漢初是匈奴牧地，漢武帝時屬朔方郡，清為阿拉善旗地。1929年設磴口縣，因磴口鎮得名。1964年曾更名巴彥高勒市。

1996年?，磴口縣面積4167平方千米，人口10.9萬人，其中蒙古族占3%。轄2鎮3蘇木6鄉：巴彥高勒鎮、隆盛合鎮、哈騰套海蘇木、沙金套海蘇木、小官井蘇木、渡口鄉、壩塄鄉、補隆淖爾鄉、協城鄉、糧臺鄉、公地鄉。縣政府駐巴彥高勒鎮。

2000年第五次人口普查，磴口縣總人口117561人，其中（4個鎮、4個鄉、3個蘇木）：巴彥高勒鎮44124人，補隆淖鎮4557人，協成鎮4605人，隆盛合鎮7935人，糧臺鄉8348人，壩楞鄉3044人，渡口鄉11268人，公地鄉4679人，沙金套海蘇木2830人，哈騰套海蘇木3662人，小官井蘇木3321人，烏蘭布和農場4133人，巴彥套海農場2345人，哈騰套海農場4437人，包爾蓋農場3605人，納林套海農場2893人，沙漠林業實驗中心1775人。

2000年末，磴口縣總面積4166.6平方千米。總人口111344人，其中城鎮44417人，農業19962人，牧區9177人，國營農場16635人；漢族占總人口的91.6%，蒙古族5003人，回族4485人。轄4個鎮、4個鄉、3個蘇木，48個村（嘎查）、5個辦事處，240個村民小組(獨貴龍)、14個居委會。有5個國營農場和1個林科院沙漠林業中心。

2001年，全縣轄4個鎮、2個鄉、2個蘇木：巴彥高勒鎮、補隆淖爾鎮、協城鎮、隆盛合鎮、渡口鄉、公地鄉、沙金套海蘇木、哈騰套海蘇木。

2006年末，全縣總面積4166.6平方千米。總人口12.38萬人，其中：農牧業人口6.88萬人，非農業人口5.5萬人；蒙古族占總人口的3.63%，漢族占91%。轄3個鎮、1個蘇木，5個街道辦事處，45個嘎查（村）、23個居委會，250個獨貴龍（村民小組）；5個市屬國營農場和2個林科院沙漠森林實驗分場。

2009年末，全縣總面積4166.6平方千米。戶籍總人口12.45萬人，其中：少數民族11230人（蒙古族5154人，回族5378人）；非農業人口5.5萬人，農業人口6.95萬人。轄3個鎮、1個蘇木、1個鄉級辦事處，46個行政村（嘎查），253個村民小組（獨貴龍）；5個市屬國有農場和2個林科院沙漠林業實驗分場。

2012年，恢復補隆淖鎮。調整后，全縣轄4個鎮、1個蘇木：巴彥高勒鎮、隆盛合鎮、渡口鎮、補隆淖鎮、沙金套海蘇木。