魏晉、南北朝時屬黨項羌駐牧地，唐設“羈縻州”，元屬“吐蕃等路宣慰使司都元帥府”，明屬朵甘行都司和碩特蒙古政權轄地，清為上郭羅克百戶、中郭羅克千戶部落牧地，青海建省后由省直轄。民國二十四年（1935年）為果洛行政督察區(qū)屬地。民國二十九年（1940年）設西樂設治局，民國三十五年（1946年）撤銷。1952年瑪沁地區(qū)解放，1957年設置瑪沁縣。

1999年末，瑪沁縣面積14652平方千米，人口33725人（根據(jù)青海省志）。轄1個鎮(zhèn)和10個鄉(xiāng)：大武鎮(zhèn)、大武鄉(xiāng)、軍功鄉(xiāng)、拉加鄉(xiāng)、東傾溝鄉(xiāng)、雪山鄉(xiāng)、當項鄉(xiāng)、當洛鄉(xiāng)、昌麻河鄉(xiāng)、優(yōu)云鄉(xiāng)、下大武鄉(xiāng)。縣政府駐大武鎮(zhèn)。

2000年第五次人口普查，瑪沁縣總人口35778人，其中：大武鎮(zhèn)12869人，大武鄉(xiāng)2925人，拉加鄉(xiāng)5499人，軍功鄉(xiāng)3815人，東傾溝鄉(xiāng)1804人，雪山鄉(xiāng)1558人，下大武鄉(xiāng)1539人，優(yōu)云鄉(xiāng)2132人，當洛鄉(xiāng)1787人，當項鄉(xiāng)1226人，昌麻河鄉(xiāng)624人。

2001年3月5日，青海省政府青政函[2001]14號文批復：撤銷拉加、軍功2鄉(xiāng)，合并設立拉加鎮(zhèn)；撤銷當項鄉(xiāng)，并入當洛鄉(xiāng)。調整后，瑪沁縣轄2個鎮(zhèn)、7個鄉(xiāng)：大武鎮(zhèn)、拉加鎮(zhèn)、大武鄉(xiāng)、東傾溝鄉(xiāng)、雪山鄉(xiāng)、下大武鄉(xiāng)、昌麻河鄉(xiāng)、優(yōu)云鄉(xiāng)、當洛鄉(xiāng)。

2001年末，瑪沁縣轄2個鎮(zhèn)、7個鄉(xiāng)，31個牧委會。大武鎮(zhèn)駐大武。拉加鎮(zhèn)駐拉加，轄史肉欠、贊根、哈夏、俄合科、臺西、拉德、也合恰、加思乎、麻什堂、賽日托、曲哇軍功11個牧委會。大武鄉(xiāng)駐桑多，轄江欽、哈龍、日近3個牧委會。東傾溝鄉(xiāng)駐曲如麻堂，轄當前、東柯河2個牧委會。雪山鄉(xiāng)駐尕茶多，轄陽柯河、陰柯河2個牧委會。下大武鄉(xiāng)駐雪前多，轄年扎、清水、尼青3個牧委會。昌麻河鄉(xiāng)駐昌麻河，轄茶藏、血麻2個牧委會。優(yōu)云鄉(xiāng)駐中心站，轄優(yōu)曲、德爾當、陽桑3個牧委會。當洛鄉(xiāng)駐當洛，轄格雅、加布青、崗龍、坎巴、查切5個牧委會。

2006年8月，撤銷昌麻河鄉(xiāng)，并入優(yōu)云鄉(xiāng)。調整后，瑪沁縣轄2個鎮(zhèn)、6個鄉(xiāng)：大武鎮(zhèn)、拉加鎮(zhèn)、大武鄉(xiāng)、東傾溝鄉(xiāng)、雪山鄉(xiāng)、下大武鄉(xiāng)、優(yōu)云鄉(xiāng)、當洛鄉(xiāng)。