阿圖什，系維吾爾語，原名“阿勒圖什”，是一種樹，系檜樹，又稱園柏、檜柏。據(jù)《突厥語大詞典》記載：“喀什噶爾名叫阿勒圖什的兩個(gè)村，周圍山上長滿阿勒圖什樹，樹葉似針或魚刺型，樹冠呈園型，不選擇土質(zhì)，成活率很高，生長期長達(dá)幾百年。木質(zhì)堅(jiān)硬。”清代稱阿斯圖阿爾圖什，以后演變?yōu)榘D什。
漢朝以前，市境屬疏勒國。漢宣帝神爵二年（公元前60年），正式歸入漢朝版圖。魏晉時(shí)，阿圖什轄于西域長史府，隋開皇三年（公元583年），阿圖什屬西突厥。唐貞觀二十三年（649年），隸屬于安西都護(hù)府之疏勒都督府。唐開成五年（840年），回鶻等部建立喀喇汗王朝，阿圖什是其領(lǐng)地。蒙古汗國時(shí)，阿圖什屬察合臺(tái)汗領(lǐng)地。元明之際，阿圖什屬東察合臺(tái)汗國。明代葉爾羌汗國建立，阿圖什是其領(lǐng)域之一。
清乾隆二十四年（1759年），清政府平定大小和卓之亂后，阿圖什受喀什噶爾辦事大臣管轄，阿圖什莊設(shè)阿奇木伯克，管理地方事務(wù)。光緒十年（1884年），阿圖什轄于新疆省。光緒二十八年（1902年）置伽師縣，屬疏勒府轄，阿圖什為伽師縣四莊之一，稱阿斯圖什。阿斯圖什又名大阿圖什。民國27年（1938年）9月，阿圖什設(shè)治局成立。將原屬伽師縣的大阿圖什莊和原疏附縣的小阿圖什莊劃歸其管轄；民國32年（1943年）1月，阿圖什設(shè)治局升格為丙級縣，隸屬喀什行政長公署。
1950年3月成立阿圖什縣人民政府，隸屬喀什專員公署；1954年7月14日，克孜勒蘇柯爾克孜自治州成立，阿圖什縣劃歸其管轄，并被定為自治州首府；1986年6月，國務(wù)院批準(zhǔn)撤銷阿圖什縣，成立阿圖什市。
1997年，阿圖什市面積1.5萬平方千米，人口18.4萬，轄2個(gè)街道、7個(gè)鄉(xiāng)：幸福街道、光明街道、松他克鄉(xiāng)、阿扎克鄉(xiāng)、阿湖鄉(xiāng)、上阿圖什鄉(xiāng)、格達(dá)良鄉(xiāng)、吐古買提鄉(xiāng)、哈拉峻鄉(xiāng)。
2000年第五次人口普查，阿圖什市常住總?cè)丝?00345人，其中：幸福街道17613人、光明街道24152人、松他克鄉(xiāng)30563人、阿扎克鄉(xiāng)33966人、阿湖鄉(xiāng)14448人、上阿圖什鄉(xiāng)41028人、格達(dá)良鄉(xiāng)14183人、哈拉峻鄉(xiāng)12764人、吐古買提鄉(xiāng)7250人、經(jīng)濟(jì)羊場1328人、兵團(tuán)紅旗一場3050人。
2003年，全市總面積15697.78平方千米，總?cè)丝?04932人。轄2個(gè)街道、7個(gè)鄉(xiāng)：幸福路街道、光明路街道、松他克鄉(xiāng)、阿扎克鄉(xiāng)、阿湖鄉(xiāng)、上阿圖什鄉(xiāng)、格達(dá)良鄉(xiāng)、哈拉峻鄉(xiāng)、吐古買提鄉(xiāng)。市政府駐市區(qū)帕米爾路。
2010年第六次人口普查，阿圖什市常住總?cè)丝?40368人，其中：幸福路街道21786人，光明路街道36316人，松他克鄉(xiāng)36849人，阿扎克鄉(xiāng)38574人，阿湖鄉(xiāng)16189人，上阿圖什鄉(xiāng)45847人，格達(dá)良鄉(xiāng)16248人，哈拉峻鄉(xiāng)15931人，吐古買提鄉(xiāng)9009人，兵團(tuán)農(nóng)三師紅旗農(nóng)場3619人。