“杭錦”系突厥語，意為“使車者”。宋屬西夏，元為云內州。明為內蒙古鄂爾多斯部杭錦牧地。清順治六年（1649年）杭錦旗建旗，時稱鄂爾多斯右翼后旗。清末易名杭錦旗。

1649年，全旗有8個參令，35個蘇木，成丁5000多人，劃界后旗境北至五加河，總面積83700余平方里。1894年（光緒二十年十一月三日），旗衙門和札薩克府由薩仁淖爾遷至巴亞斯古愣圖（今錫尼鎮、原阿日斯楞圖蘇木境內）。1898年，將全旗分為32個嘎查會和若干努圖克阿格奇。

1924年增設1個蘇木，共為36個蘇木。1932年增設1個參令，下轄6個蘇木，至此全旗9個參令，42個蘇木。1936年，據蒙藏委員會調查室統計，杭錦旗此年情況為蒙古族人口約9000人（其中喇嘛1700余人）；漢族人口約2萬人（不包括3個巴格）。

1941年11月，國民黨緩遠省政府第三區行政督察專員公署桃力民辦公室成立；杭錦旗境內設區。1943年撤區建鄉，杭錦旗境內設7鄉，1945年并為4鄉。1949年7月，中共杭錦旗工作委員會成立；12日6日，旗工委進駐貝勒召（今錫尼鎮）；同日，杭錦旗臨時人民政府成立。

1996年?，杭錦旗面積1.19萬平方千米，人口13.0萬，其中蒙古族占19%，轄3鎮12蘇木8鄉：錫尼鎮、巴拉貢鎮、獨貴塔拉鎮、巴音烏素蘇木、夭斯圖蘇木、伊和烏素蘇木、浩繞柴達木蘇木、巴音恩格爾蘇木、巴音補拉格蘇木、呼和木獨蘇木、賽音烏素蘇木、圖古日格蘇木、沙日召蘇木、阿日斯楞圖蘇木、格更召蘇木、巴拉亥鄉、柿錦淖爾鄉、永勝鄉、吉日嘎朗圖鄉、塔然高勒鄉、阿門其日格鄉、勝利鄉、四十里梁鄉。旗政府駐錫尼鎮。

1998年2月，撤銷巴音烏素蘇木、賽音烏素蘇木，設立巴音烏素鎮。1999年3月，撤銷呼和木獨蘇木、巴拉亥鄉，設立呼和木獨鎮。？年，撤銷格更召蘇木、永勝鄉、吉日嘎朗圖鄉，合并設立吉日嘎朗圖鎮；撤銷沙日召蘇木，并入獨貴特拉鎮；撤銷巴音烏素蘇木，設立巴音烏素鎮；撤銷伊和烏素蘇木，設立伊和烏素鎮；撤銷賽音烏素蘇木（上述調整內容有待進一步核實）。調整后，杭錦旗轄7個鎮、5個鄉、6個蘇木。

2000年第五次人口普查，杭錦旗總人口122744人，其中：錫尼鎮24033人，巴拉貢鎮11829人，呼和木獨鎮7584人，吉日嘎朗圖鎮12142人，獨貴塔拉鎮9800人，巴音烏素鎮7433人，伊和烏素鎮7542人，杭錦淖爾鄉6786人，塔然高勒鄉4711人，阿門其日格鄉4481人，勝利鄉5852人，四十里粱鄉5148人，巴音恩格爾蘇木2436人，浩繞柴達木蘇木4438人，夭斯圖蘇木3091人，阿日斯楞圖蘇木1988人，巴音補拉格蘇木2186人，圖古日格蘇木1264人。

2001年1月，撤銷阿日斯楞圖蘇木，并入錫尼鎮；撤銷巴音恩格爾蘇木，并入巴拉貢鎮；撤銷圖古日格蘇木和巴音補拉格蘇木，兩蘇木所屬嘎查就近并入塔然高勒鄉、巴音烏素鎮和錫尼鎮；撤銷勝利鄉、四十里梁鄉，合并設立四十里梁鎮；撤銷夭斯圖蘇木，并入浩澆柴達木蘇木。至此，杭錦旗轄8個鎮、3個鄉、1個蘇木：錫尼鎮、巴拉貢鎮、吉日嘎朗圖鎮、呼和木獨鎮、獨貴特拉鎮、巴音烏素鎮、伊和烏素鎮、四十里梁鎮、杭錦淖爾鄉、塔然高勒鄉、阿門其日格鄉、浩繞柴達木蘇木。

2004年，杭錦旗總人口13.2萬人，其中蒙古族2.3萬人。轄8個鎮、3個鄉、1個蘇木。（鄂爾多斯市年鑒2005）

2005年，撤銷四十里梁鎮、阿門其日格鄉，并入錫尼鎮（并劃入原浩繞柴達木蘇木的7個嘎查）；撤銷塔然高勒鄉，并入杭錦淖爾鄉（并劃入原巴音烏素鎮部分區域）；撤銷伊和烏素鎮，和原浩繞柴達木蘇木及巴音烏素鎮的部分區域合并設立伊和烏素蘇木；撤銷巴音烏素鎮，分別并入杭錦淖爾鄉、伊和烏素蘇木；撤銷浩繞柴達木蘇木，7個嘎查并入錫尼鎮，5個嘎查并入伊和烏素蘇木。（上述調整內容有待進一步核實）

2005年末，全旗總面積1.89萬平方千米，戶籍人口133732人，其中：非農業人口29866人，農業人口103866人；蒙古族人口24076人，漢族人口108900人。（內蒙古年鑒）

2006年，全旗總面積1.89萬平方千米。總人口137069人，其中蒙古族25207人、漢族111616人。轄5個鎮、1個鄉、1個蘇木：錫尼鎮、巴拉貢鎮、吉日嘎朗圖鎮、呼和木獨鎮、獨貴特拉鎮、杭錦淖爾鄉、伊和烏素蘇木。（內蒙古年鑒）

2008年，撤銷杭錦淖爾鄉，并入獨貴特拉鎮。

2009年，全旗總面積1.89萬平方千米。總人口141385人，其中蒙古族26185人，漢族114929人，其他少數民族271人。轄5個鎮、1個蘇木：錫尼鎮、巴拉貢鎮、吉日嘎朗圖鎮、獨貴特拉鎮、呼和木獨鎮、伊和烏素蘇木。（內蒙古年鑒）