2000年，莆田縣秀嶼鎮更名為東莊鎮。同年第五次人口普查（常住人口），埭頭鎮112739人，平海鎮77334人，南日鎮50724人，笏石鎮103758人，秀嶼鎮53061人，靈川鎮49329人，忠門鎮20523人，東鋪鎮26524人，湄洲鎮32042人，山亭鄉34970人，月塘鄉34885人。

2002年2月1日，國務院批準同意撤銷莆田縣，設立莆田市荔城區和秀嶼區。將原莆田縣的笏石、東莊、忠門、東埔、湄洲、東嶠、埭頭、平海、南日9個鎮和山亭、月塘2個鄉劃歸秀嶼區管轄，區政府駐笏石鎮。

2010年1月7日，省政府（閩政文[2010]7號）批復同意撤銷山亭鄉，設立山亭鎮。

2010年第六次人口普查，秀嶼區常住總人口570741人，其中：笏石鎮106683人，東莊鎮42302人，忠門鎮16632人，東埔鎮17591人，東嶠鎮89173人，埭頭鎮94360人，平海鎮69213人，南日鎮50784人，湄洲鎮30329人，山亭鎮26828人，月塘鄉26740人，前沁農場60人，后海管理局46人。