隋大業初置全椒縣，屬揚州，唐屬滁州。據王逸《楚辭注》：“土高曰丘，四墮曰椒”。“山椒，山頂也。”據《清一統志》：覆釜山“在全椒縣治北，形如覆釜，故名。城跨其上，為縣治主山。”縣治在山上，因名全椒。
　　1949年屬滁縣專區，1956年改屬蚌埠專區，1961年復屬滁縣專區，1992年為滁州市轄縣。

　　1997年，全椒縣面積1568平方千米，人口43.1萬，轄7個鎮、10個鄉：襄河鎮、古河鎮、馬廠鎮、武崗鎮、大墅鎮、石沛鎮、二郎口鎮、陳淺鄉、十字鄉、周崗鄉、管壩鄉、復興鄉、草庵鄉、小集鄉、章輝鄉、西王鄉、程家市鄉。縣政府駐襄河鎮。
　　2000年第五次人口普查，全縣總人口413220人，其中：襄河鎮57090人、古河鎮19878人、大墅鎮13888人、二郎口鎮19175人、武崗鎮8420人、馬廠鎮14877人、石沛鎮9984人、章輝鎮11879人、西王鎮7335人、六鎮鎮13012人、程家市鄉10050人、草庵鄉9069人、管壩鄉7846人、周崗鄉3992人、復興鄉5437人、十字鄉10472人、陳淺鄉10548人、赤鎮未批鄉10707人、新興未批鄉8587人、石溪未批鄉7824人、黃集未批鄉6961人、蔡集未批鄉6642人、卜集未批鄉9171人、東王未批鄉7850人、官渡未批鄉5447人、中心未批鄉6845人、白酒未批鄉10654人、南屏未批鄉21984人、隆興未批鄉6792人、孤山未批鄉3898人、三合未批鄉6208人、黃庵未批鄉9318人、黃粟樹未批鄉7192人、八波未批鄉10565人、譚墩未批鄉6422人、界首未批鄉7145人、城東未批鄉20056人。
　　2004年底，全椒縣轄10個鎮、7個鄉：襄河鎮、古河鎮、大墅鎮、二郎口鎮、武崗鎮、馬廠鎮、石沛鎮、章輝鎮、西王鎮、六鎮鎮、程家市鄉、草庵鄉、管壩鄉、周崗鄉、復興鄉、十字鄉、陳淺鄉。
　　2007年，全椒縣鄉鎮行政區劃進行調整：保留襄河鎮、古河鎮和武崗鎮三個鄉鎮；撤銷原十字鄉、陳淺鄉、周崗鄉、石沛鎮、馬廠鎮、大墅鎮、西王鎮、管壩鄉、章輝鎮、程家市鄉、二郎口鎮、復興鄉、六鎮鎮、草庵鄉十四個鄉鎮；新設十字鎮（由原十字鄉、陳淺鄉合并設立）、六鎮鎮、二郎口鎮、大墅鎮、馬廠鎮、西王鎮、石沛鎮七個鎮。