麥蓋提一名，據傳說是古代“多浪”部族首領米蓋提帶領游牧民在這里定居，遂以首領之名呼作地名，后轉音為麥蓋提。二是說很早以前在今巴楚一帶居住著很多游牧部落，因沙漠的侵蝕，迫使集鎮中心地帶的人遷來這里，故稱“麥爾蓋孜”，意為從中心地帶搬遷來的人，后逐漸演變為麥蓋提。

清光緒年間為巴楚州八大莊之一，稱麥蓋提莊。1922年由巴楚縣析置麥蓋提縣，屬喀什噶爾道。1929年屬喀什行政區，1943年屬莎車督察專區。1949—1956年屬莎車專區，以后屬喀什專區、喀什地區。

1999年，麥蓋提縣轄1鎮9鄉：麥蓋提鎮、巴扎結米鄉、希依提墩鄉、央塔克鄉、吐曼塔勒鄉、尕孜庫勒鄉、克孜勒阿瓦提鄉、庫木庫薩爾鄉、昂格特勒克鄉、庫爾瑪鄉。年末全縣總人口169232人，其中少數民族156641人，農村人口131003人。

2000年第五次人口普查，麥蓋提縣常住總人口201810人，其中：麥蓋提鎮26640人、巴扎結米鄉20108人、希依提敦鄉12108人、央塔克鄉25256人、吐曼塔勒鄉20164人、尕孜庫勒鄉20581人、克孜勒阿瓦提鄉21202人、庫木庫薩爾鄉 9608人、昂格特勒克鄉4416人、庫爾瑪鄉11902人、兵團43團12275人、兵團45團12561人、兵團46團2888人、兵團前進水庫788人、軍區麥蓋提農場1313人。

2003年，麥蓋提縣總面積11022.53平方千米，總人口206425人。轄1鎮、9鄉：麥蓋提鎮、巴扎結米鄉、希依提墩鄉、央塔克鄉、吐曼塔勒鄉、尕孜庫勒鄉、克孜勒阿瓦提鄉、庫木庫薩爾鄉、昂格特勒克鄉、庫爾瑪鄉。縣政府駐麥蓋提鎮。

2010年第六次人口普查，麥蓋提縣常住總人口258978人，其中：麥蓋提鎮40926人，巴扎結米鄉23308人，希依提墩鄉13646人，央塔克鄉31777人，吐曼塔勒鄉24599人，尕孜庫勒鄉26225人，克孜勒阿瓦提鄉25841人，庫木庫薩爾鄉13873人，昂格特勒克鄉5584人，庫爾瑪鄉14410人，胡楊林場247人，園藝場765人，五一林場1375人，兵團農三師前進水庫管理處322人，兵團四十五團30945人，兵團四十六團5135人。