春秋屬魯。秦置愛戚城，屬碭郡。東漢廢愛戚城，置金鄉(xiāng)縣，治今城南17千米阿城鋪，屬山陽郡。三國魏因之。金皇統(tǒng)七年（1147）析任城、巨野置嘉祥縣。相傳春秋時期魯哀公西取狩獵獲一麒麟，取嘉美祥瑞之意，而得“嘉祥”之名。初治山口鎮(zhèn)（今城西12千米酒莊）。大定十五年徙至今治。

元屬濟(jì)寧路總管府，明屬山東布政使司濟(jì)寧州。清屬濟(jì)寧直隸州。1914年屬濟(jì)寧道，1925年屬兗濟(jì)道，1936年屬山東省第一行政督察署。1946年屬冀魯豫行署第七專區(qū)，1949年屬平原省湖西專區(qū)，1952年平原省撤銷后，劃入山東省濟(jì)寧專區(qū)。1958年劃為嘉祥市和鄆城、巨野、金鄉(xiāng)三縣。1963年復(fù)置，屬濟(jì)寧地區(qū)。1983年屬濟(jì)寧市。

1990年1月1日，嘉祥縣的核桃園鄉(xiāng)劃歸巨野縣管轄。1997年1月29日，大山頭鎮(zhèn)更名為臥龍山鎮(zhèn)（魯政函民字[1997]5號）。至此，嘉樣縣面積973平方千米，人口約70.4萬人。轄5個鎮(zhèn)、13個鄉(xiāng)：嘉祥鎮(zhèn)、臥龍山鎮(zhèn)、梁寶寺鎮(zhèn)、紙坊鎮(zhèn)、疃里鎮(zhèn)、黃垓鄉(xiāng)、桐莊鄉(xiāng)、老僧堂鄉(xiāng)、紅運鄉(xiāng)、大張樓鄉(xiāng)、馬村鄉(xiāng)、孟姑集鄉(xiāng)、萬張鄉(xiāng)、新挑河鄉(xiāng)、仲山鄉(xiāng)、馬集鄉(xiāng)、王堌堆鄉(xiāng)、滿硐鄉(xiāng)。縣政府駐嘉祥鎮(zhèn)。

1997年6月10日，撤銷馬村鄉(xiāng)，設(shè)立馬村鎮(zhèn)（魯政函民字[1997]27號）。1999年7月23日，撤銷王固堆鄉(xiāng)，設(shè)立金屯鎮(zhèn)（魯政函民字[1999]19號）。至此，嘉樣縣轄7個鎮(zhèn)、11個鄉(xiāng)。

2000年第五次人口普查，嘉樣縣總?cè)丝?61086人，其中：嘉祥鎮(zhèn)88053人，紙坊鎮(zhèn)73946人，臥龍山鎮(zhèn)61330人，梁寶寺鎮(zhèn)48327人，疃里鎮(zhèn)57395人，馬村鎮(zhèn)40227人，金屯鎮(zhèn)58347人，新挑河鄉(xiāng)24332人，馬集鄉(xiāng)35503人，滿硐鄉(xiāng)30383人，仲山鄉(xiāng)54896人，孟姑集鄉(xiāng)36090人，老僧堂鄉(xiāng)38365人，黃垓鄉(xiāng)30465人，桐莊鄉(xiāng)10824人，紅運鄉(xiāng)13394人，大張樓鄉(xiāng)20916人，萬張鄉(xiāng)38293人。

2000年12月1日，山東省政府（魯政函民字[2000]70號）批準(zhǔn)：撤銷桐莊鄉(xiāng)，將其行政區(qū)域并入梁寶寺鎮(zhèn)；撤銷新挑河鄉(xiāng)，將其行政區(qū)域并入嘉祥鎮(zhèn)；撤銷大張樓鄉(xiāng)、紅運鄉(xiāng)，合并設(shè)立大張樓鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐原大張樓鄉(xiāng)政府駐地。至此，嘉樣縣轄8個鎮(zhèn)、7個鄉(xiāng)：嘉祥鎮(zhèn)、紙坊鎮(zhèn)、臥龍山鎮(zhèn)、梁寶寺鎮(zhèn)、疃里鎮(zhèn)、馬村鎮(zhèn)、金屯鎮(zhèn)、大張樓鎮(zhèn)、馬集鄉(xiāng)、滿硐鄉(xiāng)、仲山鄉(xiāng)、盂姑集鄉(xiāng)、老僧堂鄉(xiāng)、黃垓鄉(xiāng)、萬張鄉(xiāng)。

嘉樣縣總面積968平方千米，總?cè)丝?92083人，轄8個鎮(zhèn)、7個鄉(xiāng)，5個居委會、709個村委會，762個自然村。（根據(jù)“濟(jì)寧地名網(wǎng)”，估計為2004年統(tǒng)計數(shù)據(jù)）

2007年底，全縣總面積973平方千米。總?cè)丝?9.44萬人，其中城鎮(zhèn)人口13.85萬人。有少數(shù)民族28個，2209人。轄8個鎮(zhèn)、7個鄉(xiāng)：嘉祥鎮(zhèn)、紙坊鎮(zhèn)、梁寶寺鎮(zhèn)、臥龍山鎮(zhèn)、疃里鎮(zhèn)、馬村鎮(zhèn)、金屯鎮(zhèn)、大張樓鎮(zhèn)、老僧堂鄉(xiāng)、黃垓鄉(xiāng)、萬張鄉(xiāng)、馬集鄉(xiāng)、滿硐鄉(xiāng)、仲山鄉(xiāng)、孟姑集鄉(xiāng)。共有714個行政村。

2008年，經(jīng)省政府批準(zhǔn)，將嘉祥鎮(zhèn)30個村劃歸疃里鎮(zhèn)。2010年，撤銷嘉祥鎮(zhèn)，設(shè)立嘉祥街道。2011年，撤銷馬集鄉(xiāng)，設(shè)立馬集鎮(zhèn)。調(diào)整后，全縣轄1個街道、8個鎮(zhèn)、6個鄉(xiāng)：嘉祥街道、紙坊鎮(zhèn)、梁寶寺鎮(zhèn)、臥龍山鎮(zhèn)、疃里鎮(zhèn)、馬村鎮(zhèn)、金屯鎮(zhèn)、大張樓鎮(zhèn)、馬集鎮(zhèn)、老僧堂鄉(xiāng)、黃垓鄉(xiāng)、萬張鄉(xiāng)、滿硐鄉(xiāng)、仲山鄉(xiāng)、孟姑集鄉(xiāng)。縣政府駐嘉祥街道。

2013年1月，《山東省人民政府關(guān)于同意調(diào)整嘉祥縣部分行政區(qū)劃的批復(fù)》（魯政函民字[2013]4號）同意撤銷老僧堂鄉(xiāng)，以其原行政區(qū)域設(shè)立老僧堂鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐原老僧堂鄉(xiāng)政府駐地；撤銷仲山鄉(xiāng)，以其原行政區(qū)域設(shè)立仲山鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐原仲山鄉(xiāng)政府駐地（1月15日 濟(jì)政字[2013]16號）。12月，《山東省人民政府關(guān)于同意調(diào)整嘉祥縣部分行政區(qū)劃的批復(fù)》（魯政函民字[2013]46號）同意撤銷臥龍山鎮(zhèn)，以其原行政區(qū)域設(shè)立臥龍山街道辦事處，街道辦事處機(jī)關(guān)駐原臥龍山鎮(zhèn)政府駐地（12月20日 濟(jì)政字[2013]111號）。

全縣現(xiàn)轄2個街道、9個鎮(zhèn)、4個鄉(xiāng)：嘉祥街道、臥龍山街道、紙坊鎮(zhèn)、梁寶寺鎮(zhèn)、疃里鎮(zhèn)、馬村鎮(zhèn)、金屯鎮(zhèn)、大張樓鎮(zhèn)、馬集鎮(zhèn)、老僧堂鎮(zhèn)、仲山鎮(zhèn)、黃垓鄉(xiāng)、萬張鄉(xiāng)、滿硐鄉(xiāng)、孟姑集鄉(xiāng)。其中，疃里鎮(zhèn)以及馬集鎮(zhèn)東部，金屯鎮(zhèn)新機(jī)場路北區(qū)域（空港區(qū)）由濟(jì)寧經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)和商貿(mào)物流園區(qū)管理。