縣因縣城所在地兩山夾水，澗水清澈見底而得名。北魏太和十一年（487年）今縣境設朔方縣，后多次更名移址。西魏大統初于今縣西北折家坪附近設綏德郡，大統十二年（546年）置綏德縣為郡治。隋開皇三年（583年）郡廢，隋末縣廢。唐武德二年（619年）復置。貞觀年間筑寬州城。五代時縣廢。

北宋康定元年（1040年）于秀延水東岸寬州舊城筑城（即今址），因秀延水宋時一名清澗水，賜名清澗城。據《寰宇通志》：“宋置為清澗城，取清澗川為名。”金大定二十二年（1182年）于城設清澗縣，屬綏德州【一說，宋康定元年改寬州為青澗（縣），明洪武四年改為清澗縣】。明、清先后隸屬綏德州、延安府。

1914年屬榆林道。1928年直屬省。1935年1月成立清澗縣工農蘇維埃政府。1940年2月成立清澗縣人民政府，屬陜甘寧邊區綏德分區。1950年屬綏德專區。1956年9月屬榆林專區。1958年12月撤銷清澗縣，轄地并入綏德縣，清澗改稱中心鄉。1961年10月復設清澗縣。1969年屬榆林地區。1999年屬榆林市。

1991年，清澗縣面積1841.48平方千米，人口19.3萬人。轄秀延、解家溝、師家園則、高杰村等4鎮14鄉，641個行政村。縣政府駐秀延鎮。

1997年，玉家河鄉改為玉家河鎮，李家塔鄉改為李家塔鎮，店由溝鄉改為店家溝鎮，高杰村鄉改為高杰村鎮。調整后，清澗縣面積1881平方千米，人口20萬人，轄8個鎮、10個鄉：秀延鎮、折家坪鎮、石嘴驛鎮、高杰村鎮、玉家河鎮、解家溝鎮、店則溝鎮、李家塔鎮、師家園則鄉、下廿里鋪鄉、樂堂堡鄉、郝家墕鄉、東拉河鄉、二郎山鄉、寨溝鄉、石盤鄉、老舍窠鄉、雙廟河鄉。

2000年第五次人口普查，清澗縣常住總人口176644人，其中：秀延鎮16590人、石嘴驛鎮12000人、折家坪鎮14832人、玉家河鎮7913人、高杰村鎮10950人、李家塔鎮7528人、店則溝鎮9591人、解家溝鎮7147人、郝家墕鄉6868人、樂堂堡鄉8339人、師家園則鄉22970人、下廿里鋪鄉10268人、雙廟河鄉9938人、老舍窠鄉10267人、東拉河鄉6095人、二郎山鄉5135人、寨溝鄉3571人、石盤鄉6642人。

2001年，秀延鎮、師家園則鄉合并為寬州鎮，撤銷東拉河鄉并入李家塔鎮，撤銷寨溝鄉并入解家溝鎮。2001年底，清澗縣轄8個鎮、7個鄉：寬洲鎮、石嘴驛鎮、折家坪鎮、玉家河鎮、高杰村鎮、李家塔鎮、店則溝鎮、解家溝鎮、郝家墕鄉、樂堂堡鄉、下廿里鋪鄉、雙廟河鄉、老舍窠鄉、二郎山鄉、石盤鄉，以及1個街道辦事處，下設640個行政村、6個居委會。全縣共有59233戶、210315人，其中農業人口19.1萬人，非農業人口1.93萬人。

2003年，清澗縣轄寬州鎮、石嘴驛鎮、折家坪鎮、玉家河鎮、高杰村鎮、李家塔鎮、店則溝鎮、解家溝鎮8個鎮和郝家墕鄉、樂堂堡鄉、下廿里鋪鄉、雙廟河鄉、老舍窠鄉、二郎山鄉、石盤鄉7個鄉，640個行政村、4個社區。

2010年第六次人口普查，清澗縣常住總人口128938人，其中：寬州鎮44963人，石咀驛鎮7341人，折家坪鎮9563人，玉家河鎮5232人，高杰村鎮7611人，李家塔鎮7615人，店則溝鎮5704人，解家溝鎮7024人，郝家墕鄉3842人，樂堂堡鄉5556人，下廿里鋪鄉5547人，雙廟河鄉5139人，老舍窠鄉5446人，二郎山鄉3314人，石盤鄉5041人。

2011年，撤銷二郎山鄉并入解家溝鎮，撤銷郝家墕鄉并入石嘴驛鎮，撤銷樂堂堡鄉并入寬州鎮。調整后，清澗縣轄8個鎮、4個鄉：寬洲鎮、石嘴驛鎮、折家坪鎮、玉家河鎮、高杰村鎮、李家塔鎮、店則溝鎮、解家溝鎮、下廿里鋪鄉、雙廟河鄉、老舍窠鄉、石盤鄉。

2012年末，清澗縣面積1849.5平方千米，戶籍人口220298人，常住人口12.63萬人。2013年末，清澗縣轄8個鎮、4個鄉，共有4個社區、640個行政村，縣政府駐寬州鎮。

2015年，撤銷下廿里鋪鄉、雙廟河鄉，合并設立下廿里鋪鎮；撤銷老舍窠鄉，并入玉家河鎮；撤銷石盤鄉，并入解家溝鎮。調整后，清澗縣轄9個鎮：寬洲鎮、石嘴驛鎮、折家坪鎮、玉家河鎮、高杰村鎮、李家塔鎮、店則溝鎮、解家溝鎮、下廿里鋪鎮。