古為鄒國地,至周為天子之田。漢初置梁鄒縣。又因粱鄒平治,復設鄒平縣。晉太康后并入臨濟,隋開皇十八年復名鄒平縣。1956年長山縣并入,1958年齊東縣撤銷部分歸鄒平縣。
1994年9月15日,撤銷好生鄉、明家集鄉、韓店鄉、臨池鄉,設立好生鎮、明集鎮、韓店鎮、臨池鎮,其行政區域和人民政府駐地不變。1994年9月19日,撤銷青陽鄉、孫鎮鄉,設立青陽鎮、孫鎮鎮,其行政區域和人民政府駐地不變。
1995年1月4日,撤銷苑城鄉、焦橋鄉,設立苑城鎮、焦橋鎮。其行政區域和人民政府駐地不變。1995年4月4日,撤銷臺子鄉、禮參鄉,設立臺子鎮、禮參鎮。以上兩鄉撤鄉設鎮后,行政區域和人民政府駐地不變。1995年6月20日,撤銷西董鄉,設立西董鎮,其行政區域和人民政府駐地不變。1996年12月29日,撤銷九戶鄉,設立九戶鎮,行政區域和人民政府駐地不變(魯政函民字[1996]66號)。
1997年,全縣面積1251.8平方千米,人口70萬。轄15鎮2鄉:鄒平鎮、長山鎮、魏橋鎮、西董鎮、好生鎮、臨池鎮、禮參鎮、焦橋鎮、苑城鎮、韓店鎮、孫鎮、明集鎮、青陽鎮、臺子鎮、九戶鄉、里八田鄉、碼頭鄉。縣政府駐鄒平鎮。
2000年第五次人口普查,全縣總人口686590人,其中:鄒平鎮113972人,長山鎮47475人,魏橋鎮55892人,西董鎮35989人,好生鎮32411人,臨池鎮30366人,禮參鎮20885人,苑城鎮24431人,焦橋鎮36928人,韓店鎮36767人,孫鎮鎮35586人,九戶鎮38212人,青陽鎮32229人,明集鎮33771人,臺子鎮34877人,里八田鄉25122人,碼頭鄉51677人。
2001年,撤銷禮參鎮,將其行政區域并入鄒平鎮;撤銷苑城鎮,將其行政區域并入長山鎮;撤銷里八田鄉,將其行政區域并入魏橋鎮。區劃調整后,鄒平縣轄13個鎮、1個鄉:鄒平鎮、長山鎮、魏橋鎮、西董鎮、好生鎮、臨池鎮、焦橋鎮、韓店鎮、孫鎮、九戶鎮、青陽鎮、明集鎮、臺子鎮、碼頭鄉。
2002年4月17日,省政府批復同意:鄒平縣撤銷碼頭鄉,設立碼頭鎮,其行政區域和人民政府駐地不變。2002年11月15日,省政府批復同意:鄒平縣撤銷鄒平鎮,以原鄒平鎮的行政區域設立黛溪街道辦事處、黃山街道辦事處和高新街道辦事處。黛溪街道辦事處機關駐黃山二路90號,黃山街道辦事處機關駐南部新區景觀大街16號,高新街道辦事處機關駐黃山三路88號。截至2002年12月31日,鄒平縣轄3個街道、13個鎮:黛溪街道、黃山街道、高新街道、長山鎮、魏橋鎮、西董鎮、好升鎮、臨池鎮、焦橋鎮、韓店鎮、孫鎮、九戶鎮、青陽鎮、明集鎮、臺子鎮、碼頭鎮。
2010年,撤銷好升鎮,設立好升街道。2011年,撤銷西董鎮,設立西董街道。調整后,全縣轄5個街道、11個鎮:黛溪街道、黃山街道、高新街道、好升街道、西董街道、長山鎮、魏橋鎮、臨池鎮、焦橋鎮、韓店鎮、孫鎮、九戶鎮、青陽鎮、明集鎮、臺子鎮、碼頭鎮。