1995年12月23日，國務院批準撤銷黃岡地區和縣級黃州市，設立地級黃岡市。原黃州市分設黃州區、團風縣。團風縣轄原黃州市的團風、方高坪、淋山河、馬曹廟、上巴河、回龍山、總路嘴、但店8個鎮和王家坊、溢流河、磙子河、杜皮、賈廟5個鄉，縣政府駐團風鎮。1996年5月正式實施。

1996年，團風縣面積838.4平方千米，人口約36.3萬人。轄8個鎮、5個鄉：團風鎮、淋山河鎮、總路嘴鎮、但店鎮、上巴河鎮、馬曹廟鎮、回龍山鎮、方高坪鎮、磙子河鄉、杜皮鄉、賈廟鄉、溢流河鄉、王家坊鄉。

2000年第五次人口普查，團風縣常住總人口375931人，其中：團風鎮68039人，淋山河鎮39934人，方高坪鎮27599人，迥龍山鎮33324人，馬曹廟鎮23412人，上巴河鎮33217人，總路嘴鎮25976人，但店鎮25912人，溢流河鄉21457人，賈廟鄉21870人，杜皮鄉20157人，磙子河鄉20967人，王家坊鄉12411人，黃州監獄1656人。

2000年，撤銷王家坊鄉，并入團風鎮；撤銷磙子河鄉，并入淋山河鎮；撤銷溢流河鄉，并入但店鎮。調整后，全縣轄8個鎮、2個鄉。

2004年末，團風縣總人口38.01萬人，轄團風、方高坪、淋山河、回龍山、馬曹廟、上巴河、總路咀、但店8個鎮和賈廟、才坡2個鄉，共有7個居委會、286個村委會。2005年末，團風縣轄8個鎮、2個鄉，7個居委會、284個村委會。

2010年第六次人口普查，團風縣常住總人口338609人，其中：團風鎮71185人，淋山河鎮57183人，方高坪鎮22811人，回龍山鎮32134人，馬曹廟鎮19640人，上巴河鎮29827人，總路咀鎮24063人，但店鎮41226人，賈廟鄉19117人，杜皮鄉18816人，黃湖農場1137人，金鑼港農場1470人。

2014年，團風鎮、回龍山鎮被列為全國重點鎮。