同仁在歷史上是游牧地區。在漢朝時期，同仁北部成為漢朝屯田之地。至唐中宗時，這里作為金城公主的湯沐邑，賜于吐蕃。宋代是角羅蕃政權的勢力范圍。元明兩代，始以縣境保安為觸角，有中央屯軍的伸入，形成以隆務寺為中心青海最大的藏傳佛教政教合一統治體系，一直延續到清代。

古為古羌地，西晉末為吐谷渾地，隋為達化縣地，唐初為達化縣、米川縣地，安史之亂后為吐蕃地，宋初為吐蕃角廝角轄地，元為貴德州地，明為歸德千戶所轄，清隸循化廳，民國初隸循化縣，1929年設立同仁縣。1949年沿舊制仍設同仁縣，1952年改為同仁藏族自治區。1953年由同仁藏族自治區析置澤庫縣，同年改同仁藏族自治區為同仁縣，均隸黃南藏族自治區（州）。

1999年末，同仁縣面積3460平方千米，人口73896人（根據青海省志）。轄1個鎮和12個鄉：隆務鎮、年都乎鄉、加吾鄉、保安鄉、雙朋西鄉、扎毛鄉、曲庫乎鄉、牙浪鄉、多哇鄉、麻巴鄉、蘭采鄉、瓜什則鄉、黃乃亥鄉。縣政府駐隆務鎮。

2000年第五次人口普查，同仁縣總人口77040人，其中：隆務鎮23294人、蘭采鄉3558人、麻巴鄉5285人、雙朋西鄉3737人、扎毛鄉3668人、保安鄉4780人、黃乃亥鄉2944人、曲庫乎鄉6440人、牙浪鄉1946人、年都乎鄉8060人、多哇鄉4986人、瓜什則鄉3886人、加吾鄉4456人。

2001年3月19日，撤銷保安、麻巴2鄉，合并設立保安鎮（鎮政府駐地設在原保安鄉）（青政函[2001]21號）。調整后，同仁縣轄2個鎮、10個鄉：隆務鎮、保安鎮、蘭采鄉、雙朋西鄉、扎毛鄉、黃乃亥鄉、曲庫乎鄉、牙浪鄉、年都乎鄉、多哇鄉、瓜什則鄉、加吾鄉。

2001年末，同仁縣轄2個鎮、10個鄉（牧業鄉3個、農業鄉7個），3個居委會、74個村（牧）委會。隆務鎮駐隆務，轄一、二、三3個居委會和吳屯上莊、吳屯下莊、加毛、向陽、四合吉、隆務、加倉瑪、措玉8個村委會。保安鎮駐保安，轄城內、城外、新城、全都、臥科、相曲、夏尕龍、尕則敦、浪加、銀扎木、群吾、東干木、賽加、卡加14個村委會。年都乎鄉駐年都乎，轄都乎、曲碼、夏卜浪、錄合相、郭麻日、尕沙日6個村委會。加吾鄉駐協知，轄加吾崗、協知、俄毛、東維、吉倉、江日6個村委會。雙朋西鄉駐雙朋西，轄雙朋西、協知、寧他、環主4個村委會。扎毛鄉駐麻什當，轄霍爾、扎毛、卡蘇乎、立倉4個村委會。曲庫乎鄉駐多哇，轄江龍、江什加、古德、多哇、索乃亥、木合沙、瓜什則、江龍牧業8個村（牧）委會。牙浪鄉駐牙浪，轄依里、牙浪、娘洛、阿寧4個村委會。多哇鄉駐乙合隆扎，轄尖德、東維、交隆務、直躍、卡什加、其日那6個村委會。蘭采鄉駐唐拉卡，轄麥倉、還去乎、尕日哇、蘭采榮哇4個村（牧）委會。瓜什則鄉駐瓜什則寺，轄賽青、力吉、郭進、阿旦、塔哇、阿哇6個村委會。黃乃亥鄉駐日秀麻，轄日秀麻、阿吾乎、群吾、奴讓4個村委會。

2006年8月，撤銷牙浪鄉，并入隆務鎮。調整后，同仁縣轄2個鎮、9個鄉：隆務鎮、保安鎮、蘭采鄉、雙朋西鄉、扎毛鄉、黃乃亥鄉、曲庫乎鄉、年都乎鄉、多哇鄉、瓜什則鄉、加吾鄉。縣政府駐隆務鎮。