滿洲里市，以滿洲民族故里而得名。清代，屬黑龍江將軍呼倫貝爾副都統銜總管（后為呼倫貝爾副都統）轄區。19世紀末此地僅有數百人居住。光緒二十七年（1901年），中東鐵路西部線建成后，建立火車站，因是從俄國進入中國東北地區（當時慣稱“滿洲”）的首站，故名“滿洲里站”。光緒二十九年（1903年），設滿洲里鐵路交涉分局。

宣統元年九月（1909年10月），黑龍江行省于滿洲里正式設置臚濱縣，1912年1月被廢止。1920年2月，復設臚濱縣。1923年4月，將滿洲里鐵路交涉分局改為滿洲里市政分局，隸屬東省特別區管轄。東北淪陷后，1933年1月，偽滿取消臚濱縣，設滿洲里辦事處。1936年1月，改為滿洲里市政管理處，1940年改為滿洲里街。1941年1月，改為滿洲里市，隸屬興安北分省管轄。1943年10月，改隸興安總省管轄。

1945年抗日戰爭勝利后，隸屬呼倫貝爾地方自治政府。1949年4月，隸屬內蒙古自治區呼納盟。1953年4月，改由內蒙古自治區直轄。1954年5月，改隸呼倫貝爾盟。1969年7月，與呼倫貝爾盟一起劃歸黑龍江省管轄，仍隸呼倫貝爾盟。1979年7月，劃歸內蒙古自治區管轄，仍隸呼倫貝爾盟�，F為縣級市，由呼倫貝爾市代管。

1990年全市總面積696.3平方千米；總人口13.7萬人。

1997年，滿洲里市面積720平方千米，人口15.5萬人，其中蒙古族0.5萬人。轄1礦區7街道：扎賚諾爾礦區、道北區街道、道南區街道、礦區第一街道、礦區第二街道、礦區第三街道、礦區靈泉街道、扎賚諾爾車站街道。

2000年1月27日，經自治區政府批準，滿洲里市撤銷東湖區車站街道，設立新開河鎮。全市轄10個街道、1個鎮：道北街道、興華街道、新開河鎮；（滿洲里邊境經濟合作區管理下面2個街道）東山街道、道南街道；（扎賚諾爾礦區管理下面6個街道）第一街道、第二街道、第三街道、第四街道、第五街道、靈泉街道。

2000年第五次人口普查，滿洲里市總人口181112人，其中：道北街道18904人，興華街道19542人，東山街道10458人，道南街道25025人，扎賚諾爾礦區第一街道17736人，扎賚諾爾礦區第二街道17924人，扎賚諾爾礦區第三街道15648人，扎賚諾爾礦區第四街道14623人，扎賚諾爾礦區第五街道14162人，扎賚諾爾礦區靈泉街道17056人，新開河鎮10034人。2000年末，全市總人口53457戶149665人，其中少數民族11043人，占全市總人口的7.4%。

2006年，撤銷新開河鎮，改設新開河街道。2006年末，全市總面積732.44平方千米。總人口26萬人，其中戶籍常住人口62628戶161256人；少數民族人口14543人，占總人口的5.59％。轄扎賚諾爾區、中俄互市貿易區、邊境經濟合作區、東湖區。

2009年，全市總面積732.44平方千米�？側丝�30萬人，常住人口25萬人，其中戶籍常住人口68630戶166968人；市區人口66765人。轄扎賚諾爾區、中俄互市貿易區、邊境經濟合作區、東湖區。

2013年3月8日，經國務院批準，民政部正式下發《關于同意內蒙古自治區扎賚諾爾區備案的批復》（民函[2013]68號），將扎賚諾爾礦區以呼倫貝爾市扎賚諾爾區備案，為縣級行政區劃建制。3月25日，自治區人民政府下發《關于扎賚諾爾區以縣級行政區劃建制備案的通知》（內政發[2013]49號），進一步明確了國務院批準扎賚諾爾礦區以呼倫貝爾市扎賚諾爾區備案，為縣級行政區劃建制，由滿洲里市代管，轄六個街道辦事處，區人民政府駐第三街道新政街1號。