魏晉前為羌地。后屬多彌國、蘇毗國，唐屬吐蕃政權(quán)轄地，南宋屬囊謙部落頭人管轄直至清。民國初，隸青海辦事長官及甘邊寧海鎮(zhèn)守使，民國六年（1917年）歸玉樹理事轄，民國十八年（1929年）歸玉樹縣轄，民國廿二年（1933年）置囊謙縣。1951年沿舊制成立囊謙縣政府，隸玉樹藏族自治區(qū)（州）。

1999年末，面積11433平方千米，人口59066人（根據(jù)青海省志），轄10個鄉(xiāng)。縣政府駐香達(dá)鄉(xiāng)。

2000年第五次人口普查，囊謙縣總?cè)丝?7387人，其中：香達(dá)鄉(xiāng)8344人，白扎鄉(xiāng)7536人，娘拉鄉(xiāng)3117人，毛莊鄉(xiāng)3327人，覺拉鄉(xiāng)4764人，東壩鄉(xiāng)4959人，吉曲鄉(xiāng)6404人，尕羊鄉(xiāng)2886人，吉尼賽鄉(xiāng)4221人，著曉鄉(xiāng)5353人，香達(dá)未批鎮(zhèn)6476人。

2001年10月15日，青海省政府青政函[2001]99號文批復(fù)：撤銷香達(dá)鄉(xiāng)，設(shè)立香達(dá)鎮(zhèn)。調(diào)整后，囊謙縣轄1個鎮(zhèn)、9個鄉(xiāng)：香達(dá)鎮(zhèn)、白扎鄉(xiāng)、娘拉鄉(xiāng)、毛莊鄉(xiāng)、覺拉鄉(xiāng)、東壩鄉(xiāng)、吉曲鄉(xiāng)、尕羊鄉(xiāng)、吉尼賽鄉(xiāng)、著曉鄉(xiāng)。

2001年末，囊謙縣轄1個鎮(zhèn)、9個鄉(xiāng)，共有69個村（牧）委會。香達(dá)鎮(zhèn)駐香達(dá)，轄坎達(dá)、青土、大橋、江卡、冷日、多昌、前多、巴米、拉宗、前麥、東才西、香達(dá)12個村（牧）委會。娘拉鄉(xiāng)駐娘貢，轄多倫多、娘多、娘麥、上拉、下拉5個村（牧）委會。毛莊鄉(xiāng)駐扎西塘，轄孜多、孜麥、麻永、色吾、孜榮5個村（牧）委會。覺拉鄉(xiāng)駐那索尼，轄那索尼、布拉、交江尼、卡榮尼、四紅、肖尚、尕少7個村（牧）委會。著曉鄉(xiāng)駐巴尕，轄班多、查哈、優(yōu)永、尖作、交西、巴尕6個村（牧）委會。東壩鄉(xiāng)駐蘆溝卡，轄吉賽、過永、尤達(dá)、尕麥、熱拉5個村（牧）委會。吉尼賽鄉(xiāng)駐薩倉塘，轄麥曲、瓦作、吉來、拉翁4個村（牧）委會。癿扎鄉(xiāng)駐卡麻，轄東帕、吉沙、東日、葉巴、潘紅、生達(dá)、查秀、卡那、癿扎、巴買10個村（牧）委會。吉曲鄉(xiāng)駐外戶卡，轄巴沙、加麻、外戶卡、多改、瓦卡、桑涌、熱買、熱多、改多、瓦堡、瓦江11個村（牧）委會。尕涌鄉(xiāng)駐茶塘，轄麥多、麥買、色青、茶塘4個村（牧）委會。