代，屬吉林將軍轄區。清末，方正泡一帶，屬大通縣（今通河縣）跨江設治管轄。1909年6月2日（清宣統元年四月十五日），清廷批準，將原大通縣所屬江南方正泡地方劃出，設置方正縣，駐方正泡街，隸屬依蘭府。中華民國成立后，1914年6月，實行道制，方正縣隸屬吉林省依蘭道。1929年2月，撤道由省直轄。時為三等縣，總人口3.8萬人。

東北淪陷后，初隸吉林省，1934年12月劃歸三江省管轄。1945年“九三”抗日戰爭勝利后，初隸哈東專區，1947年8月專區撤銷后由松江省直轄。1951年為丁等縣，全縣共7.3萬人。1954年8月，松、黑兩省合并后，歸黑龍江省直轄。1956年3月，隸屬牡丹江專區。1970年4月，劃歸松花江專區。1991年2月，國務院批準，劃歸哈爾濱市領導，從4月1日起正式歸屬哈爾濱市。

1992年，方正縣位于黑龍江省中部，張廣才嶺西北麓，瑪蜒河（螞蟻河）下游，全縣版圖如一彎尺，橫陳在松花江南岸。東與依蘭縣為鄰，東南與林口縣、海林市接壤，南與尚志市、延壽縣毗連，西與賓縣分界，北與通河縣隔江相望。全縣總面積2969平方千米。總人口21.8萬人，其中非農業人口9萬人；回、朝鮮、滿族等少數民族占總人口的3.1%。轄15個鄉鎮。縣政府駐地方正鎮。（以上摘自《黑龍江省志·地名錄》，本站有改動）

1996年，方正縣面積2969平方千米，人口23萬人。轄4鎮11鄉：方正鎮、沙河子鎮、大羅密鎮、會發鎮、寶興鄉、奮斗鄉、育林鄉、永建鄉、德善鄉、新安鄉、天門鄉、伊漢通鄉、松南鄉、永豐鄉、蛛河鄉。縣政府駐方正鎮。

2000年第五次全國人口普查，全縣總人口225513人，其中：方正鎮45435人，會發鎮12437人，大羅密鎮11535人，沙河子鎮8354人，天門鄉19556人，松南鄉14356人，德善鄉13630人，珠河鄉8148人，寶興鄉11456人，伊漢通鄉11853人，永豐鄉7440人，新安鄉4235人，永建鄉5636人，育林鄉1807人，奮斗鄉2740人，方正林業局44207人，沙河子農場2688人。

2005年2月25日，黑龍江省人民政府批準：方正縣將松南鄉的建國村、伊漢通鄉八名村劃歸方正鎮管轄（黑民區[2005]11號）。

2006年，方正縣總面積2969.4平方千米，人口218308人。轄3個鎮、5個鄉：方正鎮、會發鎮、大羅密鎮、天門鄉、松南鄉、德善鄉、寶興鄉、伊漢通鄉。