漢初閩越王首建冶城，宋熙寧二年（公元1069年）郡守在城樓置銅壺滴漏報時，郡守程師孟于城樓置銅壺滴漏報時，謂之鼓樓，“鼓樓”因此得名。1946年1月福州建市時即置鼓樓區，與大根區并列市轄區。1949年8月17日福州解放后，仍為市轄區，設區公所；1951年改設區人民政府；1955年改稱區人民委員會；1956年大根區并入；1968年9月更名為紅衛區，1978年4月恢復鼓樓區。

1955年11月，設鼓東、鼓西、華大、新民4個街道辦事處。1956年5月，撤銷大根區，并入鼓樓區，所轄東街、南街、安泰、道山、水部、河西、東門7個街道辦事處歸鼓樓區管轄。1957年12月，撤銷新民街道辦事處，并入華大街道辦事處；撤銷道山街道辦事處，分并于安泰、南街街道辦事處；撤銷河西街道辦事處，分并于東街、東門街道辦事處。

1970年2月，郊區洪山公社并入紅衛公社，連同新店公社劃歸紅衛區。1975年5月，新店公社復歸郊區。7月，紅衛公社劃歸蔬菜區。1981年10月，增設五四街道辦事處。1986年11月，增設王莊新村街道辦事處。

1995年10月27日，國務院（國函[1995]102號）批復同意調整福州市市轄區的行政區域：鼓樓區轄水部、安泰、東街、鼓東、鼓西、華大、南街7個街道，五四街道的思兒亭、湯邊2個居委會，東門街道的東大、溫泉、金湯、瓊河、東水、瓊新、河西、河東、東湖、澳橋、湯門11個居委會，從原郊區劃入的洪山鎮和新店鎮的義井、湖前2個居委會，從臺江區劃入的茶亭街道的斗中、西營里、福中、九福庵4個居委會。區人民政府駐地不變。將王莊新村、東門、五四3個街道和水部街道的紫陽、紫新、砌池、絲綢廠、福馬5個居委會劃歸晉安區管轄。

1996年1月，市區行政區劃調整后，鼓樓區從原郊區劃入洪山鎮及新店鎮的湖前村委會，從臺江區劃入茶亭街道的斗中、西營里、福中、九福庵4個居委會；劃出晉安河以東的五四、王莊新村2個街道及原東門街道的塔頭、桂香、康山、琯尾、晉安、浦一、浦二、浦三、浦四9個居委會和水部街道的紫陽、砌池、絲綢廠、紫新、福馬5個居委會歸晉安區；劃出瓊河、東西河以南水部街道辦事處的龍庭、狀元2個居委會歸臺江區；劃出鼓西街道的農大居委會歸倉山區；撤銷東門街道，設立溫泉街道；增設五鳳街道。

1997年，省民政廳批復同意洪山鎮劃出公正村委會歸鼓東街道管轄，劃出水部村委會歸水部街道管轄，劃出溫泉村委會歸溫泉街道管轄，劃出西門村委會歸鼓西街道管轄，劃出華大、泉塘、五鳳3個村委會歸五鳳街道管轄；鼓西街道劃出西河、怡山、物檢、鳳湖、祭酒嶺5個居委會歸洪山鎮管轄。

2000年第五次人口普查，鼓樓區常住總人口559858人，其中：鼓東街道39267人，鼓西街道54435人，溫泉街道48391人，東街街道28924人，南街街道54169人，安泰街道33166人，華大街道66557人，水部街道34546人，五鳳街道79406人，洪山鎮120997人。

2001年，鼓樓區轄東街、五鳳、華大、鼓西、鼓東、溫泉、南街、安泰、水部9個街道辦事處和洪山鎮，設76個居委會、15個村委會。

2004年，鼓樓區總人口56萬人。轄9個街道、1個鎮：華大街道、鼓東街道、鼓西街道、南街街道、安泰街道、東街街道、水部街道、溫泉街道、五鳳街道、洪山鎮。共有76個社區、5個行政村。

2010年第六次人口普查，鼓樓區常住總人口687705人，其中：鼓東街道40769人，鼓西街道67420人，溫泉街道67911人，東街街道32438人，南街街道45663人，安泰街道33305人，華大街道101489人，水部街道45746人，五鳳街道109429人，洪山鎮143535人。