縣西有高秀山，高立千丈，丹崖翠壁，秀色如畫，縣以此名。秦屬黔中郡五溪地，兩漢為巴郡涪陵縣和武陵郡遷陵縣地，三國蜀漢屬武陵郡酉陽縣，唐屬思州務川縣。北宋始置平茶洞土知府，南宋又置邑梅洞、石耶洞土知府，隸羈縻思州。元、明改土知府為長官司，清乾隆元年（1736年）廢境內土司，置秀山縣，屬酉陽直隸州。
民國初屬東川道，1950年屬酉陽專區(qū)，1952年屬涪陵專區(qū)，1983年改秀山土家族苗族自治縣，1988年屬黔江地區(qū)。1997年隨黔江地區(qū)改屬重慶直轄市管轄；同年撤銷黔江地區(qū)，設立重慶市黔江開發(fā)區(qū)，代管石柱、秀山、酉陽、黔江、彭水5個自治縣。2000年6月，撤銷黔江開發(fā)區(qū)，秀山縣改由重慶市直管。
1996年，秀山土家族苗族自治縣面積2450.3平方千米，人口約55.5萬人，其中土家族、苗族約31.2萬人，轄3鎮(zhèn)46鄉(xiāng)。縣政府駐中和鎮(zhèn)。
2000年，秀山土家族苗族自治縣轄中和、平凱、清溪場、石耶、洪安、石堤、龍池、溶溪、梅江9個鎮(zhèn)和蓮花、涌圖、肖塘、官莊、紅巖、迎鳳、岑溪、中平、官橋、官舟、峨溶、龍貢、平馬、雅江、海洋、大溪、保安、里仁、美萃、妙泉、宋農、涌洞、干川、川河、茅坡、膏田、玉屏、溪口、三合場、美沙、龍鳳、塘坳、峻嶺、孝溪、吏目、鐘靈、中溪、蘭橋、巴家、晏龍40個鄉(xiāng)。
2000年第五次人口普查，秀山土家族苗族自治縣常住總人口507522人，其中：中和鎮(zhèn)37076人、平凱鎮(zhèn)12001人、石耶鎮(zhèn)9021人、洪安鎮(zhèn)12655人、石堤鎮(zhèn)8893人、龍池鎮(zhèn)15490人、溶溪鎮(zhèn)16385人、清溪場鎮(zhèn)12999人、梅江鎮(zhèn)13987人、官莊鄉(xiāng)14544人、蓮花鄉(xiāng)16402人、涌圖鄉(xiāng)17939人、迎鳳鄉(xiāng)10761人、紅巖鄉(xiāng)8793人、肖塘鄉(xiāng)7815人、中平鄉(xiāng)7518人、官橋鄉(xiāng)8433人、官舟鄉(xiāng)8367人、岑溪鄉(xiāng)7473人、龍貢鄉(xiāng)5778人、雅江鄉(xiāng)13845人、峨溶鄉(xiāng)11807人、平馬鄉(xiāng)7153人、保安鄉(xiāng)8351人、里仁鄉(xiāng)8804人、大溪鄉(xiāng)8073人、海洋鄉(xiāng)6834人、宋農鄉(xiāng)7521人、美萃鄉(xiāng)7698人、妙泉鄉(xiāng)6671人、干川鄉(xiāng)5180人、涌洞鄉(xiāng)7588人、川河鄉(xiāng)2919人、茅坡鄉(xiāng)4517人、溪口鄉(xiāng)7441人、玉屏鄉(xiāng)8811人、膏田鄉(xiāng)7111人、龍鳳鄉(xiāng)10419人、塘坳鄉(xiāng)8839人、孝溪鄉(xiāng)11080人、峻嶺鄉(xiāng)16211人、三合場鄉(xiāng)13251人、美沙鄉(xiāng)10643人、鐘靈鄉(xiāng)11829人、蘭橋鄉(xiāng)14104人、吏目鄉(xiāng)11043人、晏龍鄉(xiāng)6391人、巴家鄉(xiāng)4468人、中溪鄉(xiāng)6590人。
2001年，重慶市政府（渝府[2001]125號）批復同意秀山土家族苗族自治縣將9個鎮(zhèn)、40個鄉(xiāng)調整為32個鄉(xiāng)鎮(zhèn)：撤銷涌圖、迎鳳、紅巖、肖塘、蓮花、官橋、龍貢、美萃、川河、玉屏、茅坡、三合場、龍鳳、美沙、吏目、中溪、晏龍、官莊、峨溶、雅江、峻嶺、蘭橋22個鄉(xiāng)，新設立官莊、峨溶、雅江、隘口、蘭橋5個鎮(zhèn)，調整7鎮(zhèn)6鄉(xiāng)行政區(qū)域。調整后秀山縣鄉(xiāng)鎮(zhèn)平均面積由調整前的50平方千米擴大至76.57平方千米，鄉(xiāng)鎮(zhèn)平均人口由調整前的12050人增至18452人。
2002年末，秀山土家族苗族自治縣戶籍總人口59.98萬人，其中非農業(yè)人口5.14萬人。轄14個鎮(zhèn)、18個鄉(xiāng)：中和鎮(zhèn)、平凱鎮(zhèn)、清溪場鎮(zhèn)、隘口鎮(zhèn)、溶溪鎮(zhèn)、官莊鎮(zhèn)、龍池鎮(zhèn)、石堤鎮(zhèn)、峨溶鎮(zhèn)、洪安鎮(zhèn)、雅江鎮(zhèn)、石耶鎮(zhèn)、梅江鎮(zhèn)、蘭橋鎮(zhèn)、官舟鄉(xiāng)、孝溪鄉(xiāng)、塘坳鄉(xiāng)、膏田鄉(xiāng)、溪口鄉(xiāng)、妙泉鄉(xiāng)、宋農鄉(xiāng)、海洋鄉(xiāng)、大溪鄉(xiāng)、保安鄉(xiāng)、里仁鄉(xiāng)、涌洞鄉(xiāng)、干川鄉(xiāng)、平馬鄉(xiāng)、中平鄉(xiāng)、岑溪鄉(xiāng)、鐘靈鄉(xiāng)、巴家鄉(xiāng)。共有8個居委會、522個村委會。縣政府駐中和鎮(zhèn)。
2010年第六次人口普查，秀山土家族苗族自治縣常住總人口501590人，其中：中和鎮(zhèn)105003人，平凱鎮(zhèn)30958人，清溪場鎮(zhèn)45338人，隘口鎮(zhèn)14956人，溶溪鎮(zhèn)20448人，官莊鎮(zhèn)28805人，龍池鎮(zhèn)21535人，石堤鎮(zhèn)7158人，蛾溶鎮(zhèn)18260人，洪安鎮(zhèn)12380人，雅江鎮(zhèn)11936人，石耶鎮(zhèn)9069人，梅江鎮(zhèn)25651人，蘭橋鎮(zhèn)12135人，官舟鄉(xiāng)6978人，孝溪鄉(xiāng)9414人，塘坳鄉(xiāng)8214人，膏田鄉(xiāng)13608人，溪口鄉(xiāng)13059人，妙泉鄉(xiāng)6874人，宋農鄉(xiāng)5327人，海洋鄉(xiāng)5352人，大溪鄉(xiāng)5956人，保安鄉(xiāng)6994人，里仁鄉(xiāng)7245人，涌洞鄉(xiāng)7643人，干川鄉(xiāng)3279人，平馬鄉(xiāng)5855人，中平鄉(xiāng)6003人，岑溪鄉(xiāng)5611人，鐘靈鄉(xiāng)16530人，巴家鄉(xiāng)4016人。
2011年3月1日，重慶市政府（渝府[2011]15號）批復同意撤銷官舟鄉(xiāng)、膏田鄉(xiāng)、溪口鄉(xiāng)、妙泉鄉(xiāng)、宋農鄉(xiāng)、里仁鄉(xiāng)、鐘靈鄉(xiāng)、塘坳鄉(xiāng)、干川鄉(xiāng)、保安鄉(xiāng)、平馬鄉(xiāng)、巴家鄉(xiāng)和中和鎮(zhèn)、平凱鎮(zhèn)，新設立中和街道、烏楊街道、平凱街道、膏田鎮(zhèn)、溪口鎮(zhèn)、妙泉鎮(zhèn)、宋農鎮(zhèn)、里仁鎮(zhèn)、鐘靈鎮(zhèn)，擴大清溪場鎮(zhèn)、龍池鎮(zhèn)、石堤鎮(zhèn)、洪安鎮(zhèn)、梅江鎮(zhèn)行政區(qū)域。區(qū)劃調整后，秀山縣轄3個街道、18個鎮(zhèn)、6個鄉(xiāng)：中和街道、烏楊街道、平凱街道、清溪場鎮(zhèn)、隘口鎮(zhèn)、溶溪鎮(zhèn)、官莊鎮(zhèn)、龍池鎮(zhèn)、石堤鎮(zhèn)、峨溶鎮(zhèn)、洪安鎮(zhèn)、雅江鎮(zhèn)、石耶鎮(zhèn)、梅江鎮(zhèn)、蘭橋鎮(zhèn)、膏田鎮(zhèn)、溪口鎮(zhèn)、妙泉鎮(zhèn)、宋農鎮(zhèn)、里仁鎮(zhèn)、鐘靈鎮(zhèn)、孝溪鄉(xiāng)、海洋鄉(xiāng)、大溪鄉(xiāng)、涌洞鄉(xiāng)、中平鄉(xiāng)、岑溪鄉(xiāng)。縣政府駐中和街道。