南唐保大八年（950年），析廬陵縣水東11鄉置吉水縣，因境內吉水得名。蓋贛江和恩江在縣境交匯，中有沙洲，狀若“吉”字。另據《太平寰宇記》：“吉永水在縣東北十里，源出永安鄉，北會于贛水。”
　　宋雍熙元年（984年），析廬陵地置吉水縣。至和二年（1055年），析吉水縣置永豐縣，以永豐鄉得名，皆屬吉州。元元貞元年（1295年）升州，屬吉安路。明復降為縣，屬吉安府。清屬吉安府。
　　北洋政府時期，吉水縣屬廬陵道。國民政府時期，1932年屬第九行政區，1939年屬第三行政區。解放后先后屬屬吉安專區、井岡山地區（1968年5月）、吉安地區（1979年7月）、地級吉安市（2000年）。

　　1979年，白水公社并入白水墾殖場（贛革發[1979]148號）。1986年2月15日，撤銷埠田鄉、水南鄉、八都鄉，設置埠田鎮、水南鎮、八都鎮（贛府廳字[1986]64號批復）。1993年，撤銷白沙鄉、白水鄉、金灘鄉、楓江鄉，設立白沙鎮、白水鎮、金灘鎮、楓江鎮（贛民字[1993]53號批復）。1997年，全縣面積2709平方千米，人口46萬，轄8鎮16鄉，縣政府駐文峰鎮。
　　1999年12月6日，撤銷醪橋鄉、烏江鄉、丁江鄉、雙村鄉、富灘鄉、盤谷鄉，設立醪橋鎮、烏江鎮、丁江鎮、雙村鎮、富灘鎮、盤谷鎮（贛民字[1999]260號批復）。2000年5月11日，將吉水縣富灘鎮劃歸青原區（國函[2000]40號批復）。2000年6月27日，撤銷住歧鄉，劃歸八都鎮（贛民字[2000]146號批復）。至此，全縣轄13個鎮、9個鄉。
　　2000年第五次人口普查，全縣總人口437081人；其中：文峰鎮66169人、阜田鎮35354人、楓江鎮32870人、盤谷鎮27206人、金灘鎮30056人、八都鎮33832人、雙村鎮9978人、醪橋鎮19624人、白沙鎮17936人、白水鎮11064人、丁江鎮12002人、烏江鎮19269人、水南鎮20096人、尚賢鄉20283人、黃橋鄉17910人、西沙鄉7587人、水田鄉13038人、新和鄉8085人、螺田鄉11508人、冠山鄉8828人、邱陂鄉6274人、葛山鄉8112人。
　　2001年12月3日，撤銷葛山鄉，劃歸文峰鎮，鎮政府駐地遷至水南背；撤銷邱陂鄉，劃歸水南鎮，鎮政府駐地遷至水北；撤銷西沙鄉、黃橋鄉，合并設立黃橋鎮；撤銷新和鄉（除莊口、長埠行政村）、螺田鄉，合并設立螺田鎮；莊口、長埠行政村劃歸白沙鎮（贛民字[2001]569號批復）。
　　2002年底，吉水縣轄15個鎮、3個鄉，17個居委會、314個行政村。2003年底，全縣總人口47.1萬人。2005年末總人口47.91萬人，其中城鎮人口11.87萬人。