元為鎮遠府、金容金達等處，屬思州軍民安撫司，鎮遠之名始于此。明洪武二年（1369年年）置鎮遠溪洞金容金達蠻夷長官司，屬思南宣慰司；四年（1371年）降鎮遠府為州，屬思南宣慰司；二十二年（1389年）置鎮遠衛，隸湖廣都,司；二十三年（1390年）置清浪衛，隸湖廣都司；永樂十一年（1413年）置鎮遠府，以鎮遠州及金容金達蠻夷長官司來屬；正統三年（1438年）省鎮遠州入鎮遠府；弘治十一年（1498年）改鎮遠溪洞金容金達長官司為鎮遠縣，附郭。清康熙二十二年（1683年）鎮遠衛改隸貴州，同年省鎮遠衛入鎮遠縣；雍正五年清浪衛改隸貴州，同年改為青溪縣，屬思州府；乾隆三十五年青溪縣改隸鎮遠府；三十六年還隸思州府。

民國元年（1911年）將鎮遠縣并入鎮遠府；二年（1913年）改鎮遠府為鎮遠縣，鎮遠為黔東道治，青溪縣屬黔東道；十二年（1923年）直屬貴州省；二十四年（1935年）第八行政督察區駐鎮遠；二十五年（1936年）改第七行政督察區；二十六年（1937年）改為第一行政督察區；三十年（1941年）裁青溪縣并入鎮遠、天柱二縣。1950年鎮遠專員公署駐鎮遠縣，1956年為黔東南苗族侗族自治州首府。1958年自治州首府遷凱里，同年將岑鞏、三穗兩縣并入鎮遠縣。1961年分出岑鞏縣，1962年分出三穗縣。

1996年，鎮遠縣轄6個鎮、6個鄉（其中1個民族鄉）：氵舞陽鎮、蕉溪鎮、青溪鎮、羊坪鎮、羊場鎮、都坪鎮、涌溪鄉、江古鄉、金堡鄉、報京鄉、尚寨土家族鄉、大地鄉。縣政府駐氵舞陽鎮。

2000年第五次人口普查，鎮遠縣總人口222766人，其中：氵舞陽鎮55150人，蕉溪鎮19889人，青溪鎮26902人，羊坪鎮18826人，羊場鎮16487人，都坪鎮17004人，江古鄉18103人，涌溪鄉11605人，金堡鄉16701人，報京鄉7599人，大地鄉8201人，尚寨鄉6299人。

2003年末，鎮遠縣總人口25.65萬人，其中少數民族12.65萬人，非農業人口3.0萬人。轄6個鎮、6個鄉（其中1個民族鄉），221個村委會、13個居委會。

2007年末，全縣總面積1878平方千米，總人口26.47萬人，其中少數民族11.1萬人，非農業人口4.01萬人。轄6個鎮、6個鄉（其中1個民族鄉）：氵舞陽鎮、蕉溪鎮、青溪鎮、羊坪鎮、羊場鎮、都坪鎮、江古鄉、涌溪鄉、金堡鄉、報京鄉、大地鄉、尚寨土家族鄉。共有112個行政村、16個居委會。

2010年第六次人口普查，鎮遠縣常住總人口203622人，其中：氵舞陽鎮58630人，蕉溪鎮15482人，青溪鎮24659人，羊坪鎮17945人，羊場鎮15755人，都坪鎮13530人，江古鄉14560人，涌溪鄉8809人，金堡鄉14113人，報京鄉6784人，大地鄉8050人，尚寨鄉5305人。2010年末，鎮遠縣常住人口20.40萬人。

2011年末，鎮遠縣面積1878平方千米。常住人口20.28萬人；戶籍人口26.84萬人，其中少數民族人口12.3萬人，非農業人口3.84萬人。轄6個鎮、6個鄉（其中1個民族鄉），16個居委會、110個行政村。

2013年，撤銷江古鄉，設立江古鎮，鎮政府駐江古村；撤銷金堡鄉，設立金堡鎮，鎮政府駐金凱村。調整后，全縣轄8個鎮、4個鄉（其中1個民族鄉）：氵舞陽鎮、蕉溪鎮、青溪鎮、羊坪鎮、羊場鎮、都坪鎮、江古鎮、金堡鎮、涌溪鄉、報京鄉、大地鄉、尚寨土家族鄉。