英吉沙，系維吾爾語，意為“新城”。清《西域圖志》作英噶薩爾。自古就是葉爾羌與喀什噶爾間的重鎮，清代設軍臺于此。乾隆二十四年（1759）平定大、小和卓木叛亂后，定名英吉沙爾。

漢為疏勒國地。清乾隆三十一年（1766年）設英吉沙爾領隊大臣，隸屬喀什噶爾道參贊大臣。光緒九年（1883年）置英吉沙爾直隸廳，分東、西、南、北四鄉，隸屬喀什噶爾道。民國2年（1913年）改為英吉沙縣。1929年后屬喀什行政區、喀什督察專區。1949年以來屬喀什專區、南疆行政區，1958年后屬喀什專區、喀什地區。

1999年末，英吉沙縣總人口21.34萬人，其中少數民族20.97萬人，農村人口16.6萬人。轄1個鎮、13個鄉：英吉沙鎮、城關鄉、芒辛鄉、薩罕鄉、托普魯克鄉、英也爾鄉、色提力鄉、克孜勒鄉、蘇蓋提鄉、龍甫鄉、喬勒潘鄉、烏恰鄉、艾古斯鄉、依格孜也爾鄉。

2000年第五次人口普查，英吉沙縣常住總人口213338人，其中：英吉沙鎮22510人、城關鄉14578人、喬勒潘鄉 9722人、龍甫鄉6120人、芒辛鄉21603人、色提力鄉7790人、薩罕鄉23338人、英也爾鄉10654人、克孜勒鄉19616人、托普魯克鄉10689人、蘇蓋提鄉19680人、烏恰鄉33406人、艾古斯鄉8459人、依格孜也爾鄉4156人、兵團東風農場1017人。

2003年，英吉沙縣總面積3420.9平方千米，總人口229166人。轄1鎮13鄉：英吉沙鎮、城關鄉、喬勒潘鄉、芒辛鄉、烏恰鄉、蘇蓋提鄉、托普魯克鄉、克孜勒鄉、艾古斯鄉、龍甫鄉、薩罕鄉、英也爾鄉、色提力鄉、依格孜也爾鄉。縣政府駐英吉沙鎮。

2010年第六次人口普查，英吉沙縣常住總人口262067人，其中：城鎮31113人，城關鄉13058人，喬勒潘鄉11848人，龍甫鄉6882人，芒辛鄉25746人，色提力鄉10424人，薩罕鄉30029人，英也爾鄉12593人，克孜勒鄉24772人，托普魯克鄉13860人，蘇蓋提鄉23280人，烏恰鄉42385人，艾古斯鄉9371人，依格孜也爾鄉5114人，兵團東風農場1592人。