巴林，系明代蒙古族部落名，意為陣地、“要塞”、“哨所”、“軍寨”。蒙古語稱西為右。
　　明末清初，蒙古巴林部于此駐牧。后金天聰八年（1634年）分封諸藩牧地時定旗地域為巴林左翼旗、巴林右翼旗。清順治五年（1648年）設治所，定名為巴林右翼旗，設札薩克衙門，會盟昭烏達。新中國建立后更名為巴林右旗，此名沿用至今。

1996年?，巴林右旗面積10256平方千米，人口16.9萬人，其中蒙古族7.8萬人，占46.2%。轄3鎮14蘇木2鄉：大板鎮、巴彥琥碩鎮、寶日勿蘇鎮、沙巴爾臺蘇木、巴彥爾燈蘇木、巴彥塔拉蘇木、幸福之路蘇木、崗根蘇木、查干沐倫蘇木、索博日嘎蘇木、巴彥漢蘇木、都希蘇木、查干諾日蘇木、益和諾爾蘇木、胡日哈蘇木、西拉沐倫蘇木、洪格爾蘇木、朝陽鄉、羊場鄉。

2000年第五次人口普查，全旗總人口174275人，其中：大板鎮50370人，巴彥琥碩鎮7752人，寶日勿蘇鎮12586人，朝陽鄉10257人，羊場鄉11018人，索博日嘎蘇木12341人，查干沐淪蘇木3327人，沙巴爾臺蘇木4498人，崗根蘇木4709人，幸福之路蘇木6028人，巴彥塔拉蘇木10708人，巴彥爾燈蘇木7734人，巴彥漢蘇木3224人，都希蘇木7355人，查干諾爾蘇木4381人，洪格爾蘇木4424人，益和諾爾蘇木4407人，胡日哈蘇木5553人，西拉沐淪蘇術3603人。

2000年，巴林右旗轄3個鎮、2個鄉、14個蘇木，156個嘎查（村），560個村民小組。2001年?，撤銷巴彥漢蘇木，設立白彥漢鎮。2001年，撤并蘇木，即撤銷都希蘇木、洪格爾蘇木、巴彥爾燈蘇木。撤鄉并鎮后，全旗轄4個鎮、2個鄉、10個蘇木。2002年，全旗總人口17.7萬人。

2006年，巴林右旗將現有的16個蘇木鄉鎮（10個蘇木，2個鄉、4個鎮）調整為8個蘇木鎮（3個蘇木，5個鎮）：撤銷巴彥漢鎮，并入大板鎮，總面積1929平方千米，總人口72100人，轄21個嘎查、15個行政村、10個居委會，鎮政府駐地設在原大板鎮政府所在地大板；撤銷索博日嘎蘇木、朝陽鄉，合并設立索博日嘎鎮，總面積1568平方千米，總人口23400人，轄6嘎查、14個行政村，鎮政府駐地設在原索博日嘎蘇木政府所在地索博日嘎；撤銷巴彥琥碩鎮、查干沐淪蘇木、沙巴爾臺蘇木，合并設立查干沐淪鎮，總面積1406. 6平方千米，總人口15500人，轄9個嘎查、14個行政村，鎮政府駐地設在原巴彥琥碩鎮政府所在地巴彥琥碩；撤銷羊場鄉、查干諾爾蘇木，合并設立查干諾爾鎮，總面積968.2平方千米，總人口16000人，轄6個嘎查、8個行政村，鎮政府駐地設在原羊場鄉政府所在地羊場；撤銷崗根蘇木，并入幸福之路蘇木，總面積1061平方千米，總人口10300人，轄11個嘎查、7個行政村，蘇木政府駐地設在原幸福之路蘇木政府所在地幸福之路；撤銷益和諾爾蘇木、胡日哈蘇木，并入西拉沐淪蘇木，總面積1302.1平方千米，總人口13400人，轄14個嘎查、6個行政村，蘇木政府駐地設在原胡日哈蘇木政府所在地巴潤蘇吉；寶日勿蘇鎮、巴彥塔拉蘇木原建制及行政區域管轄范圍不變；巴林右旗蘇木鄉鎮行政區劃調整后，轄大板鎮、索博日嘎鎮、查干沐淪鎮、查干諾爾鎮、寶日勿蘇鎮、幸福之路蘇木、西拉沐淪蘇木、巴彥塔拉蘇木。

2006年，全旗總面積10256平方千米。總人口17.95萬人，其中非農業人口5.59萬人；少數民族88367人。轄3個蘇木、5個鎮，161個嘎查（村），568個獨貴龍（組）。

2009年末，全旗總面積10256平方千米（1538.4萬畝）。總人口18.35萬人。轄3個蘇木、5個鎮，161個嘎查（村）、10個居委會，583個獨貴龍（組）。

2012年?，撤銷查干沐淪鎮，設立巴彥琥碩鎮、查干沐淪蘇木。調整后，全旗轄5個鎮、4個蘇木：大板鎮、索博日嘎鎮、寶日勿蘇鎮、查干諾爾鎮、巴彥琥碩鎮、西拉沐淪蘇木、巴彥塔拉蘇木、幸福之路蘇木、查干沐淪蘇木。