古藺得名：（一）藺境為唐代羈縻藺州地。藺州盛產藺草（燈心草），唐宋之世地無珍重，每歲土人以草織花席，故名。（二）“古藺”與“永寧”同義。民國余達父《且蘭考》：“按藺即寧之轉。”

漢代以前為西南夷城，屬夜郎國地。唐元和元年（806年）于納州以南至赤水河中上游北岸置羈縻藺州。約于同一時期，彝族扯勒部落二十七世不結布歹，在柏雅妥洪襲君長（首領，彝稱）職，屬劍南道瀘州。宋代，東北部為合江縣地，南部為羅氏鬼國地（今貴州大方縣域）。元屬永寧宣撫司。明洪武四年（1377年）置永樂衛，二十三年置白撒（今白沙）千戶所，衛所隸貴州都司，天啟三年（1630年）置敘用善后廳后改為敘用軍糧廳。

清雍正九年（1731年）置古藺巡檢司于古藺州隸敘永廳，置赤水分縣于赤水河，隸永寧縣。光緒三十四年（1908年）遷永寧縣于古藺場。古藺巡檢司遷至西河口（今丹桂鎮所），廢古藺巡檢司。宣統元年（1909年）改永寧縣為古藺縣（以古為藺州地得名，一說以境內藺草叢生得名）隸永寧直隸州，此為古藺建縣之始。民國19年隸四川省政府，21年裁赤水分縣隸四川第七行政督察區。

1949年12月10日，古藺解放，隸川南行政區瀘州專員公署。1960年改隸瀘州專區，1985年劃歸瀘州市轄至今。解放前，全縣總幅員面積4104.9平方千米。解放后，從1950—1983年3次將西北及西南的墩梓，石壩、摩尼等區共721.6平方千米地域劃屬敘永縣。至此，全縣幅員面積為3183.5平方千米。

解放初期，為適應土地改革，縮小區劃范圍，1953年全縣設16個區6個鎮162個鄉。后幾經調整，1958年改鄉為公社，1984年復改公社為鄉，全縣轄10個區、1個直屬鎮，72個鄉、1個區轄鎮。

1987年經省政府批準大村區所屬的復陶、二郎、新華三個鄉合并組建二郎鎮，將箭竹、烏龍、大寨、馬嘶4個鄉（馬嘶鄉從建新劃入部分地域）改建為苗族鄉。1992年撤區并鄉建鎮，將全縣組建為12個鎮17個鄉（其中4個苗族鄉）。

1996年，古藺縣面積3181平方千米，人口70.8萬人，轄12個鎮、17個鄉（包括4個民族鄉）：古藺鎮、二郎鎮、大村鎮、太平鎮、永樂鎮、石寶鎮、龍山鎮、丹桂鎮、水口鎮、雙沙鎮、觀文鎮、德躍鎮、玉田鄉、石屏鄉、大寨苗族鄉、土城鄉、東新鄉、烏龍苗族鄉、白泥鄉、馬嘶苗族鄉、馬蹄鄉、金星鄉、護家鄉、魚化鄉、桂花鄉、黃荊鄉、箭竹苗族鄉、建新鄉、椒園鄉。縣政府駐古藺鎮，距市政府173千米。（614個行政村、22個居委會，4558個村民小組）

2000年第五次人口普查，古藺縣總人口693792人，其中：古藺鎮82209人，龍山鎮27046人，永樂鎮39010人，太平鎮32505人，二郎鎮41521人，大村鎮23978人，石寶鎮42596人，丹桂鎮34655人，水口鎮34872人，觀文鎮25289人，雙沙鎮41302人，德躍鎮17256人，玉田鄉15855人，護家鄉18933人，魚化鄉22359人，石屏鄉29589人，東新鄉20170人，土城鄉21072人，金星鄉34982人，白泥鄉10759人，椒園鄉15174人，馬嘶苗族鄉5721人，建新鄉6846人，馬蹄鄉16492人，箭竹苗族鄉9640人，烏龍苗族鄉4062人，大寨苗族鄉5388人，桂花鄉10133人，黃荊鄉4378人。

2002年末，全縣總面積3182.3平方千米，轄29個鄉鎮，其中苗族鄉4個，共有614個村、16個居委會（社區），4558個村民小組。總人口740840人。境內共13個民族，其中漢族人口占96%。

2003年末，全縣總面積3182.3平方千米，總人口748245人。轄12個鎮、17個鄉（其中4個民族鄉），614個村委會、16個居委會（社區）（其中城市社區3個），4558個村民小組。

2004年，全縣由原來的614個行政村調整為269個行政村，23個居委會調整為16個社區。村建制調整后，1000人以下的村有1個，1001至2000人的村有44個，2001至3000人的村有137個，4000人以上的村有24個。有的鄉僅管轄2—3個行政村。

2004年末，古藺縣總面積3182.3平方千米（實控3183.5平方千米），總人口801544人。轄12個鎮（古藺、太平、二郎、德躍、雙沙、丹桂、永樂、龍山、大村、石寶、觀文、水口）、13個鄉（金星、玉田、馬蹄、建新、土城、魚化、護家、椒園、黃荊、白泥、石屏、桂花、東興）、4個民族鄉（馬嘶苗族、箭竹苗族、大寨苗族、烏龍苗族），269個村委會、16個居委會（社區）（其中城市社區3個），4558個村民小組。

2006年8月8日，省政府（川府民政[2006]44號）批復同意古藺縣調整鄉鎮行政區劃。調整后，古藺縣轄26個鄉鎮（其中12個鎮，14個鄉）。具體批復如下：　一、撤銷玉田、建新2個鄉和烏龍苗族鄉。　二、擴大7個鄉鎮的行政區域。　將原玉田鄉所屬行政區域并入古藺鎮。古藺鎮政府駐勝藺街67號。　將原烏龍苗族鄉樂園村和前豐村的1、2、6、7、8組所屬行政區域并入箭竹苗族鄉。箭竹苗族鄉政府駐箭竹坪。　將原烏龍苗族鄉前豐村的3、4、5組所屬行政區域并入大寨苗族鄉。大寨苗族鄉政府駐慶豐園。　將原建新鄉的柳溝和茶園2個村所屬行政區域并入馬嘶苗族鄉。馬嘶苗族鄉政府駐養馬嘶。　將原建新鄉的環路和蘭花2個村所屬行政區域并入馬蹄鄉。馬蹄鄉政府駐馬蹄灘。　將椒園鄉和平村的6、7組所屬行政區域并入觀文鎮。觀文鎮政府駐復興村。　將觀文鎮建設村的5、6組所屬行政區域并入護家鄉。護家鄉政府駐護家街。

2006年末，全縣總面積3182.3平方千米，總人口813570人。轄12個鎮、14個鄉（其中3個民族鄉）：古藺鎮、龍山鎮、永樂鎮、太平鎮、二郎鎮、大村鎮、石寶鎮、丹桂鎮、水口鎮、觀文鎮、雙沙鎮、德躍鎮、護家鄉、魚化鄉、石屏鄉、東興鄉、土城鄉、金星鄉、白泥鄉、椒園鄉、馬嘶苗族鄉、馬蹄鄉、箭竹苗族鄉、大寨苗族鄉、桂花鄉、黃荊鄉，共有269個行政村、16個社區。（《瀘州年鑒2007》）

2010年第六次人口普查，古藺縣常住總人口713083人，其中：古藺鎮116527人，龍山鎮23852人，永樂鎮31699人，太平鎮31258人，二郎鎮39951人，大村鎮22968人，石寶鎮43603人，丹桂鎮34501人，水口鎮37714人，觀文鎮27528人，雙沙鎮38672人，德躍鎮15754人，護家鄉18212人，魚化鄉24209人，石屏鄉30701人，東新鄉18669人，土城鄉23344人，金星鄉37443人，白泥鄉12819人，椒園鄉20561人，馬嘶苗族鄉9990人，馬蹄鄉21859人，箭竹苗族鄉12956人，大寨苗族鄉5400人，桂花鄉9101人，黃荊鄉3792人。

2013年末，全縣面積3185.05平方千米，人口85.91萬人，轄12個鎮、14個鄉（其中3個民族鄉），22個社區、269個行政村。（《瀘州年鑒2014》）

2015年，撤銷石屏鄉、護家鄉、土城鄉、金星鄉，設立石屏鎮、護家鎮、土城鎮、皇華鎮。調整后，全縣轄16個鎮、10個鄉（其中3個民族鄉）。