周代屬衛國之鄄邑。西漢初置鄄城縣。因古鄄邑為名�！妒酚�·齊太公世家》：“七年，諸侯會桓公于甄。”明初廢鄄城縣入濮州。1931年，濮鄄分治，復設鄄城縣。1949年屬菏澤專署，1958年撤菏澤專署，歸濟寧專署。1959年菏澤專署恢復，重屬菏澤。

1992年1月24日，將梁堂鄉的萬全莊、大趙莊、李樓、南莊、羅吳莊、魏莊、東趙莊、樊莊、東張莊、富春鄉的蘇屯、南宋莊、鳳凰鄉的孫店共12個行政區劃歸鄄城鎮管轄。1993年11月16日，撤銷什口鄉，設立閻什鎮，其行政區域和人民政府駐地不變。1994年12月29日，撤銷什集鄉，設立什集鎮。

1996年，鄄城縣面積1032.7平方千米，人口約72萬人，轄5個鎮、20個鄉：鄄城鎮、什集鎮、閻什鎮、紅船鎮、舊城鎮、董口鄉、西雙廟鄉、臨濮鄉、梁屯鄉、麻寨鄉、彭樓鄉、張志門鄉、引馬鄉、鄭營鄉、魯王倉鄉、富春鄉、鳳凰鄉、宋樓鄉、箕山鄉、陳良鄉、左營鄉、李井土堂鄉、大埝鄉、葛莊鄉、梁堂鄉。縣政府駐鄄城鎮。

1996年12月29日，撤銷箕山鄉，設立箕山鎮（魯政函民字[1996]67號）。2000年3月15日，撤銷李進士堂鄉，設立李進士堂鎮，其行政區域和人民政府駐地不變（魯政函民字[2000]27號）。至此，全縣轄7個鎮、18個鄉。

2000年第五次人口普查，鄄城縣常住總人口715684人，其中：鄄城鎮64986人，舊城鎮34389人，紅船鎮31601人，閻什鎮28901人，什集鎮34215人，箕山鎮31553人，李進士堂鎮21036人，鳳凰鄉36339人，宋樓鄉16883人，陳良鄉13746人，左營鄉30627人，大埝鄉29597人，梁堂鄉25196人，葛莊鄉23057人，董口鄉30249人，西雙廟鄉24610人，臨濮鄉33225人，梁屯鄉23412人，富春鄉31672人，麻寨鄉26647人，魯王倉鄉20280人，彭樓鄉26834人，張志門鄉19370人，引馬鄉28367人，鄭營鄉28892人。

2002年7月，省政府批復同意：鄄城縣撤銷臨濮鄉，設立臨濮鎮；撤銷彭樓鄉，設立彭樓鎮。以上2鄉撤鄉設鎮后，其行政區域和人民政府駐地不變。調整后，鄄城縣轄10個鎮、6個鄉：鄄城鎮、舊城鎮、閻什鎮、什集鎮、紅船鎮、箕山鎮、李進士堂鎮、董口鎮、臨濮鎮、彭樓鎮、富春鄉、左營鄉、鳳凰鄉、鄭營鄉、引馬鄉、大埝鄉。

2010年，撤銷鄄城鎮，設立陳王街道、古泉街道；撤銷鳳凰鄉、鄭營鄉，設立鳳凰鎮、鄭營鎮。調整后，全縣轄2個街道、11個鎮、4個鄉：陳王街道、古泉街道、什集鎮、紅船鎮、舊城鎮、閻什鎮、箕山鎮、李進士堂鎮、董口鎮、臨濮鎮、彭樓鎮、鳳凰鎮、鄭營鎮、左營鄉、大埝鄉、引馬鄉、富春鄉�？h政府駐古泉街道。

2010年第六次人口普查，鄄城縣常住總人口721898人，其中：陳王街道29736人，古泉街道82262人，什集鎮54024人，紅船鎮30354人，舊城鎮55028人，閆什鎮49418人，箕山鎮46597人，李進士堂鎮24589人，董口鎮53279人，臨濮鎮32725人，彭樓鎮52541人，鳳凰鎮34758人，鄭營鎮50446人，左營鄉40220人，大埝鄉26903人，引馬鄉27608人，富春鄉31410人。

2012年，撤銷大埝鄉、引馬鄉，設立大埝鎮、引馬鎮。調整后，全縣轄2個街道、13個鎮、2個鄉：陳王街道、古泉街道、什集鎮、紅船鎮、舊城鎮、閻什鎮、箕山鎮、李進士堂鎮、董口鎮、臨濮鎮、彭樓鎮、鳳凰鎮、鄭營鎮、大埝鎮、引馬鎮、左營鄉、富春鄉。