端州地名始于隋。隋以前，一直為高要縣治所在地。隋開皇九年（公元589年）置端州，為州治所在地。北宋徽宗重和元年（1118年），端州升為肇慶府。

1949年11月，首設縣級肇慶市，后幾經并撤。1988年3月，肇慶實行市管縣新體制，原肇慶地區改稱肇慶市，原肇慶市改為端州區，為肇慶市的城區。

2000年第五次人口普查，端州區總人口367742人，其中：城東·古塔街道78647人，城北·康樂街道78000人，城西街道75831人，城南街道4051人，黃崗鎮65417人，睦崗鎮54103人，星湖風景區虛擬街道2803人，站北路虛擬街道8890人。

2002年，端州區轄城東、城西、城南、城北、康樂、古塔6個街道和黃崗、睦崗2個鎮，22個村委會、57個居委會。

2005年末，端州區轄城東、城西、城南、城北4個街道和黃崗、睦崗2個鎮。

2009年末，端州區面積152平方千米，轄4個街道、2個鎮，66個社區、22個行政村。區政府駐城東街道古塔中路15號。