隋置清苑縣（一說北魏稱清苑縣）。據《太平寰宇記》載；“因縣界清苑河為名。”宋改保塞縣，金復改清苑縣。1958年，撤銷清苑縣，其行政區域分別劃歸保定市和唐縣；以原保定市南郊、東郊和河北農業大學的紅星公社及藏村公社與原清苑、徐水兩縣部分村莊合并設立清苑區。

1960年恢復設立清苑縣，以保定市原清苑、滿城、完縣三個區的行政區域為清苑縣的行政區域。1961年5月21日，滿城縣與清苑縣分設，恢復滿城縣（含原完縣）建制。2015年4月28日，國務院（國函[2015]73號）批復同意撤銷清苑縣，設立保定市清苑區，以原清苑縣的行政區域為清苑區的行政區域，清苑區人民政府駐清苑鎮迎賓中街301號。

1960年底，將徐水縣大西良公社所轄的6個村劃歸清苑縣。1961年，將原徐水縣劃歸保定市的西百樓、東百樓、柴樓、頭臺、高莊、張莊、東大夫莊、西大夫莊、蔡莊、后營10個村劃歸清苑縣。

1964年底，將保定市大陽公社所轄的大陽、中陽、米家堤、銀定莊、付村、后營7個村；五窯公社所轄的唐莊、豐臺、西五窯、四平莊、西北五窯、東五窯、管莊、鳥馬莊、西小莊9個村，共計16個村劃歸清苑縣。

1996年，清苑縣面積954平方千米，人口約67萬人，轄8個鎮、11個鄉：清苑鎮、冉莊鎮、魏村鎮、張登鎮、陽城鎮、大莊鎮、臧村鎮、溫仁鎮、李莊鄉、望亭鄉、何橋鄉、大陽鄉、百樓鄉、東閭鄉、白團鄉、北店鄉、五堯鄉、石橋鄉、北王力鄉。縣政府駐清苑鎮。

1998年12月21日，河北省政府批準同意調整保定市部分縣區的行政區劃。其中：清苑縣撤銷大陽鄉，劃出五堯、百樓2個鄉，設立閻莊、孫村2個鄉，劃出48個村，6.8萬人，面積88.9平方千米。至此，清苑縣轄8鎮10鄉，共271村，60萬人，869平方千米。具體調整情況為：（1）將五堯鄉所轄的小汲店村劃歸南市區富昌鄉；大汲店、后高莊2個村劃歸南市區江城鄉；西小莊、烏馬莊、東五堯、西五堯、北五堯、管莊、小祝澤、四平莊、北唐莊、豐臺10個村劃歸南市區，鄉人民政府名稱、駐地不變。（2）將清苑鎮所轄的青堡、畢莊、趙莊、新安鋪、褚莊、連莊一村、連莊二村、連莊三村、朱莊、阮莊10個村劃歸南市區焦莊鄉；北溝頭、南溝頭、南辛莊、北辛莊、安5個村劃歸南市區五堯鄉；調整后清苑鎮管轄原來的17個村。（3）將百樓鄉所轄的北高莊劃歸北市區韓莊鄉；北閻莊、中閻莊、西閻莊、王莊、高莊、侯郎莊、國公營、梁莊、大呂莊、鐘家營、小呂莊、前營12個村由百樓鄉劃出，設立閻莊鄉，仍歸清苑縣管轄。其余的張莊、頭臺、柴樓、西百樓、東百樓、后營、東大夫莊、西大夫莊、蔡莊9個村劃歸北市區，仍稱百樓鄉。（4）撤銷大陽鄉，將所轄的大陽西、大陽東、中陽、中陽、下閘4個村劃歸南市區楊莊鄉；米家堤、蘭辛莊、何辛莊、銀定莊、東后營、傅村6個村劃歸北市區東金莊鄉；其余的南孫村、王辛莊、張辛莊、大堤口、戒官營、郭辛莊、大侯村、西孫村、北孫村、小侯村10個村劃歸新設立的孫村鄉。孫村鄉仍歸清苑縣管轄。（5）將省榮軍醫院、河北農大農場、先鋒機械廠3個單位所轄的地域從清苑縣境內劃至南市區境內，各自隸屬關系不變。

2000年第五次人口普查，清苑縣常住總人口605580人，其中：清苑鎮63296人，冉莊鎮35082人，陽城鎮38673人，魏村鎮39909人，溫仁鎮47216人，張登鎮36684人，大莊鎮23199人，臧村鎮31034人，白團鄉34321人，北店鄉24737人，石橋鄉40617人，李莊鄉28217人，北王力鄉25451人，東呂鄉40292人，何橋鄉25651人，孫村鄉16028人，閻莊鄉19381人，望亭鄉35792人。

2002年，清苑縣面積806平方千米，人口約59.47萬人。轄8個鎮、10個鄉，6個社區、266個行政村。縣政府駐清苑鎮迎賓街135號。

2010年第六次人口普查，清苑縣常住總人口631659人，其中：清苑鎮81383人，冉莊鎮36119人，陽城鎮37981人，魏村鎮38384人，溫仁鎮47420人，張登鎮37146人，大莊鎮23559人，臧村鎮31107人，白團鄉33594人，北店鄉24757人，石橋鄉42581人，李莊鄉26303人，北王力鄉26034人，東呂鄉42408人，何橋鄉27121人，孫村鄉16302人，閻莊鄉20276人，望亭鄉39184人。