東阿置邑，始見《春秋》，名柯。因濟，二水沿今東平湖兩岸入境，河曲形成大陵故稱“阿”。戰國改稱阿，秦時稱東阿，屬東郡。西漢置東阿縣。據《爾雅》：“大陵曰阿。”東阿即齊阿邑，西阿屬趙。據《泰安府志》：“郡秦屬東郡，漢置東阿縣。蓋以阿屬東郡而立名。”1958年撤銷東阿縣建制，1961年恢復。

　　1996年8月12日，撤銷高集鄉，設立高集鎮（魯政函民字[1996]41號）。
　　1996年，東阿縣面積762平方千米，人口38.6萬人。轄5個鎮、9個鄉：銅城鎮、劉集鎮、牛角店鎮、大橋鎮、姜樓鄉、顧官屯鄉、單莊鄉、黃屯鄉、關山鄉、楊柳鄉、高集鎮、姚寨鄉、大李鄉、陳集鄉。縣政府駐銅城鎮。
　　2000年第五次全國人口普查，東阿縣總人口413735人，其中：銅城鎮71903人，劉集鎮43306人，牛角店鎮31508人，大橋鎮21367人，高集鎮26895人，關山鄉24371人，單莊鄉27622人，黃屯鄉25949人，姜樓鄉27588人，顧官屯鄉36699人，陳集鄉24939人，楊柳鄉15852人，姚寨鄉17175人，大李鄉18561人。
　　2002年5月14日，省政府批復同意：東阿縣撤銷顧官屯鄉，設立顧官屯鎮；撤銷姚寨鄉，設立姚寨鎮。以上2鄉撤鄉設鎮后，其行政區域和人民政府駐地不變。2002年底，東阿縣轄8個鎮、2個鄉。
　　2003年10月8日，撤銷銅城鎮，設立銅城街道辦事處和新城街道辦事處，銅城街道辦事處機關駐銅魚路8號（原銅城鎮人民政府駐地），新城街道辦事處機關駐金光路7號。至此，東阿縣轄2個街道、7個鎮、2個鄉：銅城街道、新城街道、劉集鎮、牛角店鎮、大橋鎮、高集鎮、姜樓鎮、顧官屯鎮、姚寨鎮、單莊鄉、陳集鄉。
　　2006年11月，根據聊城市政府《關于將東阿縣單莊鄉更名為魚山鄉的通知》（聊政字[2006]151號）精神，單莊鄉更名為魚山鄉。
　　2007年底，全縣總面積799平方千米。總人口42.64萬人，其中城鎮人口11.59萬人，人口城鎮化率27.18％。有少數民族22個，598人。轄2個街道、7個鎮、2個鄉，559個行政村（居委會）。
　　2010年，將東阿縣顧官屯鎮劃歸聊城市經濟開發區管理；撤銷魚山鄉，設立魚山鎮。截至2010年末，全縣轄2個街道、7個鎮、1個鄉：銅城街道、新城街道、劉集鎮、牛角店鎮、大橋鎮、高集鎮、姜樓鎮、姚寨鎮、魚山鎮、陳集鄉。縣政府駐銅城街道。