西周為黃國地，春秋戰國先屬吳后歸楚。秦為安豐縣地，屬九江郡。西漢置雩婁縣，隸廬江郡。南朝宋置苞信縣，隋改殷城縣，宋建隆元年（960）諱殷改商城縣。古有殷商，市與殷意近，故名。1932年中國工農紅軍第三次解放商城，更名赤城縣，1933年復名商城縣。

1996年?，商城縣面積2130平方千米，人口65萬人。轄5個鎮、17個鄉：城關鎮、上石橋鎮、雙椿鋪鎮、汪橋鎮、余集鎮、李集鄉、鄢崗鄉、武橋鄉、白塔集鄉、長竹園鄉、達權店鄉、馮店鄉、伏山鄉、吳河鄉、汪崗鄉、蘇仙石鄉、四顧墩鄉、鲇魚山鄉、觀廟鄉、三里坪鄉、河風橋鄉、酆集鄉。縣政府駐城關鎮。

？年，撤銷鄢崗鄉，設立鄢崗鎮。調整后，商城縣轄6個鎮、16個鄉。

2000年第五次人口普查，商城縣總人口570181人，其中：城關鎮36121人、上石橋鎮20221人、鄢崗鎮38392人、雙椿鋪鎮29910人、汪橋鎮44118人、余集鎮35931人、武橋鄉14947人、白塔集鄉19439人、三里坪鄉18860人、河風橋鄉29290人、李集鄉25954人、豐集鄉31658人、四顧墩鄉20038人、蘇仙石鄉10484人、汪崗鄉18775人、伏山鄉22250人、鲇魚山鄉34633人、觀廟鄉27781人、吳河鄉21216人、馮店鄉18405人、達權店鄉23977人、長竹園鄉26736人、湯泉池管理處1045人。

2005年，商城縣鄉鎮區劃調整：撤銷白塔集鄉、武橋鄉，將其行政區域劃歸上石橋鎮管轄，上石橋鎮政府駐地不變；撤銷三里坪鄉，將其行政區域劃歸雙椿鋪鎮管轄，雙椿鋪鎮政府駐地不變。調整后，商城縣轄6個鎮、13個鄉：城關鎮、上石橋鎮、雙椿鋪鎮、汪橋鎮、余集鎮、鄢崗鎮、四顧墩鄉、豐(酆)集鄉、馮店鄉、李集鄉、鲇魚山鄉、蘇仙石鄉、汪崗鄉、吳河鄉、達權店鄉、長竹園鄉、河鳳橋鄉、觀廟鄉、伏山鄉。

2007年6月25日，信陽市人民政府根據《河南省民政廳關于商城縣四顧墩鄉更名為金剛臺鄉的批復》（豫民行批[2007]4號）通知商城縣人民政府：同意商城縣四顧墩鄉更名為金剛臺鄉。8月正式更名。調整后，全縣轄6個鎮、13個鄉：城關鎮、上石橋鎮、鄢崗鎮、雙椿鋪鎮、汪橋鎮、余集鎮、河風橋鄉、李集鄉、豐集鄉、金剛臺鄉、蘇仙石鄉、汪崗鄉、伏山鄉、鲇魚山鄉、觀廟鄉、吳河鄉、馮店鄉、達權店鄉、長竹園鄉

2010年1月4日，經省政府批準，省民政廳批復同意達權店鄉撤鄉建鎮，實行鎮管村體制。同年，撤銷豐集鄉，設立豐集鎮。

2012年8月31日，河南省民政廳（豫民行批[2012]25號）批復：經河南省政府批準，同意商城縣行政區劃作如下調整：一、撤銷城關鎮、鲇魚山鄉，對其原轄行政區域實行城市管理體制。二、將豐集鎮的三里廟、何店2建制村，金剛臺鄉的柳坪建制村，河鳳橋鄉的十里頭建制村納入城區管理。三、設立赤城、鲇魚山2街道辦事處。赤城街道辦事處轄原城關鎮的東街、南街、西街、北街、車站街、三里橋、崇福7社區居委會，培山、何店、三里廟、柳坪4建制村，面積23.48平方公里，人口6.15萬人，辦公地址設在原城關鎮人民政府；鲇魚山街道辦事處轄原鲇魚山鄉的新華、大碑、紫云山、柿子園、馬崗、下馬河、木頭河、鲇魚山、龍潭、平塘、歐樓、廟崗、石牛、陳畈、閔灣、土門、楊樓、匡店、十里頭19建制村，面積98.28平方公里，人口4.1萬人，辦公地址在原鲇魚山鄉人民政府。