伽師縣得名于伽師河。“伽師”似‘喀什”的同詞異譯，即突厥語(yǔ)“玉”之意。維吾爾語(yǔ)稱“排孜阿瓦提”，意為天賜昌盛。《西域圖志》作牌租阿巴特，《西域同文志》釋：“牌租，天賜之謂；阿巴特，欣幸之詞。”又名巴仁（維吾爾語(yǔ)“伯合熱”一詞的變音，意為兩河之間）。

漢為疏勒國(guó)地。唐代有“迦師城”一名。清屬喀什噶爾辦事大臣管轄。光緒二十八年（1902年）設(shè)伽師縣，以唐代“迦師”為縣名，隸屬疏勒府。光緒三十二年（1906年），伽師縣治由南部的開(kāi)旦木加依遷至巴仁，始為伽師縣政治、經(jīng)濟(jì)、文化的中心。1929年后屬喀什行政區(qū)、喀什督察專區(qū)。1949年后，先后屬喀什專區(qū)、南疆行政區(qū)。1977年劃屬克孜勒蘇柯?tīng)柨俗巫灾沃荩?980年復(fù)歸喀什地區(qū)管轄。

1999年，伽師縣轄2鎮(zhèn)11鄉(xiāng)：巴仁鎮(zhèn)、西克爾庫(kù)勒鎮(zhèn)、鐵日木鄉(xiāng)、英買里鄉(xiāng)、江巴孜鄉(xiāng)、臥里托格拉克鄉(xiāng)、克孜勒博依鄉(xiāng)、米夏鄉(xiāng)、夏普吐勒鄉(xiāng)、和夏阿瓦提鄉(xiāng)、克孜勒蘇鄉(xiāng)、古勒魯克鄉(xiāng)、玉代克力克鄉(xiāng)。年末總?cè)丝?9.5萬(wàn)人，其中漢族8143人，少數(shù)民族286857人，農(nóng)業(yè)人口266342人。

2000年第五次人口普查，伽師縣常住總?cè)丝?11733人，其中：巴仁鎮(zhèn)22381人、西克爾庫(kù)勒鎮(zhèn)1013人、鐵日木鄉(xiāng)12430人、英買里鄉(xiāng)24330人、江巴孜鄉(xiāng)27166人、臥里托格拉克鄉(xiāng)32182人、克孜勒博依鄉(xiāng)35726人、米夏鄉(xiāng)22657人、夏普吐勒鄉(xiāng)25472人、和夏阿瓦提鄉(xiāng)38619人、克孜勒蘇鄉(xiāng)29427人、古勒魯克鄉(xiāng)18625人、玉代克力克鄉(xiāng)11851人、哈里胡其農(nóng)場(chǎng)449人、兵團(tuán)伽師總場(chǎng)虛擬鄉(xiāng) 9405人。

2003年，伽師縣總面積6600.68平方千米，總?cè)丝?27945人。轄2個(gè)鎮(zhèn)、11個(gè)鄉(xiāng)：巴仁鎮(zhèn)、西克爾庫(kù)勒鎮(zhèn)、鐵日木鄉(xiāng)、英買里鄉(xiāng)、江巴孜鄉(xiāng)、臥里托格拉克鄉(xiāng)、克孜勒博依鄉(xiāng)、米夏鄉(xiāng)、夏普吐勒鄉(xiāng)、和夏阿瓦提鄉(xiāng)、克孜勒蘇鄉(xiāng)、古勒魯克鄉(xiāng)、玉代克力克鄉(xiāng)。縣境內(nèi)有農(nóng)三師伽師總場(chǎng)。縣政府駐巴仁鎮(zhèn)。

2010年第六次人口普查，伽師縣常住總?cè)丝?81767人，其中：巴仁鎮(zhèn)33971人，西克爾庫(kù)勒鎮(zhèn)1613人，鐵日木鄉(xiāng)15171人，英買里鄉(xiāng)30135人，江巴孜鄉(xiāng)32704人，臥里托格拉克鄉(xiāng)40963人，克孜勒博依鄉(xiāng)40228人，米夏鄉(xiāng)27000人，夏普吐勒鄉(xiāng)28944人，和夏阿瓦提鄉(xiāng)45047人，克孜勒蘇鄉(xiāng)36040人，古勒魯克鄉(xiāng)22193人，玉代克力克鄉(xiāng)15360人，兵團(tuán)伽師總場(chǎng)12398人。

2014年10月20日，自治區(qū)政府（新政函[2014]183號(hào)）同意撤銷夏普吐勒鄉(xiāng)，設(shè)立夏普吐勒鎮(zhèn)。調(diào)整后，全縣轄3個(gè)鎮(zhèn)、10個(gè)鄉(xiāng)：巴仁鎮(zhèn)、西克爾庫(kù)勒鎮(zhèn)、夏普吐勒鎮(zhèn)、鐵日木鄉(xiāng)、英買里鄉(xiāng)、江巴孜鄉(xiāng)、臥里托格拉克鄉(xiāng)、克孜勒博依鄉(xiāng)、米夏鄉(xiāng)、和夏阿瓦提鄉(xiāng)、克孜勒蘇鄉(xiāng)、古勒魯克鄉(xiāng)、玉代克力克鄉(xiāng)。