1994年6月28日，國務(wù)院批準(zhǔn)（國函[1994]62號(hào)）同意撤銷欽州地區(qū)、欽州市，設(shè)立地級(jí)欽州市。欽州市新設(shè)欽北區(qū)、欽南區(qū)。欽北區(qū)轄新棠、板城、小董、大垌、長(zhǎng)灘、那蒙、大寺、貴臺(tái)、大直、青塘、平吉11個(gè)鎮(zhèn)和那香鄉(xiāng)，區(qū)人民政府駐欽州灣大道。

1996年，欽北區(qū)面積2216平方千米，人口約60萬人。轄12個(gè)鎮(zhèn)：大寺鎮(zhèn)、貴臺(tái)鎮(zhèn)、大直鎮(zhèn)、青塘鎮(zhèn)、平吉鎮(zhèn)、小董鎮(zhèn)、新棠鎮(zhèn)、那蒙鎮(zhèn)、那香鎮(zhèn)、長(zhǎng)灘鎮(zhèn)、板城鎮(zhèn)、大垌鎮(zhèn)。

2000年第五次人口普查，欽北區(qū)總?cè)丝?26582人。其中：大垌鎮(zhèn)36073人，平吉鎮(zhèn)56587人，青塘鎮(zhèn)31051人，小董鎮(zhèn)69445人，板城鎮(zhèn)46959人，那香鎮(zhèn)20856人，那蒙鎮(zhèn)38985人，長(zhǎng)灘鎮(zhèn)40996人，新棠鎮(zhèn)35943人，大直鎮(zhèn)58517人，大寺鎮(zhèn)66813人，貴臺(tái)鎮(zhèn)24357人。

2003年，欽北區(qū)轄12個(gè)鎮(zhèn)：大垌鎮(zhèn)、平吉鎮(zhèn)、青塘鎮(zhèn)、小董鎮(zhèn)、板城鎮(zhèn)、那香鎮(zhèn)、那蒙鎮(zhèn)、長(zhǎng)灘鎮(zhèn)、新棠鎮(zhèn)、大直鎮(zhèn)、大寺鎮(zhèn)、貴臺(tái)鎮(zhèn)。

2005年6月28日，廣西壯族自治區(qū)政府（桂政函[2005]180號(hào)）同意撤銷那香鎮(zhèn)，整建制并入板城鎮(zhèn)，板城鎮(zhèn)政府駐地不變。調(diào)整后，全區(qū)轄11個(gè)鎮(zhèn)。

2003年8月，欽發(fā)[2003]21號(hào)文件將北至南北二級(jí)公路，西至欽州灣大道，東至欽江，南至欽北鐵路所圍合的區(qū)域，總面積為2.36平方公里，劃為欽北區(qū)城區(qū)建設(shè)范圍；同年10月欽北區(qū)行政辦公地點(diǎn)在該處動(dòng)工興建。2006年1月欽北區(qū)委區(qū)政府搬入新址辦公。2007年4月，欽發(fā)[2007]11號(hào)文件將2.36平方公里內(nèi)的牛頭灣、清水窩劃入欽北區(qū)轄管。

2008年9月，欽州市政府辦發(fā)函批復(fù)設(shè)立長(zhǎng)田街道，下設(shè)城北、皇馬和大井3個(gè)社區(qū)。2009年7月，欽北區(qū)委、區(qū)政府設(shè)立中共長(zhǎng)田街道工作委員會(huì)及長(zhǎng)田街道辦事處。調(diào)整后，全區(qū)轄1個(gè)街道、11個(gè)鎮(zhèn)：長(zhǎng)田街道、大垌鎮(zhèn)、平吉鎮(zhèn)、青塘鎮(zhèn)、小董鎮(zhèn)、板城鎮(zhèn)、那蒙鎮(zhèn)、長(zhǎng)灘鎮(zhèn)、新棠鎮(zhèn)、大直鎮(zhèn)、大寺鎮(zhèn)、貴臺(tái)鎮(zhèn)。區(qū)政府駐長(zhǎng)田街道。

2012年，廣西壯族自治區(qū)政府（桂政函[2012]75號(hào)）批復(fù)同意調(diào)整欽州市欽南區(qū)與欽北區(qū)部分行政區(qū)域界線，將欽南區(qū)管轄的向陽街道辦事處沙坡社區(qū)、永福社區(qū)，南珠街道辦事處白水塘社區(qū)、北營社區(qū)，水東街道辦事處小江社區(qū)、山塘社區(qū)劃歸欽北區(qū)管轄【注：此次調(diào)整是將欽南區(qū)的南珠、向陽、水東等3個(gè)街道辦事處中的18073戶56021人劃歸欽北區(qū)管轄（以子材大街為界）。調(diào)整后，欽州市政府所在地屬于欽北區(qū)】。欽北區(qū)新設(shè)立鴻亭街道、子材街道。調(diào)整后，全區(qū)轄3個(gè)街道、11個(gè)鎮(zhèn)：長(zhǎng)田街道、鴻亭街道、子材街道、大垌鎮(zhèn)、平吉鎮(zhèn)、青塘鎮(zhèn)、小董鎮(zhèn)、板城鎮(zhèn)、那蒙鎮(zhèn)、長(zhǎng)灘鎮(zhèn)、新棠鎮(zhèn)、大直鎮(zhèn)、大寺鎮(zhèn)、貴臺(tái)鎮(zhèn)。