曲阜，商為奄國都，周為魯國都。公元前249年，楚滅魯國后始設(shè)魯縣。隋初（584年），改為汶陽縣。596年，為曲阜縣，因“魯城中有阜，逶曲長七八里”而得名（《史記正義》：“神農(nóng)氏初都陳，后居曲阜，因城中有阜，委曲長七八里，故名。”）。627年曲阜并入泗水。634年恢復(fù)曲阜縣，1012年改為仙源縣，1129年又改為曲阜縣
1945年底，曲阜、泗水合并為曲泗縣，1946年春分置。1958年12月29日，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，撤銷滋陽縣，并入曲阜縣，駐地遷至兗州。1961年10月5日，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，曲阜縣駐地由兗州遷至城關(guān)；設(shè)立兗州縣，以原滋陽縣并入曲阜縣的區(qū)域?yàn)槠湫姓䥇^(qū)域。1986年6月2日，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)撤銷曲阜縣，設(shè)立曲阜市。
1996年，曲阜市面積814平方千米，人口61萬人，轄6個(gè)鎮(zhèn)、7個(gè)鄉(xiāng)：曲阜鎮(zhèn)、吳村鎮(zhèn)、姚村鎮(zhèn)、陵城鎮(zhèn)、小雪鎮(zhèn)、南辛鎮(zhèn)、書院鄉(xiāng)、王莊鄉(xiāng)、董莊鄉(xiāng)、時(shí)莊鄉(xiāng)、息陬鄉(xiāng)、尼山鄉(xiāng)、防山鄉(xiāng)。市政府駐曲阜鎮(zhèn)。1997年6月10日，撤銷時(shí)莊鄉(xiāng)、書院鄉(xiāng)，分別設(shè)立時(shí)莊鎮(zhèn)、書院鎮(zhèn)（魯政函民字[1997]27號）。至此，曲阜市轄8個(gè)鎮(zhèn)、5個(gè)鄉(xiāng)。
2000年第五次人口普查，曲阜市總?cè)丝?25313人，其中：曲阜鎮(zhèn)132221人，書院鎮(zhèn)35080人，吳村鎮(zhèn)36489人，姚村鎮(zhèn)41557人，時(shí)莊鎮(zhèn)51648人，陵城鎮(zhèn)53775人，小雪鎮(zhèn)43554人，南辛鎮(zhèn)36820人，王莊鄉(xiāng)47196人，董莊鄉(xiāng)46415人，息陬鄉(xiāng)46024人，尼山鄉(xiāng)12722人，防山鄉(xiāng)41812人。
2000年12月1日，山東省政府（魯政函民字[2000]65號）批準(zhǔn)：撤銷曲阜鎮(zhèn)，以原曲阜鎮(zhèn)的行政區(qū)域設(shè)立魯城街道辦事處，辦事處機(jī)關(guān)駐原曲阜鎮(zhèn)政府駐地；撤銷書院鎮(zhèn)，以原書院鎮(zhèn)的行政區(qū)域設(shè)立書院街道辦事處，辦事處機(jī)關(guān)駐原書院鎮(zhèn)政府駐地；撤銷尼山鄉(xiāng)，將其行政區(qū)域并入南辛鎮(zhèn)。至此，曲阜市轄2個(gè)街道、6個(gè)鎮(zhèn)、4個(gè)鄉(xiāng)：魯城街道、書院街道、吳村鎮(zhèn)、姚村鎮(zhèn)、陵城鎮(zhèn)、小雪鎮(zhèn)、南辛鎮(zhèn)、時(shí)莊鎮(zhèn)、息陬鄉(xiāng)、王莊鄉(xiāng)、董莊鄉(xiāng)、防山鄉(xiāng)。（495個(gè)村、居委會(huì)，585個(gè)自然村）
2003年，將原有495個(gè)村、居委會(huì)合并為396個(gè)。2004年末，曲阜市總面積896平方千米，總?cè)丝?37358人。轄2個(gè)街道、6個(gè)鎮(zhèn)、4個(gè)鄉(xiāng)：魯城街道、書院街道、吳村鎮(zhèn)、姚村鎮(zhèn)、陵城鎮(zhèn)、小雪鎮(zhèn)、南辛鎮(zhèn)、時(shí)莊鎮(zhèn)、王莊鄉(xiāng)、董莊鄉(xiāng)、息陬鄉(xiāng)、防山鄉(xiāng)。共41個(gè)居委會(huì)、355個(gè)村委會(huì)，483個(gè)自然村（根據(jù)“濟(jì)寧地名網(wǎng)”）。其中陵城鎮(zhèn)、小雪鎮(zhèn)、息陬鄉(xiāng)由濟(jì)寧市曲阜新區(qū)管理。
2007年末，全市總面積896平方千米。總?cè)丝?4.08萬人，其中城鎮(zhèn)人口18.25萬人。有少數(shù)民族30個(gè)，2500余人。轄2個(gè)街道、6個(gè)鎮(zhèn)、4個(gè)鄉(xiāng)：魯城街道、書院街道、吳村鎮(zhèn)、姚村鎮(zhèn)、陵城鎮(zhèn)、小雪鎮(zhèn)、南辛鎮(zhèn)、時(shí)莊鎮(zhèn)、王莊鄉(xiāng)、董莊鄉(xiāng)、息陬鄉(xiāng)、防山鄉(xiāng)。共有392個(gè)行政村（居委會(huì)）。其中陵城鎮(zhèn)、小雪鎮(zhèn)、息陬鄉(xiāng)由濟(jì)寧市曲阜新區(qū)管理。
2008年5月，按照“管轄分離”的方式，將泗河?xùn)|岸曲阜市時(shí)莊鎮(zhèn)的田家村、河頭村、焦家村三個(gè)行政村和陵城鎮(zhèn)的粉店、牛廠兩個(gè)自然村，劃歸兗州市酒仙橋街道管理。2008年末，全市總面積815平方千米，總?cè)丝?3.73萬人，其中城鎮(zhèn)人口17.97萬人。有少數(shù)民族30個(gè)，2500余人。共有392個(gè)行政村（居委會(huì)）。
2010年，撤銷小雪鎮(zhèn)、時(shí)莊鎮(zhèn)，設(shè)立小雪街道、時(shí)莊街道；撤銷王莊鄉(xiāng)、息陬鄉(xiāng)，設(shè)立王莊鎮(zhèn)、息陬鎮(zhèn)。調(diào)整后，全市轄4個(gè)街道、6個(gè)鎮(zhèn)、2個(gè)鄉(xiāng)：魯城街道、書院街道、時(shí)莊街道、小雪街道、吳村鎮(zhèn)、姚村鎮(zhèn)、陵城鎮(zhèn)、南辛鎮(zhèn)、王莊鎮(zhèn)、息陬鎮(zhèn)、董莊鄉(xiāng)、防山鄉(xiāng)。其中小雪街道、陵城鎮(zhèn)、息陬鎮(zhèn)由濟(jì)寧市曲阜新區(qū)管理。
2011年，撤銷董莊鄉(xiāng)、防山鄉(xiāng)，設(shè)立石門山鎮(zhèn)、防山鎮(zhèn)；南辛鎮(zhèn)更名為尼山鎮(zhèn)。調(diào)整后，全市轄4個(gè)街道、8個(gè)鎮(zhèn)：魯城街道、書院街道、時(shí)莊街道、小雪街道、吳村鎮(zhèn)、姚村鎮(zhèn)、陵城鎮(zhèn)、尼山鎮(zhèn)、王莊鎮(zhèn)、息陬鎮(zhèn)、石門山鎮(zhèn)、防山鎮(zhèn)。其中小雪街道、陵城鎮(zhèn)、息陬鎮(zhèn)由濟(jì)寧市曲阜新區(qū)管理。市政府駐魯城街道。