周為海陽地，屬揚(yáng)州。漢屬海陵縣。東晉義熙七年（411年）置如皋縣。據(jù)《太平寰宇記》：“縣西北五十步，有如皋港(今秀水港)，港側(cè)有如皋村。”因以名縣。取《荀子·大略篇》：“望其壙皋如也”之義為名。隋時(shí)并入海陵縣。后復(fù)置如皋縣。1940年冬黃橋決戰(zhàn)后，新四軍蘇北指揮部第三縱隊(duì)挺進(jìn)通（南通）、如（如皋）、海（海門）、啟（啟東），同時(shí)將原如皋縣分設(shè)如西縣和如皋縣（如皋東鄉(xiāng)）。1945年秋，如西縣復(fù)名為如皋縣；如皋縣易名如東縣。1991年如皋撤縣設(shè)市。
經(jīng)過1995、2000、2001年三次鄉(xiāng)鎮(zhèn)行政區(qū)劃調(diào)整，鄉(xiāng)鎮(zhèn)總數(shù)由原來的53個(gè)調(diào)整合并為23個(gè)。
1996年，如皋市面積1477平方千米，人口145萬人。轄14鎮(zhèn)36鄉(xiāng)：如城鎮(zhèn)、磨頭鎮(zhèn)、石莊鎮(zhèn)、林梓鎮(zhèn)、長(zhǎng)江鎮(zhèn)、搬經(jīng)鎮(zhèn)、丁堰鎮(zhèn)、白蒲鎮(zhèn)、東陳鎮(zhèn)、袁橋鎮(zhèn)、吳窯鎮(zhèn)、下原鎮(zhèn)、丁北鎮(zhèn)、江安鎮(zhèn)、雪岸鄉(xiāng)、勇敢鄉(xiāng)、新民鄉(xiāng)、奚斜鄉(xiāng)、營(yíng)防鄉(xiāng)、新姚鄉(xiāng)、丁堰鄉(xiāng)、夏堡鄉(xiāng)、長(zhǎng)莊鄉(xiāng)、柴灣鄉(xiāng)、鄧園鄉(xiāng)、場(chǎng)北鄉(xiāng)、葛市鄉(xiāng)、何莊鄉(xiāng)、 長(zhǎng)青沙鄉(xiāng)、高明鄉(xiāng)、高井鄉(xiāng)、車馬湖鄉(xiāng)、常青鄉(xiāng)、大明鄉(xiāng)、場(chǎng)南鄉(xiāng)、郭園鄉(xiāng)、城西鄉(xiāng)、戴莊鄉(xiāng)、馬塘鄉(xiāng)、江防鄉(xiāng)、九華鄉(xiāng)、建設(shè)鄉(xiāng)、龍舌鄉(xiāng)、花園鄉(xiāng)、桃園鄉(xiāng)、黃市鄉(xiāng)、石北鄉(xiāng)、勝利鄉(xiāng)、南凌鄉(xiāng)、加力鄉(xiāng)。市政府駐如城鎮(zhèn)。
2000年第五次人口普查，如皋市總?cè)丝?362533人，其中（20個(gè)鎮(zhèn)、6個(gè)鄉(xiāng)）：如城鎮(zhèn)184977人，柴灣鎮(zhèn)50554人，雪岸鎮(zhèn)35601人，東陳鎮(zhèn)48137人，丁堰鎮(zhèn)55230人，白蒲鎮(zhèn)80436人，林梓鎮(zhèn)43741人，下原鎮(zhèn)59832人，九華鎮(zhèn)69651人，郭園鎮(zhèn)54053人，石莊鎮(zhèn)61840人，長(zhǎng)江鎮(zhèn)52712人，吳窯鎮(zhèn)58717人，江安鎮(zhèn)52102人，高明鎮(zhèn)48796人，常青鎮(zhèn)44847人，搬經(jīng)鎮(zhèn)54591人，磨頭鎮(zhèn)53560人，桃園鎮(zhèn)43806人，袁橋鎮(zhèn)49408人，建設(shè)鄉(xiāng)24413人，長(zhǎng)青沙鄉(xiāng)7501人，黃市鄉(xiāng)31844人，夏堡鄉(xiāng)27352人，場(chǎng)北鄉(xiāng)22246人，大明鄉(xiāng)24196人，如皋經(jīng)濟(jì)開發(fā)區(qū)22390人。
2004年末，如皋市總?cè)丝?42.61萬人。轄23個(gè)鎮(zhèn)。如城鎮(zhèn)面積98.41平方千米，人口183756人。柴灣鎮(zhèn)面積66.04平方千米，人口52316人。雪岸鎮(zhèn)面積50.84平方千米，人口36765人。東陳鎮(zhèn)面積64.18平方千米，人口48222人。丁堰鎮(zhèn)面積70.48平方千米，人口55445人。白蒲鎮(zhèn)面積85.40平方千米，人口82407人。林梓鎮(zhèn)面積59.49平方千米，人口45623人。下原鎮(zhèn)面積70.76平方千米，人口61259人。九華鎮(zhèn)面積73.99平方千米，人口76243人。郭園鎮(zhèn)面積53.48平方千米，人口56768人。石莊鎮(zhèn)面積61.06平方千米，人口66361人。長(zhǎng)江鎮(zhèn)面積64.23平方千米，人口69238人。吳窯鎮(zhèn)面積64.36平方千米，人口64415人。江安鎮(zhèn)面積54.48平方千米，人口57696人。高明鎮(zhèn)面積66.57平方千米，人口54368人。常青鎮(zhèn)面積59.00平方千米，人口48161人。搬經(jīng)鎮(zhèn)面積69.60平方千米，人口57647人。磨頭鎮(zhèn)面積103.15平方千米，人口82648人。桃園鎮(zhèn)面積58.40平方千米，人口46281人。袁橋鎮(zhèn)面積65.81平方千米，人口49472人。皋南鎮(zhèn)面積61.28平方千米，人口48585人。黃市鎮(zhèn)面積32.08平方千米，人口34392人。（數(shù)據(jù)來源于《江蘇省統(tǒng)計(jì)年鑒》）
2005年，皋南鎮(zhèn)與如城鎮(zhèn)、夏堡鎮(zhèn)與搬經(jīng)鎮(zhèn)、黃市鎮(zhèn)與江安鎮(zhèn)合并，組成新的如城鎮(zhèn)、搬經(jīng)鎮(zhèn)、江安鎮(zhèn)。調(diào)整后，如皋市轄20個(gè)鎮(zhèn)。2008年6月，江蘇省政府批準(zhǔn)同意將九華鎮(zhèn)的長(zhǎng)江村委會(huì)劃歸長(zhǎng)江鎮(zhèn)管轄；調(diào)整后，九華鎮(zhèn)行政區(qū)域面積71.35平方千米，人口6.77萬人，轄5個(gè)居委會(huì)、14個(gè)村委會(huì)；長(zhǎng)江鎮(zhèn)行政區(qū)域面積66.87平方千米，人口6.65萬人，轄12個(gè)居委會(huì)、6個(gè)村委會(huì)。
2009年末，如皋市總面積1492平方千米，總?cè)丝?5.46萬戶140.72萬人。其中：如城鎮(zhèn)面積140.69平方千米、人口188974人，柴灣鎮(zhèn)面積91.85平方千米、人口119478人，雪岸鎮(zhèn)面積50.84平方千米、人口34669人，東陳鎮(zhèn)面積61.48平方千米、人口46203人，丁堰鎮(zhèn)面積70.48平方千米、人口53066人，白蒲鎮(zhèn)面積85.4平方千米、人口78398人，林梓鎮(zhèn)面積59.49平方千米、人口44306人，下原鎮(zhèn)面積70.76平方千米、人口59950人，九華鎮(zhèn)面積69.61平方千米、人口69888人，郭元鎮(zhèn)面積53.48平方千米、人口55730人，石莊鎮(zhèn)面積61.06平方千米、人口62980人，長(zhǎng)江鎮(zhèn)面積68.61平方千米、人口78314人，吳窯鎮(zhèn)面積64.36平方千米、人口63788人，江安鎮(zhèn)面積86.55平方千米、人口90736人，高明鎮(zhèn)面積66.57平方千米、人口53536人，常青鎮(zhèn)面積59平方千米、人口48258人，搬經(jīng)鎮(zhèn)面積105.09平方千米、人口85000人，磨頭鎮(zhèn)面積103.15平方千米、人口82211人，桃園鎮(zhèn)面積58.4平方千米、人口45375人，袁橋鎮(zhèn)面積65.81平方千米、人口46871人。夏堡鎮(zhèn)面積40.99平方千米，人口29273人。（數(shù)據(jù)來源于《江蘇省統(tǒng)計(jì)年鑒》）
2012年1月，江蘇省政府批準(zhǔn)同意將石莊鎮(zhèn)場(chǎng)東居委會(huì)劃歸長(zhǎng)江鎮(zhèn)管轄；調(diào)整后，石莊鎮(zhèn)行政區(qū)域面積61.81平方千米，人口6.28萬人，轄9個(gè)居委會(huì)、7個(gè)村委會(huì)；長(zhǎng)江鎮(zhèn)行政區(qū)域面積72.57平方千米，人口8.07萬人，轄19個(gè)居委會(huì)。