九寨溝縣原名南坪縣，古稱羊峒。殷商以前至秦均屬氐羌。西漢元始二年（公元二年）為益州廣漢郡甸氐道（治今南坪鎮下安樂村）。北周天和元年（566年）屬扶州（治今松潘縣黃龍鄉），隋開皇七年（587年）扶州治所遷至今九寨溝縣下安樂村（舊稱水扶州）。

清雍正三年設立松潘廳南坪營，因扶州城毀壞，于是另選城址于扶州之南、西山之麓的南坪壩，至雍正七年筑成，“南坪”之稱自此見諸史端。1953年設南坪縣。1960年與松潘并縣，南坪為中心區。1963年復置縣。

1996年，南坪縣面積5290平方千米，人口約5.5萬人。轄2個鎮、15個鄉：永樂鎮、九寨溝鎮、安樂鄉、永豐鄉、永和鄉、玉瓦鄉、大錄鄉、黑河鄉、陵江鄉、白河鄉、雙河鄉、保華鄉、羅依鄉、馬家鄉、勿角鄉、郭元鄉、草地鄉。縣政府駐永樂鎮。

1997年12月15日，民政部（民行批[1997]27號）批復同意南坪縣更名為九寨溝縣；1998年2月13日，四川省政府（川府民政[1998]2號）批復同意更名。

2000年第五次人口普查，九寨溝縣常住總人口62157人，其中：永樂鎮12740人，漳扎鎮11270人，永豐鄉4305人，永和鄉3067人，安樂鄉2834人，白河鄉2198人，雙河鄉3828人，保華鄉2268人，羅依鄉2536人，勿角鄉2168人，馬家鄉1119人，郭元鄉3620人，草地鄉1153人，陵江鄉1609人，黑河鄉2923人，玉瓦鄉2051人，大錄鄉2468人。

2004年，九寨溝縣轄永樂、漳扎2個鎮和永豐、安樂、永和、白河、陵江、黑河、玉瓦、大錄、雙河、保華、羅依、勿角、馬家、郭元、草地15個鄉。

2010年第六次人口普查，九寨溝縣常住總人口81394人，其中：永樂鎮23080人，漳扎鎮14946人，永豐鄉4997人，永和鄉3479人，安樂鄉3294人，白河鄉2486人，雙河鄉4255人，保華鄉3223人，羅依鄉2261人，勿角鄉2240人，馬家鄉1170人，郭元鄉3992人，草地鄉1188人，陵江鄉1452人，黑河鄉2855人，玉瓦鄉2049人，大錄鄉3575人，九寨溝國營牧場28人，九寨溝風景名勝管理局824人。

2012年末，全縣總面積5290平方千米。戶籍人口67039人，其中農業人口46816人，少數民族人口25578人；總戶數22867戶；常住人口81419人，其中城鎮人口37452人。轄2個鎮、15個鄉，8個社區、120個行政村，177個村民小組。

2013年，省政府（川府民政[2013]28號）批復同意九寨溝縣調整部分行政區劃：撤銷雙河鄉，設立雙河鎮，轄原雙河鄉所屬行政區域，鎮政府駐中和村；撤銷永樂鎮、永豐鄉、安樂鄉，設立南坪鎮，鎮政府駐南坪鎮濱河路，轄原永樂鎮、永豐鄉、安樂鄉所屬行政區域。

全縣現轄3個鎮、12個鄉：南坪鎮、漳扎鎮、雙河鎮、永和鄉、白河鄉、保華鄉、羅依鄉、勿角鄉、馬家鄉、郭元鄉、草地鄉、陵江鄉、黑河鄉、玉瓦鄉、大錄鄉。縣政府駐南坪鎮。