1994年6月28日，國務院（國函[1994]62號）批準同意撤銷欽州地區(qū)、欽州市，設立地級欽州市。欽州市新設欽北區(qū)、欽南區(qū)。欽南區(qū)轄欽州、沙埠、康熙嶺、尖山、久隆、黃屋屯、東場、犀牛腳、大番坡、龍門港13個鎮(zhèn)，區(qū)人民政府駐欽州鎮(zhèn)。

1996年，欽南區(qū)面積2214平方千米，人口約50萬人。轄13個鎮(zhèn)：欽州鎮(zhèn)、尖山鎮(zhèn)、沙埠鎮(zhèn)、大番坡鎮(zhèn)、久隆鎮(zhèn)、那麗鎮(zhèn)、那彭鎮(zhèn)、那思鎮(zhèn)、東場鎮(zhèn)、犀牛腳鎮(zhèn)、龍門港鎮(zhèn)、黃屋屯鎮(zhèn)、康熙嶺鎮(zhèn)。區(qū)政府駐欽州鎮(zhèn)。

2000年第五次人口普查，欽南區(qū)總人口508922人。其中：向陽街道36761人，水東街道25308人，文峰街道48198人，南珠街道54502人，沙埠鎮(zhèn)26799人，康熙嶺鎮(zhèn)35289人，黃屋屯鎮(zhèn)38997人，尖山鎮(zhèn)19353人，大番坡鎮(zhèn)14304人，龍門港鎮(zhèn)8412人，犀牛腳鎮(zhèn)55985人，久隆鎮(zhèn)28531人，東場鎮(zhèn)14795人，那麗鎮(zhèn)37605人，那彭鎮(zhèn)32178人，那思鎮(zhèn)21406人，欽州港10499人。

2003年，欽南區(qū)轄4個街道、12個鎮(zhèn)：向陽街道、水東街道、文峰街道、南珠街道、沙埠鎮(zhèn)、康熙嶺鎮(zhèn)、黃屋屯鎮(zhèn)、尖山鎮(zhèn)、大番坡鎮(zhèn)、龍門港鎮(zhèn)、犀牛腳鎮(zhèn)、久隆鎮(zhèn)、東場鎮(zhèn)、那麗鎮(zhèn)、那彭鎮(zhèn)、那思鎮(zhèn)。

2012年，廣西壯族自治區(qū)政府（桂政函[2012]75號）批復同意調(diào)整欽州市欽南區(qū)與欽北區(qū)部分行政區(qū)域界線，將欽南區(qū)管轄的向陽街道辦事處沙坡社區(qū)、永福社區(qū)，南珠街道辦事處白水塘社區(qū)、北營社區(qū)，水東街道辦事處小江社區(qū)、山塘社區(qū)劃歸欽北區(qū)管轄。【注：此次調(diào)整是將欽南區(qū)的南珠、向陽、水東等3個街道辦事處中的18073戶56021人劃歸欽北區(qū)管轄（以子材大街為界）。調(diào)整后，欽州市政府所在地屬于欽北區(qū)】