乳源瑤族自治縣為廣東省3個少數民族自治縣之一。南宋乾道三年（1167年）置乳源縣。因縣北豐崗嶺溶洞產鐘乳，穴中有源泉流而得名。1952年3月，乳源與曲江合并為曲江乳源縣。1953年5月恢復乳源縣建制。1958年12月，撤銷乳源縣，歸入韶關市郊。1963年10月成立乳源瑤族自治縣。

1996年，乳源瑤族自治縣面積2125.5平方千米，人口約19萬人。轄15個鎮、2個鄉：乳城鎮、一六鎮、大布鎮、大橋鎮、東坪鎮、古母水鎮、龍南鎮、侯公渡鎮、紅云鎮、必背鎮、桂頭鎮、附城鎮、洛陽鎮、柳坑鎮、游溪鎮、大坪鄉、楊溪鄉。

2000年第五次人口普查，乳源瑤族自治縣常住總人口177894人，其中：乳城鎮32355人、附城鎮9359人、侯公渡鎮20856人、一六鎮13620人、桂頭鎮22121人、龍南鎮3253人、洛陽鎮4723人、古母水鎮3294人、大布鎮9662人、大橋鎮17200人、紅云鎮10303人、東坪鎮5448人、游溪鎮1430人、必背鎮4936人、柳坑鎮5223人、楊溪鄉5839人、大坪鄉3602人、乳陽林業局1875人、天井山林場1596人、方洞林場1199人。

2002年，乳源瑤族自治縣轄乳城、必背、桂頭、一六、大布、大橋、游溪、附城、龍南、洛陽、紅云、柳坑、東坪、侯公渡、古母水15個鎮和楊溪、大坪2個鄉，106個村委會、5個居委會。？年，撤銷附城鎮，并入乳城鎮；撤銷楊溪鄉，并入桂頭鎮；撤銷大坪鄉，并入大橋鎮。

2005年4月26日，廣東省民政廳（粵民區[2005]21號）批準乳源縣撤銷侯公渡鎮，并入乳城鎮；撤銷古母水鎮，并入洛陽鎮；撤銷龍南鎮，并入東坪鎮；撤銷紅云鎮，并入大橋鎮；撤銷柳坑鎮，并入游溪鎮；從桂頭鎮劃出方洞村委會并入必背鎮。調整后，乳源瑤族自治縣轄乳城、必背、桂頭、一六、大布、大橋、游溪、洛陽、東坪9個鎮。

2008年末，乳源瑤族自治縣面積2299平方千米，戶籍總人口210317人，其中非農業人口40104人。2009年末，乳源瑤族自治縣轄9個鎮，13個居委會、102個行政村�？h政府駐乳城鎮。

2010年第六次人口普查，乳源瑤族自治縣常住總人口177471人，其中：乳城鎮76437人，一六鎮13578人，桂頭鎮28628人，洛陽鎮5979人，大布鎮7293人，大橋鎮23768人，東坪鎮7764人，游溪鎮6864人，必背鎮3807人，天井山林場1255人，乳陽林業局2098人。

2011年末，乳源瑤族自治縣面積2299平方千米。常住人口17.87萬人。戶籍人口217995人，其中農業人口178478人；瑤族2.1萬人，畬、滿、回等少數民族人口共計0.12萬人。轄9個鎮，共有115個村（居）。

2014年，乳城鎮被列為全國重點鎮。