明嘉靖四十二年（1563年）析潮陽縣西境洋烏、氵戎水、黃坑三個都置普寧縣，取“普遍寧謐”之意，屬潮州府。1914年11月，普寧縣歸潮循道管轄。1925年11月屬東江行政委員公署。1936年11月屬第五區行政公署，析普寧大南山區41個村設南山管理局。1949年屬第七區行政公署，5月將普寧縣的許溪、白村二村劃歸揭陽縣管轄。

1949年7月，普寧縣人民政府在流沙鎮成立，屬潮汕專署。1952年，普寧縣駐地由洪陽遷至流沙鎮。1953年屬粵東行政行署。1958年屬汕頭專區（后改汕頭地區）。1959年3月惠來縣并入普寧縣，1961年10月原惠來縣行政區劃出恢復惠來縣。1983年7月，劃歸汕頭市管轄。1991年12月，劃歸揭陽市管轄。1993年4月撤縣改設普寧市（縣級），由廣東省直轄，揭陽市代管。

置縣初，縣衙設于氵戎水都貴嶼南安、北林境內。明萬歷十年，洋烏、氵戎水2都劃歸潮陽。萬歷十四年 縣治從貴嶼遷于厚嶼（今洪陽鎮）。清雍正十年，潮陽縣氵戎水都170個村、貴山都西半部93個村以及洋烏都尾段45個村劃歸普寧縣，連同原黃坑都357村，普寧縣轄地約1052.25平方千米。

1950年3月，惠來縣的南陽山區505個村、陸豐縣的大坪鄉以及揭陽縣的九斗、烏石村劃歸普寧縣。1950年6月，普寧縣的石橋頭西鄉、大長隴的軍埠村劃歸潮陽縣的陳店區管轄，南安鄉劃歸潮陽縣的貴嶼區管轄；普寧縣的考溪、日路2個村和棉湖東關橋等劃歸揭陽縣。1958年5月，潮陽縣的大長隴鄉（除山柄村外）和石船鄉的碗仔、白馬戈、龍潭、下洋、白馬溪嶺尾、百吉嶺、木古潭、望嶺等村和陳店鄉的石港、浮嶼村劃歸普寧縣管轄。1975年2月，普寧縣的貢山、四鄉、湖西3個生產大隊劃歸揭西縣管轄。

1996年，普寧市面積1620平方千米，總人口155萬人，有旅外僑胞127萬多人。轄22鎮3鄉：流沙鎮、池尾鎮、大南山鎮、燎原鎮、占隴鎮、軍埠鎮、下架山鎮、南徑鎮、麒麟鎮、南溪鎮、廣太鎮、洪陽鎮、赤崗鎮、大壩鎮、梅塘鎮、里湖鎮、石牌鎮、梅林鎮、船埔鎮、大坪鎮、高埔鎮、云落鎮、南陽鄉、黃沙鄉、后溪鄉。市政府駐流沙鎮。

1999年，普寧市轄22鎮3鄉（流沙鎮、赤崗鎮、大壩鎮、洪陽鎮、南溪鎮、廣太鎮、麒麟鎮、南徑鎮、占隴鎮、軍埠鎮、下架山鎮、大南山鎮、高埠鎮、云落鎮、大坪鎮、船埔鎮、梅林鎮、汕尾鎮、里湖鎮、石牌鎮、梅塘鎮、燎原鎮、魚后溪鄉、南陽鄉、黃沙鄉）；普寧華僑管理區轄2辦事處（僑新辦事處、僑東辦事處）。

2000年第五次人口普查，普寧市常住總人口1856402人，其中：流沙鎮320074人、赤崗鎮45367人、大壩鎮86669人、洪陽鎮125489人、南溪鎮95616人、廣太鎮47998人、麒麟鎮82719人、南徑鎮114743人、占隴鎮146351人、軍埠鎮86133人、下架山鎮77928人、大南山鎮26705人、高埔鎮51520人、云落鎮48933人、大坪鎮24905人、船埔鎮32966人、梅林鎮37008人、池尾鎮67878人、里湖鎮71339人、石牌鎮15768人、梅塘鎮116508人、燎原鎮72058人、后溪鄉10179人、南陽鄉17933人、黃沙鄉5055人、馬鞍山農場6561人、普寧華僑管理區10547人、大池農場5968人、大坪農場5484人。

2000年12月5日，正式撤銷流沙鎮，分設為流沙東、流沙西、流沙南、流沙北4個街道。2002年，撤池尾鎮，設池尾街道。

2002年，普寧市轄5個街道（流沙東、流沙西、流沙南、流沙北、池尾）、20個鎮（赤崗、大壩、洪陽、南溪、廣大、麒麟、南徑、占隴、軍埠、高埔、云落、大坪、船埔、梅林、里湖、石牌、梅塘、燎原、大南山　下架山）、3個鄉（鮜溪、南陽、黃沙）。

2003年12月，撤銷黃沙鄉，將其行政區域并入船埔鎮；撤銷南陽鄉，將其行政區域并入梅林鎮；撤銷石牌鎮，將其行政區域并入里湖鎮。

普寧市現轄5個街道（流沙東、流沙西、流沙南、流沙北、池尾）、19個鎮（赤崗、大壩、洪陽、南溪、廣太、麒麟、南徑、占隴、軍埠、高埔、云落、大坪、船埔、梅林、里湖、梅塘、燎原、大南山、下架山）、1個鄉（鮜溪）。

2009年末，普寧市面積1620平方千米，轄5個街道、19個鎮、1個鄉，47個居委會、523個行政村。市政府駐流沙北街道流沙大道西46號。

2010年第六次人口普查，普寧市常住總人口2055552人，其中：流沙東街道108448人，流沙南街道78806人，流沙西街道130606人，流沙北街道103676人，池尾街道79189人，赤崗鎮47477人，大壩鎮89469人，洪陽鎮144288人，南溪鎮97747人，廣太鎮49114人，麒麟鎮99798人，南徑鎮112005人，占隴鎮161439人，軍埠鎮104599人，下架山鎮83822人，大南山鎮35343人，高埔鎮53925人，云落鎮47109人，大坪鎮23896人，船埔鎮38580人，梅林鎮51117人，里湖鎮80664人，梅塘鎮116059人，燎原鎮72234人，后溪鄉10146人，大池農場6285人，馬鞍山農場6864人，大坪農場6396人，普僑區9912人，三坑農場337人，烏石農場3143人，科技工業園3059人。

2012年末，普寧市面積1620平方千米。戶籍人口237.28萬人，常住人口207.29萬人。轄5個街道、19個鎮、1個鄉和3個國營農場。

2013年，《廣東省民政廳關于同意普寧市燎原鎮大南山鎮撤鎮設立街道辦事處的批復》（粵民區[2013]5號）同意撤銷燎原鎮、大南山鎮，設立燎原街道、大南山街道。4月28日正式實施。調整后，普寧市區由原來的5個街道增加到7個街道，面積從103.85平方千米增加到227.35平方千米，人口從45.5萬人增加到57.7萬人。