因縣城選定在原英吉沙縣六區阿克托巴什，由此得名。但正式定名為阿克陶。阿克托，維吾爾語意為“白旗”，古代居民在村落附近有插掛白旗習俗而得名�，F阿克陶通常按柯爾克孜語解釋為“白山”，因境有白色雪峰得名。

西漢神爵二年（公元前60年），漢王朝設西域都護府，阿克陶屬其管轄，清代屬英吉沙爾直隸廳。《鄉土志》稱阿克托八柵，《新疆圖志》作阿克土，為英吉沙爾北鄉回莊。1954年由英吉沙縣、疏附縣、烏恰縣、塔什庫爾干塔吉克自治縣部分區鄉析建阿克陶縣。

1984年置阿克陶鎮。

1997年，阿克陶縣轄2個鎮、11個鄉：阿克陶鎮、奧依塔克鎮、玉麥鄉、皮拉勒鄉、巴仁鄉、加馬鐵熱克鄉、喀熱開其克鄉、布倫口鄉、木吉鄉、克孜勒陶鄉、恰爾隆鄉、庫斯拉甫鄉、塔爾塔吉克族鄉�？h政府駐阿克陶鎮。

2000年第五次人口普查，阿克陶縣常住總人口163024人，其中：阿克陶鎮25711人、奧依塔克鎮4315人、玉麥鄉22062人、皮拉力鄉34498人、巴仁鄉25103人、喀熱開其克鄉4259人、加馬鐵力克鄉 9591人、木吉鄉3283人、布侖口鄉5490人、克孜勒陶鄉7427人、恰爾隆鄉4089人、庫斯拉甫鄉2997人、塔爾鄉3159人、多來提布拉克種羊場5171人、阿克達拉牧場2452人、原種場515人、托爾塔依農場2902人。

2003年，全縣總面積24555.06平方千米，總人口172031人。轄2鎮、11鄉：阿克陶鎮、奧依塔克鎮，玉麥鄉、皮拉勒鄉、巴仁鄉、加馬鐵熱克鄉、喀熱開其克鄉、布倫口鄉、木吉鄉、克孜勒陶鄉、恰爾隆鄉、庫斯拉甫鄉和塔爾塔吉克族鄉。縣政府駐阿克陶鎮。

2010年第六次人口普查，阿克陶縣常住總人口199065人，其中：阿克陶鎮36270人，奧依塔克鎮4520人，玉麥鄉25832人，皮拉力鄉43228人，巴仁鄉32909人，喀熱克其克鄉5299人，加馬鐵力克鄉10311人，木吉鄉3892人，布倫口鄉6922人，克孜勒陶鄉9259人，恰爾隆鄉4823人，庫斯拉甫鄉3542人，塔爾鄉5059人，托爾塔依農場3827人，阿克達拉牧場2527人，原種場602人，克孜勒蘇柯爾克孜自治州林場36人，苗圃207人。