1991年全縣生產隊改制為農業全作社。1993年全縣鄉鎮、行政村、辦事處未變，下轄1116個自然村，1481個合作社。1996年，文山縣面積2976平方千米，人口約38.9萬人，轄1個鎮、10個鄉、6個民族鄉。？年，古木鄉、平壩鄉、馬塘鄉、德厚鄉撤鄉設鎮。2000年，攀枝花鄉撤鄉設鎮。2000年第五次人口普查，文山縣常住總人口總人口429639人，其中少數民族234975，占54.69％，農業人口258846人，占人口總數60.24％。各鄉鎮人口（6個鎮、11個鄉）：開化鎮62687人，攀枝花鎮86453人，古木鎮24285人，平壩鎮34704人，馬塘鎮33418人，德厚鎮34507人，東山彝族鄉9382人，追栗街彝族鄉10261人，柳井彝族鄉14738人，新街鄉14524人，小街鄉22814人，老回龍鄉19294人，喜古鄉11510人，壩心彝族鄉7056人，秉烈彝族鄉22238人，紅甸回族鄉13042人，樂詩沖鄉8726人。

？年，追栗街、小街鄉、老回龍鄉撤鄉設鎮。2000年8月，全縣設9個鎮、8個鄉，125個村民委員會，5個居民委員會，1088個自然村，1531個合作社（生產隊）。2001年，全縣轄9個鎮、3個鄉、5個民族鄉：開化鎮、攀枝花鎮、古木鎮、平壩鎮、馬塘鎮、德厚鎮、追栗街鎮、小街鎮、老回龍鎮、東山彝族鄉、柳井彝族鄉、新街鄉、喜古鄉、壩心彝族鄉、秉烈彝族鄉、紅甸彝族鄉、樂詩沖鄉。

2004年1月12日，《關于撤銷文山縣開化鎮攀枝花鎮設立開化鎮的批復》（云政復[2004]4號）：同意撤銷文山縣開化鎮、攀枝花鎮設立開化鎮，鎮人民政府駐原攀枝花鎮政府駐地。2005年末，全縣轄開化、古木、平壩、馬塘、德厚、小街、追栗街、老回龍8個鎮及新街、喜古、樂詩沖鄉和東山、柳井、壩心、秉烈彝族鄉、紅甸回族鄉8個鄉，全縣16個鄉（鎮）下設137個村（居）民委員會，其中：社區居民委員會16個、村民委員會121個，有1532個村民小組。

2006年5月12日，文山縣人民政府《關于調整樂詩沖鄉和老回龍鎮行政區劃的通知》：根據《云南省人民政府關于調整硯山等八個縣部分鄉鎮行政區劃的批復》（云政復[2006]25號），撤銷樂詩沖鄉和老回龍鎮，設立薄竹鎮，新設立的薄竹鎮管轄原樂詩沖鄉和老回龍鎮的行政區域范圍，鎮政府駐原老回龍鎮政府駐地（省政府2006年3月16日批準）。

2006年，文山縣總面積3064平方千米。總人口43.88萬人，其中少數民族約占54％。轄8個鎮、7個鄉（其中5個民族鄉）：開化鎮、古木鎮、平壩鎮、馬塘鎮、德厚鎮、小街鎮、追栗街鎮、薄竹鎮、東山彝族鄉、柳井彝族鄉、新街鄉、喜古鄉、壩心彝族鄉、秉烈彝族鄉、紅甸回族鄉。共有16個社區、121個行政村。縣政府駐開化鎮。

2010年第六次人口普查，文山縣常住總人口481505人，其中：開化鎮221301人，古木鎮22263人，平壩鎮31128人，馬塘鎮34522人，德厚鎮33125人，小街鎮22180人，薄竹鎮27309人，追栗街鎮9840人，東山彝族鄉9458人，柳井彝族鄉12392人，新街鄉11131人，喜古鄉9365人，壩心彝族鄉5288人，秉烈彝族鄉19871人，紅甸回族鄉12332人。

2010年12月2日，《民政部關于同意云南省撤銷文山縣設立文山市的批復》（民函[2010]295號）：經國務院批準，同意撤銷文山縣，設立文山市（縣級），以原文山縣的行政區域為文山市的行政區域。文山市人民政府駐開化鎮。

2012年1月，撤銷開化鎮，設立開化、臥龍、新平3個街道（2月實施）。開化街道位于市區中心，轄北橋、梁子、振華、興隆、螺峰、沙壩、大興、西山、永通9個社區及銅廠、干河2個行政村；臥龍街道位于市區北部，區域內有州、市行政辦公中心，轄高登、攀枝花、臥龍、文新街、七花5個社區及白沙坡、塘子寨、大以古3個行政村；新平街道位于市區南部，轄紅旗、新平壩2個社區及里布嘎、迷灑、高末3個行政村。

全市轄3個街道、7個鎮、7個鄉（其中5個民族鄉）：開化街道、臥龍街道、新平街道、古木鎮、平壩鎮、馬塘鎮、德厚鎮、小街鎮、薄竹鎮、追栗街鎮、東山彝族鄉、柳井彝族鄉、新街鄉、喜古鄉、壩心彝族鄉、秉烈彝族鄉、紅甸回族鄉。市政府駐臥龍街道建禾東路。2014年，平壩鎮、馬塘鎮被列為全國重點鎮。